一、中国普通人群的基因特点和对HIV遗传易感性的初步评估（论文文献综述）
陈鹏[1]（2021）在《陕西汉族非编码RNA基因多态性与结直肠癌风险相关性及MIR17HG与其microRNAs在结直肠癌中的作用研究》文中指出目的:通过非编码RNA基因多态性筛选出陕西汉族结直肠癌易感人群,筛选与结直肠癌发生密切相关microRNA,并对其在结直肠癌发生发展中的作用进行探讨,为临床预防及早期诊断结直肠癌提供理论依据。方法:1.设计一项包括514例CRC患者和510例健康对照的病例-对照关联研究,选取9个lnc RNAs基因[MIR137HG、MIR143HG（CARMN）、MIR3142HG、LINC-PINT、MIR124-1HG、MIR675HG（H19）、MIR17HG、MIR497HG和MIR133A1HG]、7个miRNAs基因（MIR577、MIR608、MIR675、MIR192、MIR618、MIR492和MIR423）及GREM1基因的49个SNPs,采用Agena Mass ARRAY基因分型技术,对所筛选的SNPs位点进行基因分型,通过卡方检验、logistic回归分析在遗传模型和分层分析下这些位点与中国陕西汉族人群CRC发病风险及临床病理参数之间的关系。并进行单倍型分析及MDR分析寻找预测CRC风险的最佳模型。2.分析MIR17HG及miR-17-92a簇在CRC病例及对照组的组织及血液中的表达。从TCGA和GDC数据库下载肿瘤RNA-seq数据,分析MIR17HG的mRNA表达。在TCGA数据库中下载生存数据用于生存分析,下载miRNA-seq表达量数据用于分析不同疾病分期的差异。从SRA和GEO数据库中下载数据用于健康人和患者血清及不同临床分期患者血清中游离miR-17-92a簇的丰度比较。3.纳入未经过任何治疗的陕西汉族病例50例,健康对照50例,用RT-qPCR对其血清中miR-17-92a簇的microRNAs表达进行检测,用ROC曲线判断这些microRNAs在诊断结直肠癌病例中的作用。4.用hsa-miR-18a-5p mimics和hsa-miR-18a-5p inhibitor对结直肠癌HCT116和SW480进行处理,研究hsa-miR-18a-5p对结直肠癌细胞的作用。利用shortest path算法分析蛋白互作网络中各基因与表达差异基因之间的网络关系,筛选结直肠癌的候选关键靶基因并进行初步验证。结果:1.rs73376930与增加中国陕西汉族CRC发病风险相关;而rs7549905、rs7318578、rs633727和rs58658771与降低中国陕西汉族CRC发病风险相关。单倍型GA较CA（rs3024270和rs2075744）、单倍型CT较TA（rs4779584和rs58658771）、单倍型AA较AG（rs2293581和rs73376930）均与降低CRC风险相关。含5个SNPs位点的模型（rs9440302,rs353300,rs1582417,rs157928,rs3024270）为预测CRC最佳模型,其交叉检验一致性为9/10,平衡精确性为:0.719,可预测患CRC的风险OR为6.65（95%CI:4.96-8.91）。2.MIR17HG在CRC组织中高表达,在Ⅳ期病例及黑种人中最高。miR-17-92a簇在CRC组织及血清中高表达,hsa-miR-20a-5p表达量最高。3.在陕西汉族结直肠癌病例血清中hsa-miR-18a-5p和has-miR-92a-1相对表达量高于正常人群。hsa-miR-18a-5p表达量与临床分期相关。血清hsa-miR-18a-5p+CEA+AFP诊断早期结直肠癌的AUC=0.899（95%CI:0.836-0.962,P<0.001）,灵敏度=0.88,特异性=0.738,优于单一指标。4.hsa-miR-18a-5p能降低CRC细胞的增殖、克隆形成能力,增加细胞凋亡的发生。用最短距离算法评估hsa-miR-18a-5p可能的11个靶基因,hsa-miR-18a-5p可能通过靶向LIF起到抑制CRC发展的作用。结论:1.非编码RNA基因多态性与结直肠癌风险相关。含五个SNPs的模型可以预测CRC的发病风险。2.MIR17HG与结直肠癌发生密切相关。MIR17HG及其microRNAs在CRC组织中高表达,表达量与临床分期及种族相关。miR-17-92a簇在CRC血清中高表达。3.在陕西汉族CRC血清中hsa-miR-18a-5p、hsa-miR-92a-3p表达量增加,hsa-miR-18a-5p+CEA+AFP在诊断早期结直肠癌中具有优越性。4.hsa-miR-18a-5p的高表达能降低结直肠癌细胞的增殖、克隆形成能力,促进细胞凋亡的发生。
蒋光明[2]（2021）在《肠道菌群及FUT2/3基因多态性与强直性脊柱炎的相关性研究》文中研究表明目的强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis,AS）对患者的生活质量和工作能力可产生显着影响,已成为较为严重的公共卫生问题之一。AS的发生与遗传因素密切相关,特别是HLA-B*27基因。至今已发现的AS易感基因至少有36种,它们涉及人类免疫学的各个方面。AS与肠道粘膜损伤和肠道炎症均密切相关,50%～60%的AS患者伴有肠道炎症。AS的易感基因中约2/3与炎性肠病（inflammatory bowel disease,IBD）的易感基因重叠,而且同样的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）在两种疾病中的效应相同或相似。肠道菌群失衡可诱发IBD,并与类风湿性关节炎（rheumatoid arthritis,RA）等多种免疫性疾病密切相关。数项研究显示AS患者与健康对照的肠道菌群结构有显着差异,提示肠道菌群失调可能在AS的发生中具有一定作用。因此,在肠道炎症及肠道菌群相关基因中进一步寻找新的AS易感基因具有特殊价值。人类FUT2和FUT3基因是两个血型基因,它们共同控制人体组织血型抗原（histo-blood group antigens,HBGAs）的合成。有多项研究表明FUT2和FUT3基因多态性与肠道菌群及IBD均有相关性。据此推测,这些基因可能通过影响肠道菌群而与AS易感性及其临床症状产生关联。但是,关于肠道菌群与AS的相关性的研究数量至今仍然偏少,而且针对不同人群的部分研究结果也不一致,其结论尚需要进一步验证。饮食因素对肠道菌群的结构有显着影响,因而也可能影响AS的易感性,但此前大多数研究忽视了这一问题,故而其研究结果可能存在一定偏倚。鉴于这些原因,本研究拟进一步在本地人群中验证肠道菌群与AS的相关性,并探讨饮食因素对肠道菌群及AS的影响。在此基础上,再探讨FUT2/FUT3基因、HBGAs与AS及其临床症状的相关性,为深入开展相关机制研究奠定基础。第一部分强直性脊柱炎患者肠道菌群的变化方法采用病例对照研究方案,分别招募AS患者及年龄和性别频数匹配的健康对照。对研究对象进行饮食习惯、生活环境及健康状况调查。采集研究对象新鲜粪便标本,提取粪便菌群DNA并进行16S r DNA扩增。用Agencourt AMPure XP核酸纯化微珠对扩增产物进行纯化,向DNA片段末端引入特异性标签序列并再次纯化。对得到的DNA文库作质量评估,采用Mi Seq Benchtop测序仪进行测序。对测序数据进行筛选和分析,对得到的操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）进行分类学注释,并作肠道菌群的α多样性和β多样性分析。比较病例组和对照组之间、以及各饮食类型组之间肠道菌群的差异,分析肠道菌群与AS疾病指数的相关性。在GMrepo数据库中检索AS患者中发生显着变化的细菌亚群,获取其在其他疾病中的检测数据,并分析这些亚群在不同疾病中相对丰度的变化特征。结果本研究共纳入研究对象207名（包括103名AS患者和104名健康对照）,病例组和对照组间在男/女比例（85/18 vs.84/20,?2=0.106,P=0.744）及年龄方面（33.29±11.66 vs.33.66±12.53,t=0.221,P=0.825）的差异均无显着性。从所有标本中共获得优化后检测序列1.77×107个。经过筛选和分析后,共获得OTU 1270个,其中951个（74.9%）是病例组和对照组共有的。在优势菌种结构和α多样性指数方面,病例组和对照组间差异均无显着性（均为P>0.05）,但两组间有49/225个属的相对丰度差异有显着性(均为Pcorrected<0.05)。巨单胞菌属（Megamonas）和链球菌属（Streptococcus）是AS组中相对丰度增幅最大的2个属,而毛螺旋菌属（Lachnospira）和支原体属（Mycoplasma）是相对丰度降幅最大的2个属。在肠道菌群的β多样性方面,主坐标分析（Principal Coordinate Analysis,PCo A）、主成分分析（Principal Component Analysis,PCA）、非度量多维尺度分析（nonmetric multidimensional scaling,NMDS）及Adonis分析均显示两组标本菌群间的差异有显着性（P<0.05）。按因子分析结果将研究对象分为A、B、C和D四种饮食类型,病例组和对照组的饮食类型的差异存在显着性（?2=9.540,P=0.023）。不同饮食类型组间肠道菌群的α多样性基本相似（均为P>0.05）,但气味杆菌属（Odoribacter）和泽泻菌属（Alistipes）等菌属的相对丰度差异有显着性（均为P<0.05）。吸烟和锻炼等环境因素也与肠道菌群的结构有相关性（均为P<0.05）。在不同分类水平上,肠道菌群的结构与AS的疾病指数均存在相关性（均为P<0.05）。与GMrepo数据库中菌群检测数据进行比较,在本研究中发现的AS病例组及健康对照组间差异最大的细菌亚群（6个属和6个种）,其相对丰度大多数与IBD（包括克罗恩病和溃疡性结肠炎）、银屑病、白塞综合症及RA等患者中的水平较为相似,但是少数亚群的丰度在这些疾病中有明显差异。结论肠道菌群与AS的易感性和临床表现存在相关性,饮食类型与肠道菌群结构及AS的易感性均有关。吸烟等环境因素也与肠道菌群的结构有相关性。病例及对照组间差异显着的细菌亚群大多数可能在AS及相关疾病的发生中发挥着相似的作用。本研究提示与肠道菌群有关的因素可能在AS研究中普遍具有一定价值。第二部分FUT2和FUT3基因多态性与强直性脊柱炎的相关性研究方法采用病例对照研究方案,从本地医院风湿免疫科门诊筛选AS确诊患者,并从该医院体检中心和本地社区卫生服务站按年龄和性别频数匹配原则招募健康对照。详细告知研究对象本研究的相关情况,征得其同意并自愿签署《知情同意书》。对AS患者健康状况进行详细问卷调查,内容包括患者的生活及饮食习惯、疾病史、临床症状及疾病活动指数等。采集所有研究对象外周静脉血标本,采用SNPscan检测技术针对筛选的3个FUT2 SNPs位点和2个FUT3基因SNPs位点作基因分型。根据检测结果确定受试者的分泌型状态、Lewis血型状态和Lewis HBGAs血清型。对AS患者组和健康对照组间的基因型、等位基因、单倍型、分泌型状态、Lewis血型状态及Lewis HBGAs血清型等频率进行比较,对这些因素、年龄及性别间的交互作用进行评估,并对它们与AS患者疾病指数的相关性进行分析。校正后的多重比较P值以P’表示。结果本研究中共纳入AS确诊患者673例（男性546例,女性127例;年龄为28.58±9.31岁）和健康对照687例（男性560例,女性127例;年龄为28.62±7.76岁）,病例组和对照组间在男女比例（4.30 vs.4.41,χ2=0.856,P=0.890）和年龄方面（28.6±9.3岁vs.28.6±7.8岁,t=0.004,P=0.997）的差异均无显着性。rs28362459的等位基因频率在病例组和对照组间的差异具有统计学意义(χ2=7.515,P=0.006,P’=0.030;ORG/T=0.782,95%CI,0.650–0.941),rs28362459-G在AS患者组中的频率显着低于健康对照组（20.3%vs.24.7%）。但在男性和女性亚群中,该位点等位基因频率在病例和对照组间的差异都无显着性（均为P’>0.05）。其他SNPs位点的等位基因频率及全部SNPs位点的基因型频率在病例及对照组间的差异均无统计学意义（均为P’>0.05）。在总研究对象中,病例及对照组间单倍型TT（rs812936–rs28362459）（χ2=5.663,P=0.017,P’=0.039）和TG（rs812936–rs28362459）频率的差异均存在显着性（χ2=7.456,P=0.006,P’=0.013）。在女性研究对象中,单倍型TG（rs812936–rs28362459）在病例组及健康对照组间频率的差异也有统计学意义（χ2=5.624,P=0.018,P’=0.047）。另外,rs28362459与年龄、rs28362459与性别、rs28362459与rs1047781、Lewis状态与分泌型状态等因素间均存在二因素交互作用。但在这些因素中未发现多因素交互交用。从表型层面看,无论对于总人群,还是不同性别亚群,研究对象分泌型状态及Lewis血型状态的频率在病例及对照组间的差异都无统计学意义（均为P’>0.05）,而且由其共同决定的Lewis HBGAs血清型的频率在AS患者及健康对照组间的差异也无显着性（均为P’>0.05）。未发现FUT2和FUT3基因多态性与巴氏强直性脊柱炎功能指数（Bath ankylosing spondylitis functional index,BASFI）、巴氏强直性脊柱炎疾病活动度指数（Bath ankylosing spondylitis disease activity index,BASDAI）、强直性脊柱炎疾病活动度评分（ankylosing spondylitis disease activity score,ASDAS）、疼痛程度、脊柱活动度等AS临床症状指标间存在关联（均为P’>0.05）。但rs28362459-G与部分BASFI/BASDAI单项指数有相关性（均为P’<0.05）。结论FUT3基因多态性与人类AS易感性存在关联,但未发现FUT2基因与AS易感性之间有相关性。rs28362459-G与较低的AS易感性有关,可能是AS的保护因素。FUT2和FUT3基因多态性可能与部分AS临床症状有相关性。本研究结果提示部分人类血型基因、HBGAs及肠道菌群可能与AS的发生和发展有关,但这需要在不同种族人群中扩大样本量进行验证,并需要进一步开展相关机制研究。
