一、献血者体内携带的HCV包膜区基因同源性分析（论文文献综述）
杨娜娜[1]（2020）在《核酸检测技术在基层血站的应用与质量控制探讨》文中研究指明研究背景为减少经输血传播疾病事件的发生,世界各国采供血机构都对献血者血样进行了严格的病毒检测。研究发现血清学酶联免疫吸附试验（Enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA）检测技术作为血液筛查的基本方法仍有不足,存在漏检风险,越来越多的国家在此种方法的检测基础之上补充核酸扩增技术（Nucleic acid amplification testing,NAT）,以保证血液制品安全。与血清学检测相比,NAT检测的特点是灵敏度高,对检测标本的质量控制要求高,容易受到污染、对实验室环境、人员操作和设施要求严格以及检测成本高等。因此,加强实验室质量监控尤为重要。研究目的了解国家卫生部于2015年将核酸检测技术正式纳入《血站技术操作规程》后,在基层血站应用与质量监控的情况,探讨核酸检测技术在血液筛查中的作用以及实现NAT实验室质量监控量化的措施。研究方法1.××市中心血站2013年1月1日至2018年12月31日期间采集了163782份无偿献血者血液标本,采用速率法、双试剂酶联免疫方法对血样进行丙氨酸氨基转移酶（ALT）、乙型肝炎表面抗原（HBs Ag）、丙型肝炎抗体（HCV-Ab）、艾滋病抗体（HIV-Ab）、梅毒螺旋体抗体（TP-Ab）筛查;2016年1月1日-2018年12月31日期间对双试剂ELISA检测结果阴性的献血者标本77721份,利用上海浩源或美国罗氏检测系统,分别采用8人份、6人份血液样本汇集的方法,经血液样本混合、核酸提取、病毒核酸扩增及检测三个阶段进行NAT混样检测,混检阴性的视为阴性结果,混检阳性的进行拆分检测,并以拆分结果为最终结果,每批检测均设一个阴性对照、一个阳性对照和一个室内质控品。本课题收集上述检测资料,应用SPSS软件中的卡方（χ2）检验方法,比较国产、进口两种核酸检测系统NAT阳性率、阳性拆分率以及不同年份NAT阳性率的差异。统计分析核酸混检阳性率、有效拆分率、结果无效率等相关质量指标。2.采用拟定的《××市中心血站血液筛查实验室质量控制管理调查表》,通过听取介绍、现场查看实验室设备和实施以及相关档案记录资料、口头询问的方式,对血站血液筛查实验室质量控制情况进行调查,发现存在的问题。研究结果1.××市中心血站2013年1月1日至2018年12月31日期间采集的163782份无偿献血者血液标本中,有5269份ALT阳性,阳性率为3.22%;ELISA双试剂检测HIV-Ab阳性数255,阳性率为0.16%,TP-Ab阳性数829,阳性率为0.51%,HCV-Ab阳性数373,阳性率为0.23%,HBs Ag阳性数1199,阳性率为0.73%。从2013年到2018年间,ALT、HIV-Ab、TP、HCV-Ab、HBs Ag阳性率总体呈现降低趋势。2016年NAT实验开展后三年ALT、HIV-Ab、TP-Ab、HCV-Ab、HBs Ag这五项检测项目阳性率均低于NAT实验开展前三年,经χ2检验差异有统计学意义（χ2值分别为296.512、47.014、25.218、77.564、41.098,P<0.05）。提示开展核酸检测项目后,血液初筛检测更加规范严格,有助于减少对不合格血液检测的资源消耗。2.该血站2016年1月-2018年12月采用上海浩源和美国罗氏两种检测系统对77721份标本进行HBV-DNA、HIV-RNA、HCV-RNA检测,共检出112份阳性标本,其中上海浩源检测系统NAT检测阳性标本62份,NAT阳性率为0.17%（62/36563）,美国罗氏检测系统NAT检测阳性标本50份,NAT阳性率为0.12%（50/41158）,经χ2检验,两种检测系统的NAT阳性率差别没有统计学意义（χ2=3.111,P>0.05）。上海浩源检测系统三年间的NAT阳性率经χ2检验,差别有统计学意义（χ2=7.889,P<0.05）;美国罗氏检测系统三年间的NAT阳性率经χ2检验,差别无统计学意义（χ2=1.226,P>0.05）。结果提示上海浩源和美国罗氏两种检测系统对HBV-DNA、HIV-RNA、HCV-RNA的检测结果不存在差异,美国罗氏检测系统的检测结果较上海浩源检测系统稳定。3.