刘欢[3]（2021）在《新疆地区溃疡性结肠炎患者肠道菌群及代谢的多组学研究》文中研究说明目的:寻找肠道菌群和粪便代谢物在维吾尔族及汉族溃疡性结肠炎（Ulcerative Colitis,UC）患者中的差异,筛选UC患者粪便代谢水平的生物标志物及具有疾病鉴别能力的标志菌,分析维吾尔族与汉族UC患者肠道菌群与代谢差异的内在关联。通过动物模型构建了解差异菌及差异代谢物在UC炎症表现中的作用。方法:1)有完整随访资料及粪便标本的初诊维吾尔族UC患者23例、汉族UC患者25例,分别选择患者组共同生活大于1年的健康配偶或一级亲属与患者1:1匹配作为对照组,对提供的粪便样本进行细菌16S r RNA基因V3-V4区的扩增,构建Miseq文库及IIIumina测序,比对Sliva数据库,获得样本微生物各分类学水平上的物种注释信息,进行分类学及物种结构组成分析,进一步通过随机森林分析筛选具有疾病鉴别能力的细菌;2)第一阶段相同粪便样本,提取全部代谢物,采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）代谢组学分析平台对维吾尔族及汉族UC患者的差异代谢物进行定量和鉴定。寻找各组间差异代谢物,筛选UC粪便标本代谢水平生物标志物。综合微生物多样性和代谢组实验结果,运用两组学关联整合分析方法,分析维吾尔族与汉族UC患者差异表达微生物与代谢物的相关性;3)建立UC大鼠模型,对UC模型大鼠及正常大鼠分别进行维吾尔族及汉族溃疡性结肠炎患者粪菌液的粪菌移植。取结肠粘膜组织,检测UC相关细胞因子（TNF-α、IL-4、IL-6、IL-10）的表达。结果:1)Shannon和Chao指数所示的微生物群落多样性和丰富度在维吾尔族UC患者和维吾尔族正常对照、维吾尔族正常对照和汉族正常对照、汉族UC患者和维吾尔族正常对照之间均存在有显着差异,维吾尔族UC患者较正常对照组微生物多样性显着降低。汉族UC患者及其亲属的微生物多样性和丰富度指数差异无统计学意义（P>0.05）。维吾尔族UC组中Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia的丰度显着高于汉族UC组,汉族UC组中的Faecalibacterium（粪杆菌属）、Bifidobacterium（双歧杆菌属）和Blautia（布劳氏杆菌属）的丰度显着高于维吾尔族UC组（P<0.05）。维吾尔族UC组与维吾尔族正常对照组相比,Veillonella（韦荣氏球菌属）的丰度显着偏高,Subdoligranulum和Ruminococcaceae＿UCG-002（瘤胃菌属）的丰度显着偏低（P<0.05）。汉族UC组中Prevotella＿9（普雷沃菌属）的丰度显着高于汉族正常对照组,Blautia（布劳氏杆菌属）,Anaerostipes和[Eubacterium]＿hallii＿group（霍氏真杆菌属丰度显着低于汉族正常对照组（P<0.05）。通过ROC分析筛选出6种对维吾尔族UC疾病状态与健康对照有一定鉴别能力的重要物种:Christensenellaceae＿R＿7＿group（克里斯滕森氏菌属）、Ruminococcaceae＿UCG＿005（瘤胃菌属）、Ruminococcaceae＿UCG＿010（瘤胃菌属）、Ruminococcaceae＿UCG＿013（瘤胃菌属）、Haemophilus（嗜血杆菌属）与Ezakiella（埃扎基拉菌属）;2）偏最小二乘法判别分析（PLS-DA）发现,各组间代谢组有显着性差异,汉族UC组与正常对照组间筛选出2种可被注释的潜在生物标志物,维吾尔族UC组与正常对照组间筛选出21种可被注释的潜在生物标志物。Omega-3花生四烯酸作为潜在生物标志物在维吾尔族UC患者中显着降低;微生物多样性与代谢组学关联分析中,在维吾尔族UC患者中发现嗜血杆菌属与N-乙酰半乳糖胺的高度负相关;3)维吾尔族及汉族UC患者粪菌液对UC模型大鼠灌肠后,与对照组相比,两组TNF-α、IL-6水平均显着升高（P<0.05）,IL-4、IL-10水平显着降低（P<0.05）。维吾尔族与汉族粪便细菌移植组TNF-α、IL-10和IL-4水平无显着性差异（P>0.05）,但IL-6水平显着高于汉族粪菌液灌肠组（P<0.05）。在正常大鼠两民族粪菌液灌肠处理组中未观察到炎症因子表达水平的显着变化。结论:维吾尔族及汉族UC患者在肠道微生物结构及粪便代谢水平上均存在显着差异。克里斯滕森氏菌属等6种微生物种属可能对维吾尔族UC患者与健康对照组有一定诊断能力。汉族UC患者与正常对照组间筛选出溶血磷脂酰丝氨酸类等2种可被注释的潜在生物标志物,维吾尔族UC组与正常对照组间筛选出Omega-3花生四烯酸等21种可被注释的潜在生物标志物,并且Omega-3花生四烯酸表达水平在维吾尔族UC患者中明显降低。维吾尔族UC患者中嗜血杆菌属与N-乙酰半乳糖胺的高度负相关,嗜血杆菌属很可能通过影响N-乙酰半乳糖胺表达量影响肠粘膜屏障。维吾尔族及汉族UC患者肠道微生物及代谢水平的差异可能通过影响IL-6的表达水平造成疾病表现的差异。肠道微生物结构的差异与代谢水平间的相互作用及Omega-3、IL-6间的相互影响可能与新疆地区维吾尔族UC患者特殊临床表现及遗传背景相关。两民族患者粪菌液灌肠在正常大鼠中没有引起炎症因子表达的差异,肠道微生物及其所影响的代谢水平可能是UC疾病的促进因素而不是始动因素。
曹媛媛[4]（2021）在《肺表面活性物质及其相关基因与阻塞性睡眠呼吸暂停的相关性研究》文中研究表明目的:（1）测定调节气道阻力和肺泡弹性回缩力的重要物质-肺表面活性物质相关蛋白（SPs）在阻塞性睡眠呼吸暂停（OSA）患者的血清水平,探讨其与睡眠参数、肺功能指标之间是否有相关性;（2）筛选在OSA发病过程中起重要作用的中间表型的相关功能基因为候选基因,利用目标区域测序技术确定这些基因及其变异位点是否与OSA有关联;（3）对通过目标区域测序筛选出的与肺表面活性物质（PS）合成、代谢及调控相关的基因及其变异位点进行进一步关联分析,探讨其与OSA及临床表型的相关性。方法:（1）收集2016年4月-12月期间新疆人民医院高血压诊疗研究中心明确诊断为OSA的患者198例及同期住院的非OSA者173例,收集所有研究对象的一般临床资料、多导睡眠监测结果、肺功能指标,采用酶联免疫吸附法（ELISA）测定血清SPs浓度,分析肺容积、SPs与OSA之间的关系;（2）根据呼吸暂停低通气指数（AHI）选择表型极严重者与表型正常者各50例,对与OSA中间表型相关的170个候选基因进行目标区域二代测序,利用生物信息学方法筛选出可能影响OSA的基因;（3）对通过测序筛选出的PS相关基因的高频SNP位点进行病例-对照关联分析,分别探讨单个位点、多个位点构成的单倍型以及遗传风险评分（GRS）与OSA的风险关系,同时基于GEO公共数据库中OSA微阵列基因芯片,利用生物信息学方法分析目的基因在OSA样本中的表达特征及基因之间的相关性;对低频功能性突变利用分子动力学模拟（MD）方法研究突变后蛋白分子构象的改变及表面电荷分布的差异,以分析突变后蛋白功能的变化。结果:（1）OSA患者中FRC、RV、TLC、FRC实%预等肺容积指标降低,FRC实%预与AHI、HI指标成负相关,与LSa O2、MSa O2指标成正相关,校正性别、年龄、体质指数后,FRC实%预仍与LSa O2、MSa O2指标成正相关,这可能与FRC的增加使上气道稳定性增加、可塌陷性降低,外周气道阻力降低有关。与高血清SPs水平组相比,低血清SPs水平组中OSA所占比率增高,部分睡眠参数或肺功能指标也存在统计学差异;校正性别、吸烟、饮酒等混杂因素后,低血清SP-A、B、C水平仍是影响OSA的危险因素,提示SPs的降低可能在OSA发生中起一定作用。（2）利用目标区域二代测序技术对纳入的研究对象的与OSA中间表型相关的170个候选基因进行测序,共筛选过滤出总变异12907个,包括SNV位点11027个,In Del位点1880个。通过生物信息学分析,在已知中间表型（肥胖、颅面结构、上呼吸道肌肉的神经调节、睡眠和昼夜节律）的146个候选基因中,筛选获得与OSA发生有关的基因变异主要包括HLA-DRB1、HLA-DQB1、GHRL、DLAT、VDR、KSR2、BTBD9、HTR2A、HTR3B。在前期工作基础上,推测呼吸系统顺应性下降,特别是肺的顺应性下降可能亦是OSA重要的中间表型,在24个与该表型相关的功能基因中,发现与PS合成、代谢及调控相关的基因（FASN、LPCAT1、SFTPA2、SFTPB、SFTPC、STAT3、VEGFA）与OSA的发生有关,而且这些基因在构建的蛋白互作网络中与146个已知候选基因有着直接或间接的连接,提示它们之间互相关联、相互作用,参与OSA的发生。（3）对PS相关基因进一步分析发现,FASN和VEGFA可能是OSA的遗传易感基因,FASN rs72634334位点,VEGFA rs833067、rs1413711、rs58414032、rs735286、rs3025000、rs3024998、rs3025006、rs2010963位点可能是OSA发病的遗传位点,这些位点多态性与多个PSG睡眠参数存在显着关联。FASN基因由rs45557233-rs17848939组成的单倍型AC、rs12937862-rs57686731组成的单倍型GA、rs57686731-rs78330892组成的单倍型AC,NFATC3基因由rs151338754-rs78537727-rs12446198-rs137976506-rs1259917-rs9932251-rs766989438-rs12447640-rs12599880-rs7205935-rs73612690-rs74024145-rs76419201-rs3815173组成的单倍型-AGCCAAG-AAAGGGT,可能是OSA的保护因素;SFTPD基因由rs911886-rs2243639-rs3793925-rs17884887-rs2181204-rs2255601组成的单倍型CCGGAG,由rs6413523-rs721917-rs726288-rs2819096-rs723192-rs958865-rs726014-rs12219080-rs145443778组成的单倍型CGCCCCTCTTT可能会增加OSA的发病风险。PS相关基因SNP变异的累积效应与OSA发生风险有关,其GRS与AHI、HI指标独立相关,且可提高性别、年龄、体质指数等传统危险因素组成的基线模型对OSA的预测能力。基于微阵列基因芯片的差异表达分析证明FASN、VEGFA、SFTPA1、SFTPA2、SFTPB、SFTPC、SFTPD在OSA样本中的表达显着下调,且VEGFA与FASN、SFTPA1、SFTPA2、SFTPB、SFTPC表达呈正相关。分子动力学模拟发现VEGFA一个低频功能性突变（K346R）的突变体较野生型蛋白结构稳定、构象波动小、表面电荷的空间分布发生明显变化,提示K346R可能为有利突变。结论:（1）OSA患者中功能残气量、残气量、肺总量等肺容积指标降低;低血清SPs水平组中OSA所占比率增高,与部分睡眠参数或肺功能指标存在关联;低血清SP-A、B、C水平是影响OSA的独立危险因素,SPs的降低可能在OSA发生中起一定作用。（2）与PS合成、代谢及调控相关的基因（FASN、LPCAT1、SFTPA2、SFTPB、SFTPC、STAT3、VEGFA）可能与OSA的发生有关。（3）FASN和VEGFA可能是OSA的遗传易感基因,其位点多态性与多个PSG睡眠参数存在关联;FASN、VEGFA及编码SPs蛋白的基因在OSA样本中的表达显着下调,且VEGFA与FASN、SFTPA1、SFTPA2、SFTPB、SFTPC表达呈正相关,提示OSA患者肺内VEGFA表达下降可能通过调节SPs基因的转录、表达,影响SPs蛋白的合成,从而影响到OSA的发病过程;PS相关基因SNP变异的累积效应与OSA发生风险有关,其GRS与AHI、HI指标独立相关,且可提高传统危险因素组成的基线模型对OSA的预测能力;低频功能性突变VEGFA K346R可能为有利突变,后续可构建该突变真核表达质粒进行功能验证。
胡乃文[5]（2020）在《TNF，GRN和ERAP1基因多态性与强直性脊柱炎的关联性研究》文中认为第一部分中国汉族人群TNF和GRN基因多态性与强直性脊柱炎的关联性研究研究背景脊柱关节炎（spondyloarthritis,SpA）是一组具有共同临床特点和遗传学特征的慢性炎症性疾病。强直性脊柱炎（Ankylosingspondylitis,AS）是SpA最常见的表现形式。家族聚集性是AS的重要特征。人类白细胞抗原（humanleukocyte antigen,HLA）-B27是迄今为止所发现与AS关联性最强的基因。但近年来的研究发现,非HLA-B27基因在AS发病中亦具有重要作用。因此,为进一步明确AS的病因及发病机制,有必要探讨非HLA-B27基因在AS发病中的作用。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymophisms,SNP）,是指单个核苷酸在基因组水平上发生变异所导致的DNA序列多态性。由于SNP广泛存在于各人群的基因组中,且易于分型,目前业已成为现代遗传变异与复杂性状研究中的最重要研究对象。肿瘤坏死因子（tumornecrosis factor,TNF）基因,位于6p21.33,是一种非HLA的MHC基因。该基因编码一种属于肿瘤坏死因子超家族的、主要由巨噬细胞分泌的促炎细胞因子。它可以与TNFRSF1A/TNFR1和TNFRSF1B/TNFBR受体结合,从而发挥作用。TNF与包括自身免疫病在内的多种疾病有关。近来的研究表明TNF在AS发病机制中具有重要作用。关于TNF是脊柱关节炎的关键细胞因子的最有力证据是,在临床中使用TNF抑制剂可以有效改善脊柱关节炎（包括强直性脊柱炎）患者的症状和体征。从组织水平上,TNF抑制剂可以引起一系列的组织学改善,包括减少中性粒细胞和巨噬细胞的炎性浸润、减少新骨形成等。既往已有诸多关于TNF基因的SNP与AS相关性的研究,但是存在争议。因此,有必要进一步研究TNF的SNP与AS的关系。GRN基因即颗粒蛋白前体（granulin precursor,PGRN）基因,位于17q21.31,其功能为编码颗粒蛋白（granulin,GRN）前体。这种信号肽切割后产生成熟的颗粒蛋白,可以进一步裂解成6kDa的各种活性肽。这些肽和完整的颗粒蛋白调节细胞生长。然而,颗粒蛋白家族的不同成员可以作为抑制剂、激动剂或对细胞生长具有双向调节作用。近年来,颗粒蛋白被认为与许多自身免疫性疾病有关。有研究提示颗粒蛋白前体是炎症的关键调节因子,其抗炎作用可能是通过阻断TNF与其受体的结合来实现。还有研究发现PGRN抗体阳性的银屑病关节炎（PsA）患者,发生肌腱附着点炎和指（趾）炎的几率较高。AS和PsA均属于血清阴性脊柱炎（SpA）,因此同时研究TNF和GRN基因多态性是否与AS相关具有重要意义。基于以上观点,为探讨TNF和GRN基因在AS发病机制中的潜在作用,我们选择了 TNF和GRN基因的多个SNP位点,为AS的易感基因评估提供依据。研究目的探讨TNF、GRN基因单核苷酸多态性与我国山东地区汉族人群强直性脊柱炎（AS）的关联性。研究方法1.研究对象病例组选取861例AS患者,均属于中国山东地区汉族人群,为2014年1月至2015年12月在山东大学附属山东省立医院风湿免疫科门诊或病房的符合1984年修订的纽约AS分类标准的患者。记录患者的症状、体征、受累关节、家族史;采用流式细胞术测定HLA-B27;所有患者均完成骶髂关节X线检查,由影像科专业医师按骶髂关节的国际统一分级标准进行结果判定。所有患者均需排除其他自身免疫性疾病。正常对照组864例均来自于本研究中心体检中心健康中国山东汉族人群,已排除肿瘤、其他结缔组织病、传染病等疾病,年龄、性别均与AS组匹配。所有入选者均在知情同意后入组。2.实验方法2.1 标本收集用EDTA抗凝管采集AS患者和对照组人群空腹外周静脉血2ml,放置冰箱中在-80℃条件下保存,备检。2.2 基因组DNA提取使用基因组DNA提取试剂盒,按照说明书操作步骤提取病例组和对照组DNA。2.3 DNA浓度和纯度测定向DNA样本2ul中加入三蒸水48ul,将浓度稀释至1/25,用紫外分光光度仪测量OD260/OD280比值以及DNA浓度,并分析DNA纯度。2.4 多态性位点的选择根据dbSNP数据库获取TNF、GRN基因的SNPs资料,各个SNP位点的分布频率由HaploView软件来确定,同时应用Tagger功能筛选TagSNP。初步筛选需满足次要等位基因频率>5%及连锁不平衡系数r2>0.8。根据筛选结果,最终确定 TNF 基因的 rs361525、rs1799964、rs1800629、rs1800630、rs769178和GRN基因的 rs850713、rs3785817、rs3760365、rs4792939、rs25646、rs5848作为研究位点。2.5 基因分型使用Taqman探针Real-time PCR方法按照步骤进行基因分型。2.6 检测结果分析应用SDS软件（Applied Biosystem,2.0 version）进行数据收集和处理TaqMan-PCR扩增后的FAM和VIC荧光信号。3.统计学分析3.1 Hardy-Weinberg 平衡检验使用 SHEsis 软件进行 Hardy-Weinberg 平衡检验。3.2病例组与对照组基因型和等位基因频率的统计分析 用SPSS24.0软件通过卡方检验对各个等位基因、基因型和单倍型进行分析。使用SHEsis程序计算单倍型频率、优势比及95%可信区间。3.3患者临床表现/实验室结果与基因多态性关联分析将收集的相关数据应用SPSS24.0软件完成统计学分析。3.4连锁不平衡及单倍体型分析各个多态性位点之间的连锁不平衡及单倍体型的统计学分析分别由HaploView2.0及SHEsis软件来完成。4.SNP位点的生物信息学功能分析使用GTEx,Haploreg和Regulome DB数据库对 TNF 基因的 rs1799964,rs1800629,rs1800630,rs769178 功能进行注释。研究结果1.基本信息共对861例AS病人及864例正常健康对照进行了基因分型。AS病人中,男性患者634例,女性患者227例,年龄15-71岁,平均年龄30.56±10.98岁。正常对照组,男性619例,女性245例,年龄14-73岁,平均年龄31.97±11.23岁。所有研究对象均属山东汉族人群。病例组与对照组在年龄、性别上无显着性差异（p>0.05）。2.Hardy-We i nberg 平衡检验本实验所有SNPs的p值>0.05,均符合Hardy-Weinberg平衡定律,提示所有研究的SNP位点基因型和吻合基因的观察值和期望值吻合良好。3.TNF基因型频率和等位基因频率在AS及正常人的分布3.1有统计学差异的位点对于rs1799964位点,AS组与对照组基因型分布的差异具有统计学意义（p<0.0001）;两组等位基因分布的差异也具有统计学意义（p<0.0001;OR=0.60,95%CI=0.50-0.71）,提示 C 等位基因是 AS 的保护性基因。对于rs1800629位点,AS组与对照组基因型分布的差异具有统计学意义（p=0.0004）;两组等位基因分布的差异也具有统计学意义（p=0.0001;OR=0.60,95%CI=0.39-0.74）,提示A等位基因是AS的保护性基因。对于rs1800630位点,AS组与对照组基因型分布的差异具有统计学意义（p<0.0001）;两组等位基因分布的差异也具有统计学意义（p<0.0001,95%CI=0.48-0.72）,提示A等位基因是AS的保护性基因。对于rs769178位点,AS组与对照组基因型分布的差异具有统计学意义（p<0.0001）;两组等位基因分布的差异也具有统计学意义（p<0.0001,95%CI=2.18-3.09）,提示T等位基因是AS的危险性基因。3.2无统计学差异的位点对于rs361525位点,AS组与对照组基因型和等位基因频率无显着性差异。4.GRN基因型频率和等位基因频率在AS及正常人的分布对于 rs850713、rs3785817、rs3760365、rs4792939、rs25646、rs5848 位点,AS组与对照组基因型和等位基因频率均无显着性差异。提示GRN基因多态性与AS易感性无关。5.对TNF等位基因频率分布具有显着性差异位点的基因型遗传模式分析对于rs1799964位点,在显性遗传模式下,CC基因型和CT基因型可降低AS的风险;在隐性遗传模式下,CC基因型可降低AS的风险。对于rs1800629位点,在显性遗传模式,AA基因型和AG基因型可降低AS的风险;在隐性遗传模式下,AA基因型可降低AS的风险。对于rs1800630位点,在显性遗传模式下,AA基因型和AC基因型可降低AS的风险;在隐性遗传模式下,AA基因型可降低AS的风险。对于rs769178位点,在显性遗传模式下,TT基因型和GT基因型可增加AS的风险;在隐性遗传模式下,TT基因型可增加AS的风险。6.TNF基因多态性与AS患者临床/实验室指标关联分析rs1799964、rs1800629、rs1800630、rs769178 在显性和隐性遗传模式下的基因型与AS患者的性别、年龄、病程、家族史、HLA-B27阳性、外周关节受累、葡萄膜炎均无明显关联性。7.连锁不平衡及单倍型分析统计学结果显示,TNF及GRN基因的各研究位点之间存在弱的连锁不平衡。TNF基因5个研究位点的CGAGG、CGCAG、TACGG、TGCGG、TGCGT单倍型以及GRN基因6个研究位点的CTGACA单倍型在AS组与正常对照组之间比较,具有统计学差异。8.TNF基因生物信息学分析在 GTEx 数据库中对 TNF 基因的 rs1800629、rs1800630、rs769178 和rs1799964位点进行eQTL分析,结果发现上述SNPs可影响多个基因的表达量,且在GSE25101数据集中显示,上述部分基因在AS患者中亦具有差异表达,提示rs1800629、rs1800630、rs769178 和 rs1799964 的 SNPs 可能通过调控其他基因的表达量从而在强直性脊柱炎发生和发展中发挥生物学功能。结论1.我们在国内外首次确认了 TNF基因位点rs769178多态性与AS易感性相关;验证了 rs1800629、rs1800630、rs769178 和 rs1799964 在 AS 组与对照组等位基因频率及基因型差异显着,差异具有统计学意义。TNF基因多态性与山东地区汉族人群AS易感性相关,eQTL分析显示其可能通过影响某些基因的表达量影响AS的易感性。目前未发现其与AS的临床表现具有显着相关性。2.GRN基因多态性与山东地区汉族人群的AS易感性无关,但是SNP基因型频率在不同种族、不同地区的分布存在明显差异,故需要更收集不同地区、不同人群的更多资料,来进一步研究GRN基因与AS是否存在关联性。第二部分ERAP1基因多态性与强直性脊柱炎易感性关系的Meta分析研究背景强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis,AS）是一种以累及中轴和外周关节、韧带和肌腱附着点为主要特征的慢性、全身性、炎症性疾病。AS具有高度遗传性,人类白细胞抗原（human leukocyte antigen,HLA）-B27基因是迄今为止发现的和AS关联性最强的基因。但近年来的研究发现,非HLA-B27基因在AS发病中也具有重要作用,研究其在AS发病中所起作用对进一步明晰AS的病因及发病机制具有重要意义。近年来的研究发现,非HLA-B27基因中的内质网氨基肽酶（endoplasmic reticulum aminopeptidase,ERAP）1基因在AS风险中也起重要作用。许多病例对照研究发现ERAP1的基因多态性与AS相关,但研究结果不尽一致。结果不一致的原因之一可能与人群差异有关。Meta分析是一种总结许多研究结果的有效的标准分析方法。既往已有多篇相关的Meta分析,但是既往研究所选择的数据库、研究人群不尽一致,且近2年多来又有多篇新的关于ERAP1基因多态性与AS关系的文章数据。故在本研究中,我们结合全基因组关联研究（genomewide association studies,GWAS）和病例对照研究进行 Meta 分析,以探讨ERAP1是否与总体人群和不同种族亚群的AS易感性相关。研究目的通过Meta分析,确定ERAP1基因单核苷酸多态性是否与总体人群和不同种族亚群AS易感性之间的关系。研究方法1.一般资料主题词采用“ankylosing spondylitis”、“ERAP1”和“polymorphism”,检索Pubmed、Embase和Cochrane数据库,同时检索相关自由词。语种设置为英语。2.筛选方法按照提前制定好的文献纳入标准与剔除标准筛选文献。每项研究均摘录以下信息:第一作者,发表年份,研究人群的国家和种族,病例组和对照组的数量,ERAP1多态性的等位基因数量。采用Newcastle-Ottawascale（NOS）文献质量评价量表评价纳入的研究的质量。3.统计学分析应用Review Manager 5.3进行统计学分析。使用OR值及其95%可信区间来作为效应指标,进行总体人群和按照种族划分的人群亚组分析。使用I2来对异质性进行定量分析。对于存在明显异质性的数据,再进行敏感性分析。采用漏斗图来分析发表偏倚。研究结果1.文献检索结果初步文献检索Pubmed数据库92篇,Embase数据库21篇,Cochrane数据库2篇,总计105篇。根据纳入标准和剔除标准,经过仔细阅读文献题目、摘要和全文,最终纳入文献31篇。总共包括26291名AS患者和45779名健康人对照。2.Meta分析结果对 rs27044,rs17482078,rs10050860,rs30187,rs2287987,rs27980,rs27037,rs27434,rs26653,rs1065407,rs27529,rs27582,rs469876,rs7711564,rs27038,rs3734016,rs11209032,rs26618,rs27895,rs17481856,rs13167972等共21个位点进行Meta分析,并按照地域和人种进行亚组分析。结果显示,rs27434的A等位基因在总体人群和高加索人群、中东人群、东亚人群中均为AS的危险因素;rs27980、rs27582、rs469876、rs27038、rs11209032、rs26618、rs27895、rs17481856 SNP在总体人群中和各亚组人群中均与AS无明显相关性;其余12个位点在总体人群和各亚组人群中与AS的相关性各有不同。在总体人群中,rs27434,rs17482078,rs10050860,rs30187,rs2287987,rs27037,rs26653,rs7711564和rs13167972 SNP与AS的易感性相关。在高加索人群中,rs27044,rs17482078,rs10050860,rs30187,rs2287987,rs27037,rs27434,rs26653,rs1065407,rs13167972 SNP与AS的易感性相关。在中东人群中,rs27044,rs27434,rs26653 SNP 与 AS 相关。在东亚人群中,rs30187,rs27037,rs27434,rs27529,rs7711564 SNP 与 AS 易感性相关。结论对目前已发表的有关ERAP1基因SNP与AS易感性关系的研究进行Meta分析表明,ERAP1基因的单核苷酸多态性与总体人群、高加索人群、中东人群和东亚人群的AS易感性有关,具体每个位点对AS易感性的影响大小在不同种族之间存在差异。对rs27434的功能注释提示,其可能通过影响ERAP1的表达以及间接影响TNF的作用从而对AS易感性产生影响,但尚需进一步研究以明确。下一步还需进一步的种族特异性关联研究来确定不同人群ERAP1的SNP与AS易感性的遗传关系。