该血站2016年1月-2018年12月两种检测系统三年间混检阳性率差异经χ2检验均无统计学意义（χ2值分别为1.741、2.862,P>0.05）,上海浩源检测系统的混检阳性率1.93%（107/5556）高于美国罗氏检测系统的混检阳性率0.85%（68/7961）,经χ2检验,差异有统计学意义（χ2=24.409,P<0.05）;美国罗氏检测系统的有效拆分率73.53%（50/68）高于上海浩源检测系统的有效拆分率57.01%（61/107）,经χ2检验,差异有统计学意义（χ2=4.892,P<0.05）;上海浩源检测系统结果无效率为0.14%,三年间上海浩源检测系统结果无效率的差异无统计学意义（χ2=0.032,P>0.05）,导致无效结果的原因为血液核酸筛查内参（Internal Control,IC）无效;美国罗氏检测系统结果无效率为0.19%,经排查导致无效结果的原因是该批次康彻斯坦质控血清存在问题,更换质控血清后核酸检测结果无效池数为0,结果无效率为0.00%。上述结果提示两种检测系统的NAT检测结果均较为稳定,罗氏检测系统有效拆分能力较浩源检测系统强,无效结果的发生是随机性的,需要保持对核酸无效结果的密切监测,使检测系统、检测流程稳定、可靠运行。4.××市中心血站血液筛查实验室质量控制管理情况调查分析显示,该血站制定了较为完善的核酸实验室操作规程以及实验室质量管理体系并依此运行,存在的主要问题是未选取适合本实验室质量监控指标进行NAT过程的量化质量监控和趋势分析。结论核酸扩增技术灵敏度高,作为对ELISA检测病毒阴性血样的补充检测,可进一步提高血液质量,降低输血传播疾病的发生率;NAT检测技术应用于献血员血样筛查后,提高了血样初筛过程的严谨性,减少了核酸检测前筛查实验的工作量与血液检测资源的消耗。国产与进口两种检测系统的NAT检测结果没有差异,进口检测系统更加稳定一些。建议选取适合于本实验室质量监控指标,建立NAT过程的量化质量监控和趋势分析体系并付诸实施,将有利于血液制品更高安全性的保证。
李天一[2]（2019）在《云南红河州高危人群HIV及其共感染的HCV/HPgV-2病毒的分子流行病学研究》文中研究表明艾滋病1985年传入我国,近10年来,我国艾滋病的流行模式由血液和静脉吸毒传播为主转变为以性传播为主,经性传播的比例从2006年的33.1%增加到2017年的94.6%,其中异性性传播的比例为69.2%。在我国,估计有400-1000万女性性工作者（Female sex workers,FSWs）,1860岁成年男性约69%有嫖娼史,FSWs具有特殊的脆弱性,容易被边缘化,具有特别高的HIV（Human Immunodeficiency Virus）感染的负担,是HIV和其他性病从高危人群向一般人群传播的桥梁人群,FSWs及嫖客人群是应该受到特别重视的我国HIV流行的关键人群。HCV（Hepatitis C virus）主要经血液及经皮暴露传播,与HIV具有共同的传播途径和危险人群,共同感染十分普遍。HIV感染可增加HCV感染的风险,降低HCV的体内清除率,加快HCV感染的疾病进程,HCV感染也可加快HIV的疾病进展,HCV相关肝病也是HIV感染者主要的疾病和死亡原因。HPgV-2（Human pegivirus 2）是2015年由两个独立的研究小组报道的一种新的主要经血传播的人类病毒,属于黄病毒科的一个新属（Pegivirus）,目前,仅有几项研究证实其主要感染HCV阳性的人,对这个病毒与HIV和HCV感染的关系、致病性等目前尚无定论。云南省是我国艾滋病流行的起源地,红河州是云南省艾滋病疫情最为严重的地区。为了摸清红河州艾滋病流行的特点和规律,2008年5月至2014年6月,中国疾病预防控制中心汪宁教授课题组在云南红河州的开远、蒙自和河口针对暗娼和嫖客人群进行了艾滋病的流行病学研究,通过系列横断面研究和前瞻性队列研究,获得了FSW及嫖客人群的HIV新发感染率及其变化趋势、新发感染相关的危险因素、HIV阳性FSW二代传播的风险等一批重要的研究结果。本课题在此基础上,以历次调查确认的771名HIV阳性者为研究对象,利用采集并保存的血浆标本和调查信息,进行HIV的分子流行病学研究、与HIV共感染的HCV和HPgV-2的分子流行病学研究,目的是阐明当地高危人群中HIV及其共感染的HCV和HPgV-2的基因变异特征,从分子水平进一步揭示流行规律,明确病毒传播的关键环节,为HIV及其他两种病毒感染的防控提供依据。第一部分云南省红河州高危人群HIV感染的分子流行病学研究背景:HIV具有高度的变异性,HIV-1的M群广泛流行,可进一步分成A-D、F-H、J和K共9个亚型及88个流行重组型（Circulating Recombinant Forms,CRF）及无数的独特重组型（Unique Recombinant Forms,URF）。云南省是我国主要流行HIV-1毒株的传入地和重组毒株的起源地,流行毒株的分布有显着的地理、民族和传播途径的差异,对红河州以暗娼和嫖客为主的高危人群缺乏HIV-1基因亚型分布及长期变化的研究。