刘攀[6]（2020）在《ALDH2和C12orf30基因多态性与新疆汉族、哈萨克族食管鳞癌的易感性及预后的相关研究》文中提出目的:探讨新疆汉族、哈萨克族人群染色体12q24区域中ALDH2（乙醛脱氢酶2）基因单核苷酸多态性rs671（G>A）和c12orf30（N-α-乙醛转移酶）基因单核苷酸多态性rs4767364（A>G）与食管癌易感性及预后的关系。方法:新疆地区食管癌患者哈萨克族65例,汉族62例;同一地区无肿瘤病史的正常人群对照哈萨克族75例,汉族50例。采用Taq Man等位基因鉴别技术检测研究对象染色体12q24区域中ALDH2基因rs671位点和c12orf30基因rs4767364位点的多态性基因型分布;采用Hardy-Weinberg平衡定律检验基因型分布情况。分析rs671位点和rs4767364位点各基因型与食管癌患者预后的关联。结果:新疆哈萨克族食管癌组与对照组中,ALDH2基因rs671位点GG、GA、AA基因型频率分别为46.15%、40.00%、13.85%和68.00%、26.67%、5.33%,ALDH2基因rs671位点基因型频率在新疆哈萨克族食管癌组与对照组之间有显着性差异（P<0.05）;新疆汉族食管癌组与对照组中,rs671位点GG、GA、AA基因型频率分别为54.84%、40.32%、4.84%和58.00%、38.00%、4.00%,rs671位点基因型频率在新疆汉族食管癌组与对照组之间无显着性差异（P>0.05）。新疆哈萨克族食管癌组与对照组中,c12orf30基因rs4767364位点AA、AG、GG基因型频率分别为75.38%、21.54%、3.08%和78.67%、18.67%、2.67%,c12orf30基因rs4767364位点基因型频率在新疆哈萨克族食管癌组与对照组之间无显着性差异（P>0.05）。新疆汉族食管癌组与对照组中,c12orf30基因rs4767364位点AA、AG、GG基因型频率分别为64.52%、32.26%、3.23%和66.00%、30.00%、4.00%,c12orf30基因rs4767364位点基因型频率在新疆汉族食管癌组与对照组之间无显着性差异（P>0.05）。ALDH2基因rs671位点与新疆哈萨克族、汉族食管癌预后均相关（P<0.05）,c12orf30基因rs4767364位点与新疆哈萨克族食管癌预后相关（P<0.05）,与汉族食管癌患者预后无关（P>0.05）。结论:染色体12q24区域中,ALDH2基因rs671（G>A）与新疆哈萨克族食管癌易感性及哈萨克族、汉族的食管癌患者预后可能均相关。c12orf30基因rs4767364位点与哈萨克族食管癌患者预后可能相关。通过对ALDH2基因、C12orf30基因多态性与吸烟、饮酒及体重指数的相关性研究得出,ALDH2基因的rs671位点在饮酒人群和不饮酒人群中,以及在不同分级的BMI指数人群中,病例组和对照组分布差异均不显着。C12orf30基因rs4767364位点在饮酒人群和不饮酒人群中、吸烟人群和不吸烟人群中,病例组和对照组分布差异均不显着。C12orf30基因rs4767364位点基因型、等位基因频率在III+IV级人群中分布差异显着,经性别、诊断年龄、家族史、吸烟、饮酒等因素调整后则无显着相关性。在进一步的研究中发现,ALDH2基因、C12orf30基因多态性与新疆汉族、哈萨克族ESCC放射敏感性的相关性研究,显示ALDH2基因rs671位点的AA基因型的放疗疗效与其他两个基因型比较,有统计学差异。余均与放射敏感性不相关。
王燕[7]（2020）在《新疆地区变应性鼻炎吸入变应原谱及相关拷贝数变异分析》文中进行了进一步梳理目的:通过对新疆地区近13年变应原皮肤点刺试验结果回顾性分析及对变应性鼻炎家系的全基因组测序和变应性鼻炎病例对照组拷贝数变异分析,了解了本区变应性鼻炎患者变应原谱的分布及变化情况,探讨了基因拷贝数变异与变应性鼻炎的相关性。方法:第一部分:回顾性分析了2007年1月-2019年12月间5019例患者的皮肤点刺试验结果,研究分析了不同变应原在13年间的分布情况及变化规律以及在不同性别、年龄、族别患者中的分布情况。第二部分:对1个新疆地区汉族家系（3个变应性鼻炎样本,2个正常样本）进行了低深度全基因组测序,并采用了生物信息学的方法及拷贝数变异片段区域的基因功能寻找筛选候选拷贝数变异;第三部分:收集汉族变应性鼻炎患者696例,汉族对照528例,对其外周血提取DNA后,采用AccucopyTM拷贝数检测技术对13个候选基因拷贝数变异进行检测:8＿1、8＿2、9＿1、9＿2、ADAM8、CCL3L1、IL1RL1、MUC5B、MUC5AC、NME7、ORMDL3、SERPINA1＿1、SERPINA1＿2。分析13个候选基因拷贝数变异在病例对照组中的分布情况及其与变应性鼻炎的相关性。结果:第一部分:1)14种变应原在不同时间的分布明显不同,差异有统计学意义（P<0.05）,变应原阳性率随年份不同而变化,但藜属在13年间基本处于本区变应原的首位。14种变应原总体阳性率分别是藜属48.2%、车前草33.2%、艾蒿33.1%、豚草32.7%、刺槐32.1%、梯牧草32%、粉螨31.5%、杨树30.3%、尘螨29.6%、蟑螂26.9%、猫上皮11.6%、特异青霉菌9.4%、狗上皮8.5%、交链孢霉7.7%;2)不同性别间的比较,男性2140例（42.6%）,女性2879例（57.4%）。艾蒿、藜属、豚草、车前草、梯牧草、刺槐、交链孢霉、特异青霉、尘螨、粉螨、蟑螂、杨树、猫上皮的男性阳性率明显高于女性,差异有统计学意义（P<0.05）。狗上皮的阳性率在男性女性之间分布均无统计学差异（P>0.05）;3)不同年龄之间的比较,除狗上皮阳性率在不同年龄间差异无统计学意义（P=0.288）外,其余13种:艾蒿、藜属、豚草、车前草、梯牧草、刺槐、杨树、交链孢霉、特异青霉、猫上皮、尘螨、粉螨、蟑螂在不同年龄间变应原阳性率差异均具有统计学意义（P<0.05）;4)不同民族间的比较,汉族3850例、维吾尔族694例、哈萨克族270例、回族113例、其他民族92例,交链孢霉、特异青霉、猫上皮、尘螨、粉螨、蟑螂阳性率在不同民族间分布,差异无统计学意义（P>0.05）。艾蒿、藜属、豚草、车前草、梯牧草、刺槐、杨树、狗上皮在不同民族间变应原阳性率差异具有统计学意义（P<0.05）。第二部分:通过对家系全基因组测序后,总共发现了1360个拷贝数变异,其中3个变应性鼻炎样本携带而2正常个体未携带,筛选出62个拷贝数变异,将测序质量低、结果不可靠;拷贝数变异片段范围内没有功能基因的以及拷贝数变异内基因与变应性鼻炎没有明确关系的剔除,最终得到与变应性鼻炎相关的候选拷贝数变异;第三部分:8＿1、8＿2、9＿1、9＿2、ADAM8、CCL3L1、IL1RL1、MUC5B、NME7、ORMDL3、SERPINA1＿1、SERPINA1＿2的拷贝数在病例对照组的分布无明显差异（P>0.05）.MUC5AC在病例对照组中差异分布具有统计学意义（P=0.002）。结论:第一部分:新疆地区变应原分布随时间不同在不断变化,主要变应原以草本类为主,变应原在不同性别、年龄、族别变应性鼻炎患者中的分布不同。第二部分:经过测序筛选共得到13个候选拷贝数变异,分别是8＿1、8＿2、9＿1、9＿2、ADAM8、CCL3L1、IL1RL1、MUC5B、MUC5AC、NME7、ORMDL3、SERPINA1＿1、SERPINA1＿2;第三部分:MUC5AC基因拷贝数变异与变应性鼻炎存在相关性。同时CCL3L1在新疆汉族人群中的拷贝数范围是1-10。
何林熹[8]（2020）在《中医体质分类辨识及肾阳虚体质线粒体基因SNP研究》文中研究指明目的:1.研究通过系统梳理古今文献,厘清中医体质内涵和外延,深入考证中医体质分类与辨识体系,构建中医体质客观化辨识体系。为中医体质临床应用奠定理论基础。2.为探索体质客观化分类与辨识诊断的有效途径,以肾阳虚体质为切入点,采用线粒体基因组全测序方法,筛选肾阳虚体质线粒体基因SNP位点。通过位点功能注释,探索肾阳虚体质辨识的分子生物学基础,为肾阳虚体质分类及辨识筛选可能的生物标志物。方法:1.文献研究（1）文献检索:古代文献检索以“体质”、“禀质”、“素质”、“禀赋”、“气禀”、“禀质”、“素禀”为关键词在《中华医典》中对两汉至明清的古籍文献进行检索。此外以“体质内涵”、“体质辨识”、“体质诊断”、“体质分类”、“体质差异”、“Constitution of Traditional Chinese Medicine”、“Constitution of TCM”为关键词在CNKI、Pub Med上检索1979年1月至2018年12月期间公开发表的文献。（2）文献摘录:按照文献纳入排除标准对文献进行摘录和整理。（3）文献整理归纳与凝练:通过文献整理、归纳古今文献,凝练中医体质的学术思想,并以此为核心,深入考证中医体质分类与辨识方法,厘清体质内涵及外延。2.肾阳虚体质受试者线粒体基因SNP研究。（1）肾阳虚体质受试者纳入:根据课题组前期制定的肾阳虚体质评判标准初步筛选肾阳虚体质受试者,采用《中医体质分类判定标准》排除受试者中阳虚体质外的其余兼夹体质。经3名中医诊断学专业人员诊断确认后,签署知情同意书纳入实验研究。（2）线粒体基因组全测序:肾阳虚体质受试者血液样本采集后,抽取样本线粒体DNA,经质检、扩增后进行线粒体基因组全测序。（3）线粒体基因SNP位点筛选:将纳入受试者DNA序列与线粒体基因标准序列进行比较,筛选肾阳虚体质受试者的共同SNP位点。（4）线粒体基因SNP位点分子生物学功能注释。结果:1.文献研究（1）检索纳入古代文献条目3997条;检索到现代中文文献2603篇,英文文献150篇。根据纳入排除标准筛选后纳入中文文献365篇,英文文献16篇。（2）体质形成:体质的形成秉承于先天得养于后天,以先天为主后天为辅。（3）体质内涵:体质是在先天禀赋和后天环境共同作用下,“身心合一”观的指导下,在外貌体态、生理特征、精神情志方面所表现的人体特质。（4）体质分类:古代体质分类以“阴阳”“五行”为纲。其中《灵枢·通天》和《灵枢·阴阳二十五人》中分类最为详尽,涵盖面最广。现代体质分类主要包括病理体质分类法和更为多元化的综合分类法14种,并对特殊群体（如儿童、妇女）的体质进行了分类。（5）体质辨识:中医古代体质辨识内涵非常丰富,其中主要包括外貌体态、生理特点及心理特点。现代中医体质辨识研究聚焦于中医体质的客观化诊断,其中中医体质量表的运用最为广泛。此外,四诊信息的客观化及现代生物学指标的引入推动了体质客观化的发展。（6）体质分类辨识体系框架:形成以“身心合一”观为核心,外貌体态特征为基础,分子生物学及客观化舌、脉诊信息数据为参考,体质问卷量表数据为辅助的中医体质客观化分类辨识体系框架。2.肾阳虚体质受试者线粒体基因SNP研究（1）通过体质量表评定和专业人员评估共纳入肾阳虚体质受试者31例。（2）基因序列比对筛选了10个肾阳虚体质共同突变位点,这些位点分别位于以下6个基因片段上:MT-RNR1（m.73A>G,m.263A>G,m.750A>G,m.1438A>G）、MT-RNR2（m.3105ACN>AC）、MT-CO1（m.7028 C>T）、MT-ATP6（m.8860A>G）、MT-ND4（m.11719 G>A）、MT-CYB（m.14766 C>T,m.15326A>G）。位点中有2个位点m.73A>G及m.263A>G位于线粒体DNA上游非编码区,其余位点均位于外显子区域。（3）肾阳虚体质线粒体基因位点注释发现突变位点与衰老进程、能量代谢、生殖功能及精神情志异常相关。结论:1.体质是在先天禀赋和后天环境共同作用下,“身心合一”观指导下,外貌体态、生理功能和精神情志方面所表现的个体特质。“身心合一”思想贯穿整个体质分类、体质辨识的全过程,是体质理论的核心思想。2.以“身心合一”观为核心,外貌体态特征为基础,分子生物学及客观化舌、脉诊信息数据为参考,体质问卷量表数据为辅助的中医体质客观化分类辨识体系的构建为中医体质诊断客观化奠定了理论基础。3.线粒体基因SNP改变所导致的线粒体功能不良可能是肾阳虚体质形成的生物学基础,这是肾阳虚体质实质研究新的切入点。4.研究筛选出的6个基因及其上的10个位点可能是肾阳虚体质辨识的潜在生物标志物。5.体质的分子生物学基础研究,是探索体质分类辨识客观化的途径之一。