方法:挑选HIV抗体确认阳性标本并整理背景信息,提取纯化血浆病毒RNA（Ribonucleic Acid）,一步法逆转录巢式PCR（Polymerase Chain Reaction）扩增HIV-1pol区约3100bp的片段并测序,进行下列研究:（1）病毒基因亚型:采用构建NJ（Neighbor-Joining）进化树和使用在线工具COMET和REGA的方法分型,两种工具分型结果一致且置信值为100%的为确定的分型结果,结合流行病学信息,分析基因亚型与人群特征的关系及随时间的变化。（2）病毒基因重组:用jpHMM软件进行病毒基因重组分析,将不同插入片段分别与标准参考株构建NJ进化树,判断重组片段的来源,分析不同高危人群的重组模式特征。（3）传播簇分析:对不同亚型的序列分组,剪切为相同长度,删除已知的耐药位点,构建ML（Maximum-likelihood）进化树,判断传播簇的标准是bootstrap大于990,基因距离小于0.015。分析成簇人员的特征以及成簇相关的因素。将HIV感染者的首次标本及其病毒基因序列分为20082010年、20082012年、2008年2014年3组,分别构建ML树并进行成簇分析,观察传播簇数目和规模随时间的变化。（4）耐药分析:将拼接编辑的pol区序列提交美国斯坦福大学的HIV耐药数据库（http://hivdb.stanford.edu）,通过序列比对确定耐药突变的位置、种类、耐药程度及药物敏感性的解释。（5）红河毒株与云南省流行毒株的关系:收集318例20082010年采样的云南各地HIV感染者的pol区基因序列,与本研究获得的序列一并构建进化树,对成簇的流行毒株构建MCC（Maximum clade credibility）进化树,分析红河州HIV-1毒株与云南省流行毒株的关系。结果:获得386例研究对象的HIV-1 pol区基因序列,除20082009年采样的标本扩增测序失败的比例显着高于其他时间采样的标本外,扩增测序成功与失败的人员在人口学特征方面均无显着性差异。获得的主要结果:（1）HIV-1基因亚型及其人群分布和时间变化:当地流行的HIV-1毒株比例由高到低依次为CRF08BC（62.95%）、CRF07BC（10.88%）、新型重组毒株URF（10.88%）、CRF01AE（8.03%）、C（6.99%）和B（0.26%）。各亚型HIV-1在各类人群的分布有显着差异,吸毒人群中CRF08BC的比例显着高于嫖客和暗娼人群;CRF01AE毒株几乎仅出现在不吸毒的嫖客和暗娼;HIV-1基因亚型的分布随时间呈现明显变化,CRF08BC的比例下降,在性传播人群中最为显着;暗娼人群中CRF07BC和CRF01AE的比例显着提高;嫖客人群中URF毒株的比例显着高于其他人群,是新型HIV-1毒株主要来源。（2）不同人群中新型重组毒株（URF）的基因重组模式有显着差异,B/C重组主要出现IDU（Intravenous Drug Users）人群,CRF01AE参与的重组主要出现在不吸毒的暗娼和嫖客人群,B/C重组的C亚型病毒骨架主要来源于CRF08BC或CRF07BC。（3）参与分析的386条序列形成32个传播簇,成簇率20.98%,簇的大小为28,含2条序列的簇占绝对优势（71.88%）,大部分簇内人员发生过商业性行为。年龄大（50岁以上）、单身、感染CRF07BC毒株等因素与成簇相关。虽然各亚型的成簇数均随时间而增加,但是簇内人员数和成簇率均未见增加,未见传播簇的扩张。（4）CRF07BC、C和CRF01AE均形成红河当地的流行簇,呈现奠基效应。结论:（1）CRF08BC是当地优势毒株,CRF01AE在不吸毒的嫖客和暗娼中的比例显着高于吸毒人群,当地正在发生优势毒株由CRF08BC向CRF07BC和CRF01AE的转变,与性传播超越静脉吸毒成为当地主要传播途径的转变是一致的。（2）IDU人群病毒的主要重组模式是B/C,多数源于CRF08BC或CRF07BC的二代重组。CRF01AE参与的重组主要出现在不吸毒的暗娼和嫖客,主要源于CRF01AE与CRF08BC或CRF07BC的二代重组。不吸毒的嫖客人群是新型重组毒株的孵化器,应密切监测。（3）HIV-1传播簇以含2条序列的小簇为主,形成传播簇的多为有IDU行为的人,推测IDU嫖客与IDU暗娼在从事性交易的同时,可能也常共用注射器吸毒。未见传播簇随时间的扩张,推测静脉吸毒的暗娼和嫖客多数以长期稳定的“对子”形式活动,很少有新成员加入。（4）主要流行毒株形成当地的流行簇,与云南其他地区交集不多,是艾滋病预防控制的有利条件。第二部分云南省红河州高危人群与HIV共感染的HCV分子流行病学研究背景:HCV的复制和突变速率均大于HIV-1,在RNA病毒中居首。目前将HCV分为7个基因型和83个亚型,1型和3型流行范围最广,4型和5型是低收入国家最常见的亚型。我国是HCV感染大国,已检出HCV 6个基因型的24个亚型。云南省是HCV的高流行地区,吸毒人群中HCV基因亚型复杂,各亚型毒株的分布有显着的地区差异。对红河州及以暗娼和嫖客为主且感染了HIV的人群,尚缺乏HCV基因亚型分布及其长期变化的研究。方法:挑选HIV抗体确认阳性标本并整理背景信息,进行下列研究:（1）用ELISA法检测HCV抗体,分析各类人群中HCV抗体阳性率的差异。（2）提取纯化血浆病毒RNA。（3）一步法逆转录巢式PCR扩增HCV CE2（1300bp）和NS5B（1000bp）区基因片段并测序。（4）分析HCV基因亚型:将CE2和NS5B区的序列质量控制后提交到COMET HCV比对网站,得出分型结果。再下载53条各基因型的参考序列,分别导入CE2和NS5B的fas文件,用MEGA 6构建NJ树,汇总两种方法的结果确定基因亚型。（5）HCV成簇分析:将序列构建ML进化树确定传播簇,传播簇的判断标准为bootstrap值大于99%、基因距离小于0.05。将研究对象的首次标本及其HCV基因序列分为20082010年、20082012年、20082014年3组,分别进行成簇分析,观察传播簇数目和规模随时间的变化,对主要流行毒株进行流行动力学分析。（6）HIV与HCV的共传播:对同时获得HIV和HCV序列的研究对象进行两种病毒传播簇的比较。结果:（1）检出HCV抗体阳性500例,仅静脉吸毒的人群（IDU）HCV抗体的阳性率是99.25%,有静脉吸毒行为的人群HCV抗体阳性率显着高于无静脉吸毒行为的人群（97.85%vs19.10%,P<0.05）。单纯嫖客人群和单纯暗娼人群HCV抗体的阳性率分别是36.89%和7.93%。（2）有357例HCV RNA扩增测序成功,其中CE2区334例、NS5B区293例,扩增测序成功率为71.2%,不同特征人群扩增测序的成功率无显着差异。依据CE2和/或NS5B区确定HCV基因亚型,构成比由高到低依次为3b（37.25%）、3a（26.05%）、6n（17.37%）、1b（10.36%）、6a（7.84%）和其他亚型（6k、6v和2a）。不同人群HCV基因亚型的分布有显着差异,暗娼人群6a多于1b,且未检出5个亚型（3b、3a、6n、1b、6a）以外的其他亚型。（3）HCV基因亚型的分布在20082011、20122014两个时间段呈明显变化,6n在各人群均呈下降趋势、6a在暗娼和嫖客人群显着上升、3a在吸毒人群中显着升高而在嫖客和暗娼人群中下降、3b在嫖客人群中显着升高,在其他人群中变化不大。（4）共确认30个传播簇,成簇率为16.81%,绝大多数（93.33%）为仅有2条序列的传播对。簇内人员为IDU嫖客与IDU暗娼的占75%、均为仅IDU人员的占25%、簇内人员同民族的居多（85.71%）、文化程度均偏低居多（66.67%）、含单身人士的居多（89.34%）,不同HCV基因亚型成簇率具有显着差异,由高到低依次是6a（37.04%）、3b（21.37%）、3a（17.02%）、6n（6.35%）、1b（5.41%）,不同类型高危人群的成簇率未见显着差异。（5）HCV传播簇的数目和成簇率随时间增加,但未见传播簇随时间而扩张,保持以2条序列的小簇为主。在同时获得HIV和HCV序列的研究对象中,有6对2种病毒均成簇,可能为共同传播。结论:（1）有静脉吸毒行为的人群HCV抗体阳性率最高。获得了性高危人群（暗娼和嫖客）HCV抗体阳性率的数据,明显高于目前所知异性传播HCV的水平,需要密切监测和研究。（2）HCV的基因亚型复杂,毒株的种类和分布正在发生变化,3b毒株在嫖客人群中的增加最为显着。（3）HCV的成簇率为16.81%,绝大多数为传播对,簇内人员的社会人口学特征多数相近,基本信息未知的人显示成簇率较高的趋势,提示调查依从性较差的人可能具有多重危险因素,感染和传播的危险较大。不同HCV基因亚型成簇率的差异,体现了不同毒株的流行和传播特征,成簇率较高的更多在共用注射器吸毒的人群中传播,成簇率低的可能主要通过偶发的针刺等事件传播。（4）未见传播簇随时间而扩张,提示当地共用注射器吸毒的人员长期保持稳定的关系,很少有新成员加入,HCV传播的增加主要是由于共用注射器吸毒的对子（2人）增加所导致的,预防控制的重点应该是减少新增吸毒人员。第三部分云南省红河州高危人群与HIV共感染的HPgV-2分子流行病学研究背景:HPgV-2是一个新的经皮传播的血源性传染性病毒,几乎所有确诊的HPgV-2病例都是与HCV双重感染,但在无HCV感染的人群中也有低流行率。在云南省的特殊高危人群中HPgV-2的流行状况如何?是否HPgV-2影响HIV和HCV感染的进程?都需要深入研究。由于这个病毒多数是与HIV和/或HCV共感染,对其致病性尚无定论。方法:挑选HIV抗体确认阳性标本并整理背景信息,进行下列研究:（1）检测HPgV-2抗体,采用自建的ELISA法检测HPgV-2抗体,分析不同特征人群抗体阳性率的差异。（2）提取纯化血浆病毒RNA。