马洁琼[9]（2020）在《干血斑联合检测HIV/HCV/TP抗体、核酸方法建立及应用策略研究》文中提出研究背景为科学、有效地预防与控制HIV（Human immunodeficiency virus,HIV）、HCV（Hepatitis C virus,HCV）及TP（Treponema Pallidum,TP）传播,获知其流行趋势与动态,我国建立了全国艾滋病哨点监测系统,多年来该系统在艾滋病防治中发挥着不可替代的重要作用。截至目前全国共有1975个哨点,每年需进行数十万人份的检测,包括HIV、HCV、TP。现有哨点样本检测采用的是血浆检测法,每年需在规定的时间内集中采集大量血浆样本,由专人将其运送至实验室,分别对每份样本进行HIV、HCV、TP的检测,同时实验室管理办法规定阳性血浆样本须长期储存。现行的血浆检测方法在实际工作中面临着诸多挑战,包括现场采集血浆样本需要大量人力和耗材、样本运输要求高尤其是HIV属于高致病性病原微生物必须符合高级别生物安全运输要求、长期积累的阳性血浆样本保存空间难以持续扩大、需要溯源时无法用血浆样本追溯到个体的遗传特征等诸多问题。需要创新研究,建立更加适宜我国艾滋病哨点监测的实验室检测方法。与血浆相比,干血/浆斑样本具有采样方便、稳定性好、储存简单、无需冷链运输,可最大限度降低生物安全风险等诸多优势,既往研究已经证实干血/浆斑对监测遗传性疾病是一个有效方法,也有相关研究干血斑检测HIV、HCV和TP的报道。但已有研究检测HIV、HCV、TP的干血斑处理缺乏标化的统一方法,检测每个病原菌时需要分别处理干血斑。为了提高检测效率,需要创新,研究标化干血斑处理方法,一份干血斑一次性标化处理后可检测三种病原菌,不需要分别处理三次干血斑。研究建立更加适宜我国哨点监测的实验室检测方法,对于提高我国艾滋病哨点监测的实验室总体效率具有十分重要的现实应用价值。研究方法1.干血斑联合检测HIV/HCV/TP抗体方法的建立、评价及策略研究方法学建立:基于现有商业化试剂盒,通过优化血液采集体积、干血斑洗脱液加样量、干血斑大小、洗脱液体积、洗脱液组分、洗脱温度及洗脱时间等实验参数,建立适宜的应用一份干血斑检测HIV/HCV/TP抗体的酶联免疫检测方法。实验室评价:构建系列实验室评价盘,包括实验室基础盘、实验室干扰盘、实验室精密度盘等,评价应用一份干血斑检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA方法的敏感性与特异性、线性范围、分析灵敏度、分析特异性、精密度性等实验室性能指标,并评价干血斑样本稳定性。临床评价:以男同人群（Men who have sex withmen,MSM）,注射吸毒人群（people who injectdrugs,PWIDs）两类重点人群作为研究对象,2018年6月至2019年11月,在黑龙江省哈尔滨市男同人群监测哨点、江西省南昌市美沙酮门诊共采集429份血液/血浆配对样本,其中229份为MSM人群样本,200份为PWIDs人群样本。采用已建立的一份干血斑检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA方法进行检测。以血浆检测结果作为参考标准,分析一份干血斑检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA方法的临床敏感性与临床特异性,并计算PPV、NPV及Kappa值。策略研究:提出干血斑抗体筛查策略,即直接采用一份干血斑检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA方法进行HIV、HCV及TP感染的筛查,以常规实验室检测结果为标准,初步探讨其应用效果。2.干浆斑联合检测HIV/HCV/TP抗体方法的建立与评价方法学建立:基于现有商业化试剂盒,通过优化血浆采集体积、干浆斑大小、洗脱液体积、洗脱液组分、洗脱温度及洗脱时间等实验参数,建立适宜的应用一份干浆斑检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA检测方法。实验室评价:构建系列实验室评价盘,包括实验室基础盘、实验室干扰盘、实验室精密度盘等,评价应用一份干浆斑检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA方法的敏感性与特异性、线性范围、分析灵敏度、分析特异性、精密度性等实验室性能指标,并评价干浆斑样本稳定性。临床评价:以MSM、PWIDs两类重点人群作为研究对象,2018年6月至2019年10月,在黑龙江省哈尔滨市男同人群监测哨点、江西省南昌市美沙酮门诊共采集329份血液/血浆配对样本,其中129份为MSM人群样本,200份为PWIDs人群样本。采用己建立的一份干浆斑检测HIV/HCV/TP抗体ELISA方法进行检测。以血浆检测结果作为参考标准,分析一份干浆斑检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA方法的临床敏感性与临床特异性,并计算PPV、NPV及Kappa值。进一步比较分析一份干血斑与一份干浆斑分别用于检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA方法的检测性能。3.干血斑联合检测HIV/HCV/TP核酸方法的建立与策略研究方法学建立:建立和优化应用一份干血斑检测HIV/HCV/TP的核酸方法。与血浆检测结果为标准,评价所建立方法的准确性。策略研究:首次提出干血斑HIV/HCV/TP抗体与核酸检测相结合的干血斑筛查策略,即第一步采用一份干血斑进行HIV/HCV/TP抗体检测;第二步采用一份干血斑对HIV抗体阳性样本进行HIV-1 RNA或HIV-1 DNA检测,对HCV抗体阳性样本进行HCV RNA检测,对TP抗体阳性样本则再次采用ELISA方法复检,结果以第二步检测结果为准。在此基础上,以常规实验室检测结果为参考标准,初步探讨此干血斑筛查策略的应用效果。研究结果1.干血斑联合检测HIV/HCV/TP抗体方法的建立、评价及策略研究方法学建立:一份干血斑检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA方法最适条件为血液收集量为70～100 μL,取全斑,采用500 μL 1‰ Tween20-PBS洗脱液于RT下洗脱4 h,HIV检测时加入样本为（30 μL干血斑洗脱液+70 μL 1‰ Tween20-PBS洗脱液）。实验室评价:结果表明分析特异性良好;不同抗体水平干血斑样本的日间精密度、批内精密度、斑间精密度的变异系数（CV）均小于15%;干血斑样本稳定性良好。临床评价:429份配对样本的结果显示,HIV、HCV、TP抗体阳性率分别为6.1%（26/429）、27.7%（119/429）与 15.0%（64/429）;其中,HIV/HCV/TP、HIV/HCV、HIV/TP及HCV/TP合并感染样本分别为2份、2份、4份、9份。一份干血斑检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA方法的临床特异性均为100%,临床敏感性分别为88.5%（95%CI:0.69～0.97）、98.3%（95%CI:0.93～1.00）、92.2%（95%CI:0.82～0.97）;PPV均为100%,NPV 分别为 99.3%、98.3%、92.2%;Kappa 值分别为 0.96、0.99、0.95。策略研究:采用干血斑抗体筛查策略检测HIV、HCV及TP抗体,与实验室检测结果相比,两种方法检测结果的一致性为:在HIV检测中,阳性符合率88.5%（23/26）,阴性符合率100%（403/403）,总符合率为99.3%（426/429）;在HCV检测中,阳性符合率 98.3%（117/119）,阴性符合率 100%（310/310）,总符合率为 99.5%（427/429）;在TP检测中,阳性符合率92.2%（59/64）,阴性符合率100%（365/365）,总符合率为 98.8%（424/429）。2.干浆斑联合检测HIV/HCV/TP抗体方法的建立与评价方法学建立:一份干浆斑检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA方法的最适条件为血浆收集量为100 μL取全斑,采用500μL 1‰Tween20-PBS于RT下洗脱2 h。实验室评价:结果表明分析特异性良好;不同抗体水平干浆斑样本的日间精密度、批内精密度、斑间精密度的CV均小于15%;干浆斑样本稳定性良好。临床评价:329份配对样本的结果显示,血浆样本中,HIV、HCV、TP抗体阳性率分别为 3.0%（10/329）、35.9%（118/329）与 11.2%（37/329）。其中,HIV/HCV/TP、HIV/HCV、HIV/TP及HCV/TP合并感染样本量分别为1份、2份、4份、9份。千浆斑用于HIV/HCV/TP抗体检测的临床敏感性分别为90.0%（95%CI:0.54～0.99）、99.2%（95%CI:0.97～1.00）、86.5%（95%CI:0.70～0.95）;临床特异性均为 100%。Kappa值分别为 0.95、0.99、0.92。干血斑与干浆斑检测结果比较分析显示:整体而言,与血浆检测结果为标准,干血斑与干浆斑用于联合检测HIV/HCV/TP的总符合率分别为:HIV抗体检测,干血斑的总符合率为99.4%（327/329）,干浆斑的总符合率为99.7%（328/329）;HCV抗体检测,干血斑的总符合率为99.4%（327/329）,干浆斑的总符合率为99.7%（328/329）;TP抗体检测,干血斑的总符合率为98.5%%（324/329）,干浆斑的总符合率为98.8%（325/329）。两种样本的HIV/HCV/TP抗体检测结果S/CO比值整体分布相似,S/CO比值分布的中位数与平均值相近。3.干血斑联合检测HIV/HCV/TP核酸方法的建立与策略研究方法学建立:成功建立了一份干血斑用于HIV RNA/DNA及HCV RNA联合检测的方法。结果表明:HIV-1 VL干血斑的检出率为84.4%（27/32）;血浆与干血斑HCV VL检测结果的一致率为98.1%（101/103）。血浆与干血斑样本HIV-1 VL检测相关性r=0.68（n=27,P<0.05）。对于 HCV VL 检测,二者相关性 r=0.61（n=89,P<0.05）。Altman-Bland分析显示:血浆与干血斑中HIV-1 VL检测值平均差异为1.00±1.01 log10 copies/mL;所有干血斑样本HIV-1 VL均在±1.96 SDs范围之内即-0.97～+2.97 log10 copies/mL。针对HCV VL检测,血浆与干血斑样本中VL平均差异为0.15±1.08 log10 copies/mL,94.38%（84/89）样本检测结果在±1.96 SDs 范围内即-1.96～+2.67 log10 copies/mL。采用干血斑进行HIV-1 DNA检测,与血浆HIV-1 RNA检测结果一致且RT-PCR检测性能良好。策略研究:在一份干血斑检测HIV/HCV/TP抗体与检测核酸方法相结合的基础上,提出干血斑抗体与核酸相结合筛查策略,其实验流程为:即第一步采用一份干血斑进行HIV/HCV/TP抗体检测;第二步采用一份干血斑检测HIV/HCV核酸方法对HIV抗体阳性样本进行HIV-1 RNA或HIV-1 DNA检测,对HCV抗体阳性样本进行HCV RNA检测,对TP抗体阳性样本则再次采用ELISA方法复检,结果以第二步检测结果为准。将常规实验室检测结果与干血斑抗体与核酸筛查策略进行比较,采用干血斑抗体与核酸监测HIV、HCV及TP的总符合率分别为:HIV-1 RNA总符合率为99.3%或HIV-1 DNA总符合率为100%;HCVRNA总符合率为98.6%;TP总符合率为98.8%。研究结论1.本研究标化了干血/浆斑处理方法,优化了实验流程,成功建立了一份干血/浆斑样本检测HIV/HCV/TP抗体的ELISA方法,显着缩短了试验流程;并证实所建立方法具有良好敏感性与特异性,可满足实验室检测需要。干血斑与干浆斑样本具有良好的稳定性;二者检测结果一致性高,可适应于不同检测环境。2.应用一份干血斑联合检测HIV-1 RNA、HIV-1 DNA及HCV RNA,其HIV-1 DNA检测结果与血浆检测结果一致;HIV-1 RNA与HCV RNA检测具有较高检出率。证实一份干血斑可用于HIV-1 DNA、HIV-1 RNA及HCV RNA联合检测。3.本研究将一份干血斑联合检测HIV/HCV/TP抗体和核酸监测策略应用于艾滋病哨点监测,与现行策略检测结果一致性高,为提升现有哨点样本检测效率提供了新的技术策略,对建立适宜我国哨点监测的实验室检测策略具有重要参考价值。