（3）获得HPgV-2基因片段并测序,采用逆转录巢式PCR扩增HPgV-2 NS3区长度为153bp的基因片段并测序,比较不同特征人群的HPgV-2 RNA阳性率。（4）高通量测序获得HPgV-2的全长基因组。（5）整理HPgV-2基因序列,质量控制后,进行系统进化分析,确定HPgV-2与其他Pegivirus属病毒的亲缘关系,比较全长序列各基因片段的基因离散率。（6）HIV和HCV载量的检测和比较:取全部HPgV-2 RNA阳性标本,挑选2倍数量HPgV-2 RNA阴性标本,两组标本HIV和HCV RNA均阳性,采样时间为同一年份、抗病毒治疗情况和传播途径相同。分别检测HIV和HCV载量。结果:（1）HIV-1感染者的HPgV-2抗体阳性率为25.29%,HIV抗体和HCV抗体均阳性者的HPgV-2抗体阳性率显着高于HIV抗体阳性而HCV抗体阴性者（27.69%vs 20.83%,p<0.05）。HPgV-2与HIV-1共感染率呈随时间升高的趋势。HIV-1感染者的HPgV-2核酸阳性率为5.32%,HIV-1与HCV同时阳性者的HPgV-2核酸阳性率高于仅仅HIV-1阳性者（6.37%vs 3.35%,p<0.05）。（2）单纯吸毒者、单纯暗娼嫖客人群和混合行为组,HPgV-2抗体和核酸的阳性率分别为38.57%和6.09%、21.75%和3.57%、19.55%和6.77%,单纯吸毒人群的阳性率显着高于暗娼和嫖客人群（p值均<0.01）。（3）HPgV-2核酸阳性组和阴性组的HCV载量平均值分别为1.11E+06cp/ml和7.19E+05cp/ml、HIV载量的平均值分别为5.36E+04cp/ml和2.14E+05cp/ml,均无显着性差异。（4）获得了7条HPgV-2的全基因组序列,红河的HPgV-2独自成簇,奠基者效应显着。鉴定出3个可能的传播簇,1个簇可能为HPgV-2与HIV和HCV的共传播。结论:（1）本研究特殊HIV感染的高危人群中,HPgV-2的流行率较高,可能与研究对象既有IDU等经皮经血暴露的行为,还有频繁的经性暴露行为有关。（2）HPgV-2感染最常发生于HCV阳性的人,常通过经皮经血途径传播,也可能存在经性传播。（3）未发现HPgV-2感染对HIV和HCV的复制有影响。（4）HPgV-2基因序列较为保守,红河的毒株在局部地区独立传播流行,与HIV和HCV的共感染比较罕见。静脉吸毒与性乱行为交织的高危人群是新病毒产生和传播的沃土,需要密切监测和深入研究。
周兵[3]（2018）在《快速抗体人源化平台的建立及乙型肝炎病毒人源化抗体的成药性研究》文中研究指明感染性疾病是指由细菌、病毒等致病微生物侵袭人体,进而引起机体所发生的一系列具有感染性临床症状的疾病,严重威胁着人类的生命及健康。近年来,抗感染的抗体药物研究发展十分迅速,目前,已经有25种抗感染的抗体药物正在进行临床研究。HBV感染可以导致慢性乙型肝炎、肝硬化和肝细胞癌等疾病,全世界每年约有88万人死于急性或慢性HBV感染。尽管现有预防性疫苗已显着减少了新发HBV感染,全球仍有3亿的慢性HBV感人者需要得到有效的治疗,以预防该病的并发症。当前FDA批准用于慢乙肝治疗的药物有两大类,干扰素和核苷类似物,分别通过调节宿主免疫和抑制病毒的复制从而起到抗病毒的效果。现有的药物虽有着很强的安全性和抗病毒活性,但治疗效果十分有限。这些药物HBsAg的阴转率都不足5%,无法实现临床治愈。因此,需要开发更有效的新药物,以改善HBV相关疾病的临床管理。尽管全人源抗体技术的发展极大增加了全人源抗体成为临床候选株的数量,但FDA批准的大部分治疗性抗体药物仍然以人源化抗体为主。抗体人源化技术主要包括CDR移植（常用噬菌体展示等抗体库技术）、表面重塑、链替换以及计算机辅助设计等,但是现有技术存在改造后人源化抗体亲和力降低、具有较大的免疫原性、工作量大、筛选不可视以及与转换成完整抗体活性不一致等问题,这些都延长了抗体人源化的时间,因此发展新的快速人源化方法势在必行。本研究旨在建立快速点突变抗体人源化新方法,实现快速获得人源化程度高、保持亲本鼠抗活性的人源化抗体。并利用该方法对HBV鼠抗E6F6进行人源化改造,获得有临床治疗潜力的人源化抗体。本研究分为两部分,第一部分是快速点突变抗体人源化平台的建立。通过对CDR划分方法、人源化模板选择方法的比较和分析,确定结合采用Kabat和Contact定义CDR区域,并选择同源性最高的人胚系基因作为模板。通过对现有大量上市或者临床试验中抗体序列和结构的分析以及一些前期人源化改造工作经验总结,抗体序列中每个氨基酸的位置和功能是有一定的规律可寻的。总结规律包括:（1）FR中有些氨基酸存在于CDR接触面上,直接或间接参与抗体与抗原的结合或者对维持抗体CDR构象具有重要的作用,突变时通常选择保留;（2）有些FR残基存在于VH-VK的交界面上,突变时通常选择保留;（3）还有些FR残基属于抗体序列中内部包埋的氨基酸,突变时选择性保留;（4）最后剩下的FR残基就是对抗体活性影响很小的氨基酸,可以直接突变。不管是属于哪一种功能的FR残基,它的位置是相对固定的。12G6是本实验室筛选获得的一株能高效中和乙型流感病毒（Flu-B）的具有广谱性的鼠源单克隆抗体,我们首先分别对它的轻重链可变区进行Kabat编号,然后按照Kabat和Contact定义的CDR区域划分CDR。再利用IMGT网站搜索比对,找出同源性最高的2-3条人胚系基因,进行序列比对。最后根据上述总结的氨基酸规律,对和胚系基因FR中存在的差异氨基酸进行选择性突变,共设计4条重链和4条轻链,分别将其两两互搭进行真核表达,以亲本鼠抗为对照,检测16株人源化抗体的表达情况、结合活性、中和活性等生物学功能。最终,针对12G6,我们挑选出7株优势的人源化抗体。发现在2个不同亚系的乙型流感病毒HA蛋白的结合实验、中和实验和HI实验中,7株人源化抗体保留了 12G6的生物学活性。5B11和7G5是本实验室筛选获得的两株能同时高效中和A/B型呼吸道合胞病毒（RSV）的鼠源单克隆抗体。根据12G6的实验结果,分别对5B11和7G5各设计一种人源化方案,获得N-5B11和N-7G5两株人源化抗体。两株人源化抗体均显示出良好的反应活性和中和活性,且活性与亲本相当。至此我们针对12G6、5B11和7G5三株鼠抗的人源化改造初步完成,验证了改造方案的可行性,完成快速点突变抗体人源化平台的构建。本研究第二部分是利用第一部分建立的新的人源化平台对乙型肝炎病毒鼠抗E6F6人源化,并对获得的人源化抗体进行性质验证及成药性评估。E6F6是本实验室筛选获得的一株针对HBV外膜蛋白（HBsAg）上一个特定表位的鼠源单克隆抗体;它能够有效并持久地清除转基因小鼠体内的HBV和HBsAg,具有发展成为HBV治疗性抗体的潜力。在前期研究中,我们利用噬菌体展示技术对其进行了人源化及亲和力成熟,成功获得了人源化程度为89%,体内外活性与鼠抗相当的人源化抗体162。本研究利用BIAcoreT200对162进行了亲和力测定,其亲和力为4.18×10-10M。通过对162 Fab的晶体培养及结构解析,获得了 162晶体三维结构。将162与HBsAg表位短肽进行对接,得到抗原-抗体相互作用的重要氨基酸。为了验证第一部分所建立的人源化平台的可行性及提高抗体的人源化程度,本研究第二部分利用第一部分中建立的快速点突变抗体人源化平台,结合162氨基酸序列、162晶体结构、与HBsAg短肽对接数据及Discovery Studio模拟平台,对E6F6进行人源化改造,获得3株人源化抗体,huAb1、huAb2和huAb3。在CHO-S细胞中瞬时表达和纯化,并从抗体的均一性、与抗原反应性、中和活性、体内病毒清除效果、成药性评估等方面进行综合分析。huAb1、huAb2和huAb3的人源化程度高达97%,体外结合及中和活性与162相当,但是在HBV转基因小鼠体内持续清除HBsAg的能力有所下降。C57b1/6小鼠体内发现人源化程度为97%的huAb1清除速率较快。说明人源化程度高的抗体在异源小鼠动物模型中免疫原性增加,被较快的清除,但是人源化程度高的抗体在人体内可能具有更高的优势。同时,huAb1、huAb2和huAb3的反嵌合抗体的体外结合、中和以及体内活性均与鼠抗E6F6相当。162、huAb1、huAb2和huAb3的溶解度高达140mg/mL以上,粘度小于14,等电点在8-9之间,达到了抗体药物的标准,TM值大于80℃,具有较好的热稳定性。在人体内环境和药物储存环境的模拟条件下同样具有较好的稳定性。食蟹猴体内药代动力学实验评估162、huAb1、huAb2和huAb3的半衰期符合标准,均能持续有效的清除食蟹猴体内的HBsAg,其中意外发现huAb3的半衰期较长,分析与其表面电荷分布有关,表面电荷降低可能会延缓抗体的清除。药代动力学参数及食蟹猴血常规和血生化结果提示,162、huAb1、huAb2和huAb3具有良好的药物有效性和安全性。进一步研究发现162、huAb1、huAb2和huAb3与HBsAg形成免疫复合物较小,有利于细胞的高效吞噬。通过对人IgG1Fc区域的突变,获得了体外活性与162相当,吞噬效应显着提高的162-IgG1-KD突变体。发现CH的替换可能导致Fc不依赖与FcγR作用途径,而是通过改变Fab与靶标的结合方式,形成不同大小的免疫复合物,影响吞噬效应。同时首次发现了抗体VH和CH1之间的linker对吞噬的影响,在162重链可变区末端引入柔性linker（Gly4Ser）3可能会增大Fab双臂间的距离,降低抗体的吞噬功能。综上所述,本研究建立了快速点突变抗体人源化方法并利用3株不同靶点的鼠抗完成了全面的验证,大大缩短了改造的时间,为鼠源抗体人源化的改造奠定了坚实的基础,丰富了人源化技术手段,为抗体人源化改造提供了新的选择。获得了具有专利保护的用于HBV感染相关疾病治疗的人源化抗体分子162、huAb1、huAb2和huAb3,并完成了较为全面的体内外活性评估及成药性分析,完善了抗体人源化改造平台,为相应疾病治疗性人源化抗体的研发奠定了坚实的基础,有望成为治疗慢乙肝的新药物。