李达[10]（2020）在《TNF-α在深静脉血栓形成中的作用及其机制研究》文中研究指明深静脉血栓形成（DVT）是血管外科一类常见疾病,好发于下肢,静脉血栓一旦脱落可导致肺动脉栓塞（PE）,具有潜在的致死风险。下肢深静脉血栓形成的发病原因复杂,针对其致病机制的研究始终是血管外科研究领域中的热点,越来越多的研究证据显示炎症反应可能是深静脉血栓形成的重要病因,但是有关炎症相关因子在下肢深静脉血栓形成发病过程中的作用机制尚未被全面阐释。肿瘤坏死因子α（TNF-α）作为一种重要的炎症因子,具有调节血管渗透性,刺激促凝因子释放和诱导高凝状态形成等一系列生理功能,既往研究已显示TNF-α可能参与动脉血栓形成过程,但是动脉与静脉血栓形成在机制方面存在差异。截止目前,针对TNF-α是否参与静脉血栓形成过程的研究极少。本研究结合多种实验方法,探讨TNF-α以及TNF-α基因在深静脉血栓形成过程中的作用以及可能的作用机制。研究首先检测TNF-α在DVT患者与健康对照人群中的表达情况;通过分离并培养外周血单个核细胞（PBMCs）,观察TNF-αm RNA的表达情况以及组织因子（TF）、纤溶酶原激活物抑制物-1（PAI-1）、血管内皮细胞粘附分子-1（VCAM-1）以及细胞间粘附分子-1（ICAM-1）的表达;在深静脉血栓组PBMCs中加入TNF-α抑制剂后再观察以上几种因子的变化情况,探索TNF-α与TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1的表达之间关联性。在第二部分研究中,采用PCR-LDR方法检测TNF-α基因rs1800629（-308G/A）位点的多态性情况,并结合荟萃分析方法,探索该位点多态性与静脉血栓易感性之间的关联。在第三部研究中,通过制作小鼠深静脉血栓形成模型,分组实验观察TNF-α是否具有促进静脉血栓形成的作用,探索TNF-α影响静脉血栓形成的可能作用机制以及具体受体通路和信号通路机制;并验证具有炎症抑制作用的ATL（15-epi-lipoxin A4）是否能够减轻静脉血栓形成过程中的炎症反应,以及是否具有抑制TNF-α诱导产生的促血栓作用以及可能的作用机制。研究的第一部分结果显示在深静脉血栓患者中TNF-α的表达显着增高,血栓患者PBMCs中TNF-αmRNA高表达,在深静脉血栓发病过程中,可能存在TNF-α相关基因的激活。TNF-α的高表达与TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1的高表达相关,加入TNF-α抑制剂可以降低这些因子的表达。研究的第二部分结果显示TNF-α基因rs1800629位点多态性与下肢深静脉血栓易感性之间无明显相关性。研究的第三部分结果显示TNF-α对于静脉血栓形成具有促进作用。TNF-α的促血栓作用可能是通过TNFR2受体介导的PI3K/AKT/NF-κB信号通路激活并引起TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1等多种促凝因子、纤溶抑制因子以及粘附因子的表达升高实现。ATL能够抑制静脉血栓发生过程中的炎症反应,降低TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1等因子的表达,也显示出对于TNF-α诱导的促血栓生成作用具有一定抑制作用。本课题研究对于TNF-α在深静脉血栓形成过程中具体作用以及相关机制进行了较为深入的探索,可能为日后深静脉血栓的诊治提供新的思路和方法。本课题研究分为三个部分,下面就各部分研究目的、方法、结果和结论进行分述。第一部分TNF-α在下肢深静脉血栓形成患者中的表达及其影响深静脉血栓形成的可能机制探讨目的:观察孤立性下肢深静脉血栓（DVT）患者TNF-α的表达情况以及在经过抗凝溶栓治疗后的TNF-α表达变化情况。通过分离并培养健康对照人群和DVT患者的外周血单个核细胞（PBMCs）,观察TNF-α的表达以及组织因子（TF）、纤溶酶原激活物抑制物-1（PAI-1）以及细胞粘附因子（ICAM-1/VCAM-1）的表达。初步探讨TNF-α在下肢深静脉血栓形成过程中的可能机制。方法:经过筛选后纳入无明显诱因的孤立性急性下肢深静脉血栓形成的患者共50例,对照组为同时期体检的健康人群50例,通过酶联免疫吸附（ELISA）方法检测两组血浆TNF-α的表达水平。深静脉血栓组患者应用依诺肝素抗凝以及尿激酶溶栓治疗,ELISA法检测经治疗一周后深静脉血栓组患者的TNF-α水平,比较治疗前后TNF-α水平变化情况。分离并培养健康对照人群以及DVT患者的外周血单个核细胞（PBMCs）,实时荧光定量PCR（RT-q PCR）检测TNF-αm RNA表达情况,Western Blot方法检测TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1的表达情况。最后再加入TNF-α抑制剂,检测TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1的表达变化情况。结果:下肢深静脉血栓形成的患者血浆中TNF-α表达水平显着升高,经过抗凝溶栓治疗后TNF-α表达水平降低。通过培养PBMCs,可检测到深静脉血栓患者TNF-αm RNA水平显着高于健康对照组,TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1表达也显着高于健康对照组。在深静脉血栓组PBMCs中加入TNF-α抑制剂后,TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1表达情况显着降低。结论:TNF-α在深静脉血栓形成患者血浆中显着高表达,经过抗凝溶栓治疗后表达水平降低。通过细胞实验证实,深静脉血栓组PBMCs中TNF-αm RNA表达升高。TNF-α与TF、PAI-1等凝血系统激活以及纤溶系统抑制因子高表达相关,同时与ICAM-1以及VCAM-1等粘附因子的高表达相关。第二部分TNF-α基因rs1800629多态性与深静脉血栓形成易感性之间的相关性研究目的:探讨TNF-α基因rs1800629（-308G>A）位点多态性与汉族人群下肢深静脉血栓形成之间的关系。并通过meta分析方法,结合本部分所得的研究数据,全面分析rs1800629位点多态性与静脉血栓易感性之间相关性。方法:收集2017年11月至2019年1月期间于连云港市第一人民医院住院治疗的孤立性急性下肢深静脉血栓形成患者50例为病例组,选取同时期于连云港市第一人民医院体检中心体检的健康人群50例为对照组。下肢深静脉血栓形成的诊断标准采用2017年第三版中国深静脉血栓诊疗指南,所有患者均经由血管彩超或者下肢静脉造影检查确诊。收集病例组及对照组入组人员基本临床资料以及外周血样本,应用PCR-LDR方法检测病例组及对照组中TNF-α基因rs1800629位点多态性情况,分析rs1800629多态性与下肢深静脉血栓形成之间的关联性。随后通过系统化检索pubmed、embase、web of science、中国知网以及万方数据库,收集既往有关TNF-α基因rs1800629位点多态性与静脉血栓栓塞症关联性的研究文献,提取研究数据后,整合我们所得出的rs1800629多态性与静脉血栓易感性之间关联性的数据,采用Revman5.3软件进行荟萃分析。结果:病例组中TNF-α基因rs1800629位点的各基因型分布频率分别为GG型42例（84%）,GA型6例（12%）以及AA型2例（4%）,对照组中各基因型分布频率分别为GG型44例型（88%）,GA型5例（10%）以及AA型1例（2%）,对照组人群符合Hardy-Weinberg平衡,病例组及对照组之间基因型分布无显着统计学差异。按照等位模型（G vs.A）、杂合模型（GA vs.GG）、纯合模型（AA vs.GG）、显性模型（GA+AA vs.GG）以及隐性模型（AA vs.GG+GA）五种基因对比模型进行统计分析后,也未发现TNF-α基因rs1800629位点多态性与下肢深静脉血栓易感性之间存在显着相关性。在荟萃分析部分中,通过系统化检索相关数据库并结合本研究所得的相关研究数据,共纳入5项相关研究,所纳入荟萃分析的病例组总样本量1396例,对照组总样本量1311例,通过软件计算后,五种基因对比模型统计结果如下:等位模型（OR:1.05 95%CI 0.91-1.23 p=0.49）、显性模型（OR:1.06 95%CI 0.89-1.25 p=0.52）、杂合模型（OR:1.05 95%CI 0.88-1.25 p=0.59）、纯合模型（OR:1.14 95%CI 0.66-1.97p=0.65）以及隐性模型（OR:1.14 95%CI 0.66-1.96 p=0.65）,所有基因对比模型均未发现差异具有统计学意义。在所有的基因对比模型中均未见显着异质性（I2<50%）。按照不同族群进行的亚组分析结果也未发现具有统计学差异的基因对比模型。结论:TNF-α基因rs1800629位点多态性与下肢深静脉血栓形成易感性之间无明显相关性。第三部分TNF-α在小鼠深静脉血栓模型中的作用影响及机制研究目的:建立小鼠深静脉血栓形成模型,观察TNF-α是否具有促进静脉血栓形成的作用,并探索可能的作用机制。研究TNF-α对静脉血栓影响的具体受体通路及信号通路机制。通过进一步实验验证ATL（15-epi-lipoxin A4）是否能够抑制静脉血栓形成过程中的炎症反应,以及是否具有抑制TNF-α诱导的促血栓生成作用,并研究ATL产生影响的可能信号通路机制。方法:1、通过游离结扎小鼠下腔静脉建立小鼠深静脉血栓形成模型,确认小鼠血栓模型建立成功;分别给与血栓模型小鼠静脉注射PBS或者溶有TNF-α的PBS,分别观察建模手术后不同的时间点（6h、12h、24h、48h）TNF-α对小鼠静脉血栓形成的影响情况,通过对血栓长度及重量的测量,确定血栓差异最大的时间点。2、将小鼠随机分为4组,分别为:○1对照组（Control组）○2假手术组（Sham组）○3 DVT手术组（术前10min尾静脉注射PBS再进行血栓建模）○4 TNF-α+手术组（术前10min尾静脉注射溶解有0.4μg/kg TNF-α的PBS再进行血栓建模）,在血栓形成差异最大的时间点,处死小鼠并对各组小鼠血栓形成情况进行测量;ELISA法检测血栓组小鼠及对照组和假手术组小鼠TNF-α水平;流式细胞方法检测血小板表面活化标记CD61和CD49β的表达,通过血小板聚集实验检测各组小鼠血小板聚集情况;Western Blot方法测量各组小鼠下腔静脉血管组织中TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1的表达情况。3、通过TNFR1-/-以及TNFR2-/-小鼠进行血栓建模（术前10min尾静脉注射0.4μg/kg溶有TNF-α的PBS再进行血栓建模）,对TNFR1-/-以及TNFR2-/-小鼠静脉血栓形成情况进行测量;测量各组小鼠下腔静脉血管组织中TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1的表达情况;对比TNFR1-/-以及TNFR2-/-小鼠与野生型TNF-α+手术组小鼠之间是否存在血栓形成的差别以及各种因子表达的差别。4、再取小鼠分为两组,一组为ATL+DVT手术组（术前1h尾静脉注射溶解有100μg/kg 15-epi-lipoxin A4的PBS再进行血栓建模）,另外一组为ALT+TNF-α+手术组（术前1h尾静脉注射溶解有100μg/kg15-epi-lipoxin A4的PBS,术前10min尾静脉注射溶解有0.4μg/kg TNF-α的PBS再进行血栓建模）,测量各组小鼠下腔静脉血管组织中TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1的表达情况;采用HE染色以及免疫组化的方法分析血栓组织中炎症细胞表达情况以及各组小鼠下腔静脉血管组织中TF、PAI-1以及ICAM-1表达情况;RT-q PCR方法检测TNF-α以及ATL对于小鼠下腔静脉血管组织中PI3K、AKT1以及NF-κB m RNA表达的影响;Western Blot方法检测各组小鼠下腔静脉内皮组织中p-PI3K、PI3K、pAKT1、AKT1以及NF-κB表达情况。结果:1、DVT手术组小鼠血浆TNF-α水平显着升高,通过分组研究发现TNF-α对于静脉血栓形成具有促进作用,术后24小时TNF-α对血栓形成效果影响最大。与对照组、假手术组以及DVT手术组相比,TNF-α+手术组小鼠血栓长度和重量都增高,差异具有统计学意义。2、TNF-α+手术组小鼠与DVT手术组小鼠在血小板聚集实验中无显着性差异,流式细胞检测方法也显示在两组小鼠血浆中活化的血小板无显着差异。3、与对照组、假手术组以及DVT手术组相比,TNF-α+手术组小鼠下腔静脉血管组织中TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1等因子的表达均升高。4、对比野生型TNF-α+手术组,TNFR1-/-小鼠中血栓形成长度和重量没有显着差异;TNFR2-/-小鼠在血栓形成长度和重量方面降低,下腔静脉血管组织中TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1等因子表达情况减少,差异具有统计学意义。5、HE染色结果显示TNF-α+手术组血栓组织中炎症细胞浸润水平显着高于手术组,而ATL+手术组小鼠血栓组织中炎症细胞浸润水平显着低于DVT手术组。免疫组化以及Western Blot方法检测结果显示ATL+手术组小鼠TF、PAI-1、ICAM-1以及ICAM-1的表达相较DVT手术组小鼠受到抑制,ATL+TNF-α+手术组小鼠TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1的表达相较TNF-α+手术组小鼠显着降低。6、RT-q PCR检测结果以及Western Blot方法检测结果显示TNF-α+手术组小鼠下腔静脉血管组织中PI3K、ATK1以及NF-κB m RNA表达显着高于DVT手术组,相关蛋白的表达也显着增高,差异具有统计学意义。而ATL则能够抑制PI3K、ATK1以及NF-κB的表达。结论:在小鼠深静脉血栓模型中,TNF-α表达水平升高。TNF-α对于静脉血栓形成具有促进作用。TNF-α在小鼠体内没有显示出影响血小板聚集及活化的作用。其促血栓形成作用可能主要通过TNFR2受体介导的PI3K/AKT/NF-κB信号通路激活并引起TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1等因子表达升高实现。ATL能够抑制静脉血栓发生过程中的炎症反应以及TF、PAI-1、ICAM-1以及VCAM-1等因子的表达,也显示出对于TNF-α诱导的促血栓生成作用具有一定抑制作用。ATL所产生的抑制作用可能是通过抑制PI3K/AKT/NF-κB信号通路进而下调由TNF-α介导的一系列促凝因子以及粘附因子的表达来实现。
二、中国普通人群的基因特点和对HIV遗传易感性的初步评估（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、中国普通人群的基因特点和对HIV遗传易感性的初步评估（论文提纲范文）