吴浩明[4]（2016）在《湖北省HIV患者体内人类Pegivirus病毒的进化和动力学分析以及E2来源多肽的抗病毒活性研究》文中指出人类Pegi virus病毒（简称HPgV,之前被称为庚型肝炎病毒,GBV-C/HGV）是一种正义单链RNA （+ssRNA）病毒,属于黄病毒科Pegivirus病毒属。HPgV主要有五种基因亚型,广泛分布在世界各地,并且具有一定程度的地域特异性,其中在中国主要流行的是3亚型HPgV。HPgV主要的传播方式有血源传播、性传播和垂直传播,由于HPgV和HIV具有相似的传播途径,大约17-41%的HIV感染者合并感染HPgV。据报道,持续性的HPgV病毒血症能够降低HIV感染者的发病率和死亡率,HPgV通过抑制HIV病毒的进入和复制过程,并调控宿主的细胞因子以改善HIV患者的疾病进程。我们分析了湖北省13个地区的156例HIV感染患者,发现有57例合并感染了HPgV （36.5%）,对其中33位HIV/HPgV共感染患者体内的HPgV病毒E2基因进行测序并进行系统进化分析,发现有29例感染了3亚型HPgV,只有4例感染的是2亚型HPgV。对10例HIV/HPgV共感染患者200条全长的HPgVE2基因序列进化分析结果表明,HPgV病毒种群在病人体内的进化呈现病人特异性特征,利用中性检验结合错配分布的方法分析了病人体内HPgV病毒种群历史动态变化,发现大部分病人体内的病毒种群存在过快速扩张的历史,并最终达到稳定的种群大小,HIV病毒对HPgV的复制没有产生抑制作用；另外,病人体内的HPgV病毒受到很强的净化选择压力,该结果提示HPgV病毒获得免疫逃逸能力和实现种群扩张的过程中,E2蛋白的结构和功能没有出现变化,这可能与患者的免疫能力受到削弱或者机体对不具致病能力的HPgV病毒微弱的免疫应答有关。为了进一步探索驱动HPgV病毒种群变化的因素,我们详细分析了HIV/HPgV共感染患者E2基因重组发生情况,发现了男性占主导的同源重组现象（7例男性和1例女性）,我们还发现部分患者被不同类型的病毒株感染,这种现象在男性中也更为普遍。另外,某些男性病人更易被同源的病毒株感染,而女性病人体内的毒株则呈现病人特异性特征。这些结果提示男性占主导的同源重组,可能与男性高风险行为方式高于女性的因素有关。综上所述,病人体内的HPgV的多重感染和不同毒株之间的重组,导致了HPgV的遗传多样性,并有可能导致了HPgV病毒种群不同的扩张方式。据报道,HPgVE2蛋白和多肽能够抑制HIV病毒进入宿主细胞,由于HPgV流行有严格的地理特异性,不同亚型的HPgV对HIV-1病毒复制的影响也出现差异,所以我们对HPgV不同基因型E2蛋白抗原位点区域（267-298aa）的进化特点进行分析,并结合不同基因型的抗原结合肽以及不同区域的多肽对HIV-1的抑制活性,认为HPgV膜蛋白中可能存在多个区域或者是膜蛋白的空间结构,参与了对HIV的抑制作用。总而言之,我们使用HIV/HPgV共感染模型,对HIV-1感染者体内HPgV病毒的进化特征进行了分析,并研究不同基因型及不同区域的膜蛋白来源多肽对HIV复制的抑制作用,有助于加深对HPgV病毒抑制HIV复制机制的理解,并为开发治疗HIV感染的方法提供新的思路。
肖桂娥[5]（2014）在《广州地区丙型肝炎患者的HCV基因型相关研究》文中研究指明研究背景丙型肝炎病毒（Hepatitis C Virus，HCV）感染可导致75%-85%感染者发展为慢性肝病，是慢性肝炎、肝硬化及肝癌的重要病因，严重危害人类的健康和生命。全球HCV感染率约3.0%，即有1.7-2.0亿的HCV感染者；我国的HCV感染率约为2.5-4.9%，感染人数已超过3000万。HCV可经静脉吸毒、输血、性传播、垂直传播、或经破损的皮肤粘膜传播如手术、纹身、拔牙、共用卫生器具等。发达国家以静脉吸毒传播为主，我国早期以输血和血制品传播为主，在实行血液筛查HCV制度后，此传播途径大幅下降。但随着我国吸毒人群增多，经静脉吸毒感染HCV的比例增大。HCV基因型繁多，目前国内外常采用Simmonds命名法，将HCV分为6种基因型和80多种基因亚型。基因型分布有明显的地域差异性，la、lb、2a、2b、3a型呈全球广泛分布，其中1b型分布最广；中国以1b和2a型多见，其中以1b型为主，2a型主要分布在中国北部，3型主要分布在云南等西南地区，4型、5型报道罕见，6型主要见于香港、澳门及南方边境省份，6亚型最复杂，变异株最多，到目前为止，6型已发现有23个亚型。