（1）陕西汉族非编码RNA基因多态性与结直肠癌风险相关性及MIR17HG与其microRNAs在结直肠癌中的作用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 结直肠癌(CRC)简述 |
| 1.2 microRNAs与CRC关系 |
| 1.3 LncRNAs与CRC关系 |
| 1.4 结直肠癌的早筛 |
| 1.4.1 目前用于平均风险人群的CRC筛查主要包括以下方法 |
| 1.4.2 microRNAs可作为肿瘤的早期筛查指标 |
| 1.5 MIR17HG及其在结直肠癌中的作用 |
| 1.6 本课题的研究目标和意义 |
| 第二章 LncRNAs,miRNAs及GREM1基因多态性与中国陕西汉族结直肠癌风险的相关性研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 研究对象 |
| 2.2.2 主要仪器及试剂 |
| 2.2.3 实验方法 |
| 2.2.4 统计分析方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 参与者的基本特征 |
| 2.3.2 HWE检验结果 |
| 2.3.3 等位基因分布及与CRC风险的关系 |
| 2.3.4 遗传模型下SNPs与CRC风险的关系 |
| 2.3.5 SNPs与CRC风险相关分层分析 |
| 2.3.6 SNPs与CRC临床特征相关性 |
| 2.3.7 单倍型与CRC风险的关系 |
| 2.3.8 多个SNPs交互作用的MDR分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 MIR137HG和MIR577多态性与CRC的关系 |
| 2.4.2 MIR143HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.3 MIR3142HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.4 LINC-PINT多态性与CRC的关系 |
| 2.4.5 MIR124-1HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.6 MIR608多态性与CRC的关系 |
| 2.4.7 H19和MIR675多态性与CRC的关系 |
| 2.4.8 MIR192、MIR618和MIR492多态性与CRC的关系 |
| 2.4.9 MIR17HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.10 GREM1 多态性与CRC的关系 |
| 2.4.11 MIR497HG、MIR423和MIR133A1HG多态性与CRC的关系 |
| 2.5 结论 |
| 第三章 MIR17HG及其编码的micro RNAs在结直肠癌中的表达及临床信息关联的生物信息学分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 研究方法 |
| 3.2.1 研究对象 |
| 3.2.2 研究方法 |
| 3.2.3 统计方法 |
| 3.3 研究结果 |
| 3.3.1 MIR17HG的泛癌分析 |
| 3.3.2 MIR17HG在结直肠癌中的表达与临床预后分析 |
| 3.3.3 miR-17-92a簇在结直肠癌与癌旁正常组织中的表达及临床预后分析 |
| 3.3.4 miR-17-92a簇在结直肠癌病例与健康对照,病例不同分期中血清中的表达及预后分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 miR-17-92a簇在大多数肿瘤及CRC中高表达 |
| 3.4.2 miR-17-92a簇的microRNAs在大多数肿瘤及结直肠癌组织中高表达 |
| 3.4.3 miR-17-92a簇的microRNAs在CRC病例血清中高表达 |
| 3.5 结论 |
| 第四章 miR-17-92簇在结直肠癌病例与健康人群血清中的表达分析及诊断作用 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 研究方法 |
| 4.2.1 研究对象 |
| 4.2.2 主要仪器和试剂 |
| 4.2.3 实验方法 |
| 4.2.4 统计学方法 |
| 4.3 研究结果 |
| 4.3.1 研究对象基本特征 |
| 4.3.2 病例组与对照组血清学指标 |
| 4.3.3 血清中microRNA的相对表达量 |
| 4.3.4 CEA、AFP、hsa-miR-18a-5p、hsa-miR-92a-1诊断结直肠癌的ROC曲线 |
| 4.3.5 CEA、AFP、hsa-miR-18a-5p联合诊断结直肠癌的ROC曲线 |
| 4.3.6 各指标与结直肠癌分期的相关性分析 |
| 4.3.7 hsa-miR-18a-5p、CEA对早期结直肠的诊断的ROC曲线 |
| 4.3.8 各指标区分早晚结直肠癌的ROC曲线 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 糖蛋白癌胚抗原和甲胎蛋白 |
| 4.4.2 miR-17-92a簇作为血清肿瘤诊断标志物的应用 |
| 4.4.3 hsa-miR-18a-5p作为血清肿瘤诊断标志物的应用 |
| 4.5 结论 |
| 第五章 hsa-miR-18a-5p对结直肠癌细胞生物学功能的影响及候选靶基因分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 研究方法 |
| 5.2.1 实验材料 |
| 5.2.2 主要仪器及试剂 |
| 5.2.3 实验方法 |
| 5.2.4 统计方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 hsa-miR-18a-5p在结直肠癌细胞系中表达上调 |
| 5.3.2 结直肠癌细胞中hsa-miR-18a-5p干预效果 |
| 5.3.3 hsa-miR-18a-5p差异表达对结直肠癌细胞增殖的影响 |
| 5.3.4 hsa-miR-18a-5p差异表达对结直肠癌细胞克隆形成能力的影响 |
| 5.3.5 hsa-miR-18a-5p差异表达对结直肠癌细胞凋亡的影响 |
| 5.3.6 结直肠癌表达差异基因及功能注释 |
| 5.3.7 hsa-miR-18a-5p靶基因及其预后分析 |
| 5.3.8 关键靶基因分析 |
| 5.3.9 靶基因LIF与hsa-miR-18a-5p结合位点预测 |
| 5.3.10 Western Blot检测LIF与hsa-miR-18a-5p表达关系 |
| 5.3.11 LIF功能预测 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 hsa-miR-18a-5p促进肿瘤发生发展 |
| 5.4.2 hsa-miR-18a-5p抑制肿瘤发生发展 |
| 5.4.3 在不同发育阶段和不同组织学亚型的同一器官的癌症中已观察到hsa-miR-18a的相反作用 |
| 5.4.4 hsa-miR-18a-5p抑制结直肠癌的发生发展 |
| 5.5 结论 |
| 结语和展望 |
| 参考文献 |
| 附录1:基因与泛癌的相关性 |
| 附录2:HCT116细胞鉴定证明 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间的科研成果 |
| 个人简历 |
（2）肠道菌群及FUT2/3基因多态性与强直性脊柱炎的相关性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 强直性脊柱炎患者肠道菌群的变化 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 研究流程 |
| 2.2 研究材料 |
| 2.2.1 主要仪器设备及试剂 |
| 2.2.2 研究对象 |
| 2.3 研究方法 |
| 2.3.1 调查方法 |
| 2.3.2 患者粪便样本的收集 |
| 2.3.3 基因组DNA的提取和检测 |
| 2.3.4 质控处理和序列筛选 |
| 2.3.5 操作分类单元的获取和注释 |
| 2.3.6 生物信息学分析 |
| 2.3.7 与相关疾病中菌群相对丰度的比较 |
| 2.3.8 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 研究对象的人口学特征及临床情况 |
| 3.2 16S rDNA 测序概况 |
| 3.3 病例组与对照组肠道菌群的差异 |
| 3.4 饮食和环境因素对肠道菌群的影响 |
| 3.5 肠道菌群与AS疾病指数的相关性 |
| 3.6 主要差异菌群在相关疾病中相对丰度的比较 |
| 4 讨论 |
| 4.1 肠道菌群与AS的相关性 |
| 4.2 饮食因素对菌群及AS的影响 |
| 4.3 与相关疾病菌群丰度的比较 |
| 4.4 肠道菌群在AS治疗中的潜在价值 |
| 4.5 评价及展望 |
| 5 结论 |
| 6 参考文献 |
| 第二部分 FUT2和FUT3基因多态性与强直性脊柱炎的相关性研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 研究流程 |
| 2.2 研究材料 |
| 2.2.1 主要实验仪器及试剂 |
| 2.2.2 研究对象 |
| 2.3 研究方法 |
| 2.3.1 调查方法 |
| 2.3.2 全血样本基因组DNA的抽提 |
| 2.3.3 FUT2和FUT3 基因分型 |
| 2.3.3.1 检测方法及其原理 |
| 2.3.3.2 检测位点 |
| 2.3.3.3 操作步骤 |
| 2.3.4 表型的推测 |
| 2.3.5 数据的处理与分析 |
| 2.3.6 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 研究对象的人口学及临床特征 |
| 3.2 FUT2/FUT3 基因多态性与AS易感性 |
| 3.3 FUT2/FUT3 基因表型与AS易感性 |
| 3.4 FUT2/FUT3 基因多态性与AS疾病指数的相关性 |
| 4 讨论 |
| 4.1 本研究的主要发现 |
| 4.2 对于AS研究的意义 |
| 4.3 对于研究血型基因功能的意义 |
| 4.4 对本研究方法的评估 |
| 4.5 不足点和研究展望 |
| 5 结论 |
| 6 参考文献 |
| 附录 |
| 本人简历 |
| 在学期间的研究成果目录 |
| 致谢 |
| 综述 组织血型抗原在感染和免疫性疾病中的作用 |
| 1 组织血型抗原简介 |
| 2 HBGAs与肠道菌群的关系 |
| 2.1 HBGAs对肠道菌群的影响 |
| 2.2 肠道菌群对HBGAs的影响 |
| 3 HBGAs与感染 |
| 3.1 HBGAs与细菌感染 |
| 3.2 HBGAs与其他感染 |
| 4 HBGAs与免疫性疾病 |
| 5 结语 |
| 6 参考文献 |
（3）新疆地区溃疡性结肠炎患者肠道菌群及代谢的多组学研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 维吾尔族与汉族溃疡性结肠炎患者肠道菌群的差异研究 |
| 1 研究方法与内容 |
| 1.1 研究对象与标本 |
| 1.2 实验材料及仪器设备 |
| 1.3 测序实验流程 |
| 1.4 Miseq文库构建及Illumina测序 |
| 1.5 Miseq测序数据处理 |
| 1.6 统计学处理及方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二部分 维吾尔族与汉族溃疡性结肠炎患者肠道粪便代谢组学差异研究 |
| 1 研究方法与内容 |
| 1.1 研究对象与标本 |
| 1.2 实验材料及仪器设备 |
| 1.3 代谢组学LC-MS实验流程 |
| 1.4 LC-MS数据分析 |
| 1.5 统计学处理及方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三部分 维吾尔族与汉族溃疡性结肠炎患者肠道粪便微生物及代谢差异对溃疡性结肠炎模型大鼠肠道炎症影响 |
| 1 研究方法与内容 |
| 1.1 溃疡性结肠炎模型大鼠、分组 |
| 1.2 实验材料及仪器设备 |
| 1.3 动物模型建立方法 |
| 1.4 粪菌移植方法及取材 |
| 1.5 ELISA检测实验步骤 |
| 1.6 统计学处理及方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 肠道菌群及代谢差异在溃疡性结肠炎发病中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间获得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 新疆医科大学博士研究生学位论文导师评阅表 |
（4）肺表面活性物质及其相关基因与阻塞性睡眠呼吸暂停的相关性研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 肺表面活性物质相关蛋白与阻塞性睡眠呼吸暂停的相关性研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 资料与方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二部分 目标区域测序鉴定阻塞性睡眠呼吸暂停的候选基因和变异位点 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 试剂、耗材和仪器 |
| 1.3 资料与方法 |
| 1.4 质量控制 |
| 1.5 数据处理与分析 |
| 1.6 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三部分 肺表面活性物质相关基因与阻塞性睡眠呼吸暂停的关联研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 临床资料收集、多导睡眠监测、生化指标测定、基因组DNA提取、目标区域测序 |
| 1.3 数据处理与分析 |
| 1.4 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 阻塞性睡眠呼吸暂停的遗传学研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间获得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 导师评阅表 |
（5）TNF，GRN和ERAP1基因多态性与强直性脊柱炎的关联性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| English Abstract |
| 符号说明 |
| 第一部分 中国汉族人群TNF和GRN基因多态性与强直性脊柱炎的关联性研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 ERAP1基因多态性与强直性脊柱炎易感性关系的Meta分析 |
| 前言 |
| 研究方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
| 外文论文Ⅰ (已发表) |
| 外文论文Ⅱ |
（6）ALDH2和C12orf30基因多态性与新疆汉族、哈萨克族食管鳞癌的易感性及预后的相关研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 ALDH2 基因rs671、C12orf30 基因rs4767364 多态性在新疆汉族、哈萨克族ESCC中的分布情况 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 随访 |
| 1.5 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二部分 新疆汉族、哈萨克族食管鳞癌ALDH2 基因、C12orf30 基因多态性与吸烟、饮酒及体重指数的相关性研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三部分 ALDH2 基因、C12orf30 基因多态性与新疆汉族、哈萨克族ESCC放射敏感性的相关性研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 统计学处理 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 食管癌相关基因研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间获得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 新疆医科大学博士研究生学位论文导师评阅表 |
（7）新疆地区变应性鼻炎吸入变应原谱及相关拷贝数变异分析（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 新疆地区5019例变应性鼻炎患者吸入变应原谱分析 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 研究方法(皮肤点刺试验) |
| 1.3 技术路线图 |
| 1.4 统计方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二部分 基于低深度全基因组测序筛选致变应性鼻炎的拷贝数变异 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 研究方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 技术路线图 |
| 1.5 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三部分 13个基因拷贝数变异与新疆地区汉族变应性鼻炎的相关性研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 研究方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 技术路线图 |
| 1.5 统计方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 拷贝数变异的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间获得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 导师评阅表 |
（8）中医体质分类辨识及肾阳虚体质线粒体基因SNP研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 主要专业词汇缩略词表 |
| 引言 |
| 第一部分 中医体质分类辨识研究 |
| 1.研究方法 |
| 1.1 古代文献来源 |
| 1.2 检索方法 |
| 1.3 资料摘录 |
| 2.研究结果 |
| 2.1 体质形成的影响因素 |
| 2.1.1 体质秉承于先天——先天为主 |
| 2.1.2 体质得养于后天——后天为辅 |
| 2.2 中医体质内涵 |
| 2.2.1 体质古代内涵 |
| 2.2.2 体质现代内涵 |
| 2.3 中医体质分类 |
| 2.3.1 中医体质分类古代研究 |
| 2.3.2 中医体质分类现代研究 |
| 2.4 中医体质辨识 |
| 2.4.1 中医体质辨识古代研究 |
| 2.4.2 中医体质辨识现代研究 |
| 2.5 中医体质分类辨证体系框架 |
| 3.讨论 |
| 3.1 “身心合一”是中医体质的核心思想 |
| 3.2 基于体质分类辨识体系的智能化辨识设想 |
| 3.2.1 以外貌体态为基础——借鉴生物识别技术 |
| 3.2.2 以舌、脉诊信息为参考——加快仪器研发 |
| 3.2.3 以生物学指标为参考——筛选体质生物标志物 |
| 3.2.4 以体质问卷为辅助——完善体质量表 |
| 第二部分 肾阳虚体质线粒体基因SNP研究 |
| 1.研究方法 |
| 1.1 受试者纳入 |
| 1.1.1 肾阳虚体质判定 |
| 1.1.2 纳入标准 |
| 1.1.3 排除标准 |
| 1.1.4 伦理审查 |
| 1.2 样本采集 |
| 1.3 实验试剂和设备 |
| 1.3.1 实验主要试剂 |
| 1.3.2 实验主要器材 |
| 1.4 样本线粒体DNA抽提与质检 |
| 1.4.1 线粒体DNA的抽提与纯化 |
| 1.4.2 样本质检 |
| 1.5 线粒体DNA全测序 |
| 1.5.1 测序文库构建 |
| 1.5.2 文库质检 |
| 1.5.3 Cluster生成 |
| 1.5.4 上机测序 |
| 1.6 数据分析 |
| 1.6.1 数据库信息及数据分析程序 |
| 1.6.2 数据分析方法 |
| 2 研究结果 |
| 2.1 肾阳虚体质受试者体质评分 |
| 2.2 肾阳虚体质受试者样本质检 |
| 2.3 数据分析结果 |
| 2.3.1 原始数据质量评估结果 |
| 2.3.2 测序序列质量评估结果 |
| 2.3.3 Indel检测统计结果 |
| 2.3.4 SNP检测统计结果 |
| 2.3.5 突变位点注释 |
| 3 讨论 |
| 3.1 线粒体功能不良是肾阳虚体质生物学基础研究新的切入点 |
| 3.2 线粒体基因组遗传特性 |
| 3.2.1 线粒体具有独立的遗传系统且基因突变率高 |
| 3.2.2 线粒体基因非编码调控区在复制和转录中起着重要作用 |
| 3.2.3 线粒体遵循较为严格的母系遗传规律 |
| 3.3 线粒体基因突变是对肾阳虚体质临床表现产生机制的有效阐释 |
| 3.3.1 能量代谢紊乱 |
| 3.3.2 生长发育异常 |
| 3.3.3 生殖功能减退 |
| 3.3.4 异常情绪状态 |
| 3.3.5 肾阳虚体质与遗传疾病 |
| 3.4 线粒体基因SNP位点与肾阳虚体质辨识 |
| 结论 |
| 创新点 |
| 问题与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附件一:综述 肾阳虚证候及体质分子生物学基础研究进展 |
| 参考文献 |
| 附件二:肾阳虚体质判定标准表 |
| 附件三:伦理审查批件 |
| 附件四:在读期间公开发表的学术论文、专着及科研成果 |
（9）干血斑联合检测HIV/HCV/TP抗体、核酸方法建立及应用策略研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文缩略词表 |
| 引言 |
| 1. HIV/HCV/TP流行现状、挑战与应对 |
| 2. 干血/浆斑样本应用于传染性疾病的研究进展 |
| 第一章 干血斑联合检测HIV/HCV/TP抗体方法的建立、评价及应用策略研究 |
| 前言 |
| 1. 实验材料 |
| 2. 实验方法 |
| 3. 结果 |
| 4. 讨论 |
| 5. 结论 |
| 第二章 干浆斑联合检测HIV/HCV/TP抗体方法的建立与评价 |
| 前言 |
| 1. 实验材料 |
| 2. 实验方法 |
| 3. 结果 |
| 4. 讨论 |
| 5. 结论 |
| 第三章 干血斑联合检测HIV/HCV/TP核酸方法的建立与应用策略研究 |
| 前言 |
| 1. 实验材料 |
| 2. 实验方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 4. 讨论 |
| 5. 结论 |
| 总结 |
| 创新性分析 |
| 不足与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间成果 |
| 附录1 已发表文章-综述 |
| 附录2 已发表文章-论着 |
| 附录3 已发表文章-论着 |
| 附录4 已发表文章-SCI |
（10）TNF-α在深静脉血栓形成中的作用及其机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 前言 |
| 第一部分 TNF-α在下肢深静脉血栓形成患者中的表达及其影响深静脉血栓形成的可能机制探讨 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第二部分 TNF-α基因rs1800629 多态性与汉族人群下肢深静脉血栓形成相关性研究以及TNF-α基因rs1800629 多态性与深静脉血栓形成易感性荟萃分析 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第三部分 TNF-α在小鼠深静脉血栓模型中的作用影响及机制研究 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 全文小结 |
| 研究创新与不足 |
| 一、研究创新 |
| 二、研究不足 |
| 综述 |
| 综述1:TNF-α以及TNF-α基因rs1800629 多态性与血栓性疾病关联性研究进展 |
| 参考文献 |
| 综述2:炎症反应与静脉血栓栓塞症 |
| 参考文献 |
| 英文缩略词表 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
四、中国普通人群的基因特点和对HIV遗传易感性的初步评估（论文参考文献）
- [1]陕西汉族非编码RNA基因多态性与结直肠癌风险相关性及MIR17HG与其microRNAs在结直肠癌中的作用研究[D]. 陈鹏. 西北大学, 2021(12)
- [2]肠道菌群及FUT2/3基因多态性与强直性脊柱炎的相关性研究[D]. 蒋光明. 安徽医科大学, 2021(01)
- [3]新疆地区溃疡性结肠炎患者肠道菌群及代谢的多组学研究[D]. 刘欢. 新疆医科大学, 2021(01)
- [4]肺表面活性物质及其相关基因与阻塞性睡眠呼吸暂停的相关性研究[D]. 曹媛媛. 新疆医科大学, 2021(08)
- [5]TNF，GRN和ERAP1基因多态性与强直性脊柱炎的关联性研究[D]. 胡乃文. 山东大学, 2020(04)
- [6]ALDH2和C12orf30基因多态性与新疆汉族、哈萨克族食管鳞癌的易感性及预后的相关研究[D]. 刘攀. 新疆医科大学, 2020(03)
- [7]新疆地区变应性鼻炎吸入变应原谱及相关拷贝数变异分析[D]. 王燕. 新疆医科大学, 2020(03)
- [8]中医体质分类辨识及肾阳虚体质线粒体基因SNP研究[D]. 何林熹. 成都中医药大学, 2020(01)
- [9]干血斑联合检测HIV/HCV/TP抗体、核酸方法建立及应用策略研究[D]. 马洁琼. 中国疾病预防控制中心, 2020(02)
- [10]TNF-α在深静脉血栓形成中的作用及其机制研究[D]. 李达. 苏州大学, 2020(06)