有报导广东地区献血员和静脉吸毒人群中，以1b和6a型为主，并发现新的6型变异株。而本地区丙型肝炎患者的HCV基型变化有待进一步研究。不同基因型的HCV对肝脏损伤程度不同，1b型对肝脏的损伤严重度大于其他基因型。目前多采用聚乙二醇干扰素（PEG-IFN）α联合利巴韦林（RBV）进行抗病毒治疗，不同基因型感染者疗效不一，1、4型病毒应答率低于2、3型，因此，准确诊断HCV基因型对HCV抗病毒治疗方案选择及疗效判断至关重要。为了精准分型，国际上对HCV基因分型技术进行了长期研究。目前，HCV基因分型技术包括基因测序法、型特异性引物扩增法、探针杂交法、基因芯片法、限制性片段长度多态性分析（RELP）、异源分子迁移率分析法（HMA）等。对HCV全基因组测序是最准确的方法，但难度大、费时、成本高，临床上难以实行，而部分基因测序法相对简单易行，目前已将HCV基因NSB5区测序分型法视为“金标准”。但我们临床上常规采用国产商业试剂（探针杂交法）对HCV基因分型，此法只能分出1型与非1型，且准确率较低。鉴于基因分型方法存在的问题和广东地区HCV基因型的复杂性，为配合临床丙型肝炎诊疗的需求，本研究以广州地区丙型肝炎患者为主体，对其HCV基因相关问题进行了研究，包括临床切实可行的两种基因分型方法的准确性比较和HCV分子流行病学研究两部分内容。第一部分临床切实可行的两种基因分型法（部分基因测序法与探针杂交法）的准确性比较研究内容及目的比较临床常规使用的HCV部分基因测序法和探针杂交法对HCV基因分型的准确性，为临床选择HCV基因分型方法、基因型诊断和制定抗病毒治疗策略及HCV分子流行病学研究提供可靠依据。研究方法收集2012-2013年在广州市第八人民医院就诊的191例临床丙型肝炎患者，其血清标本已采用国产探针杂交法进行了HCV基因分型。以国际HCV基因库中HCV全基因序列代表株的分型结果为“金标准”，设计C区和NS5B区基因序列扩增引物，分别扩增HCV C区和NS5B区基因，基因产物的测序结果与“金标准”共建系统进化树进行基因分型，分型结果与患者的探针杂交法分型结果进行对比。研究结果1.从国际HCV基因库中共获得92个代表株，涵盖7个基因型、54个基因亚型和5个重组基因型。分别构建代表株的全基因、C区和NS5B区的系统进化树，结果显示，92个代表株的全基因序列分型结果与其C区和NS5B区基因分型结果一致。2.用HCV C区和NS5B区扩增引物分别检测191例临床丙型肝炎患者的HCV基因，结果显示两区均扩增成功的有171例，其中167例C区和NS5B区HCV基因分型结果一致。3.167例基因测序分型结果与患者的探针杂交法分型结果对比显示，总符合率为84.43%（141/167）。探针杂交法误检的26例中，23例6a型误检为1型；2例1b和1例1a型被误检为非1型。171例患者中另外4例（2.34%）的C区与NS5B区HCV分型结果不一致，其中3例C区分型为6a而NS5B区分型为1b，另外1例C区分型为1b而NS5B分型为6a，4例患者的探针杂交结果显示，2例与C区结果一致；另外2例与NS5B区结果一致。结论1.目前临床上常规使用的国产商业试剂（探针杂交法）误检率高，且易在1型和6型间出现误检。2.建立了更精确的基因分型法：C区和NS5B区基因同时测序可使分型结果更加准确，两区分型结果一致时可以取代HCV全基因测序分型，两区分型结果不一致时，提示可能存在混合株或重组株感染，需做进一步分析。第二部分广州地区丙型肝炎患者的HCV分子流行病学研究研究内容及目的研究广州地区丙型肝炎患者HCV基因型特点及其与患者年龄、性别、传播途径及HCV病毒载量的相关性，以便了解本地区丙肝临床HCV分子流行病学变化趋势及对临床预后的影响。研究方法收集2012-2013年在广州市第八人民医院就诊的207例HCV RAN阳性的丙型肝炎患者血清，分别提取病毒RNA，反转录生成cDNA。对其HCV C区和NS5B区基因序列进行RT-NPCR扩增，两区扩增成功的PCR产物进行基因测序，测序结果分别与相应的参照株序列比对，构建系统进化树，两区基因分型结果一致者确定HCV基因亚型，分析广州地区HCV基因型特点及传播途径。并采用SPSS13.0统计软件分析性别、年龄、HCV病毒载量与基因型的相关性。研究结果1.179例结果纳入分析207例标本分别进行HCV C区及NS5B区巢式PCR扩增，产物分别为401bp，375bp，目的条带清晰且单一，无非特异性杂带。有185例HCV C区和NS5B区都扩增成功，其中179例两区基因分型结果一致。2. HCV基因型特点1)179例HCV基因特点共检出1型、2型、3型、6型四种基因型和八种基因亚型，以1b和6a为主。各亚型所占比例为：1b型40.78﹪（73/179），6a型27.37﹪（49/179），3b型11.73﹪（21/179），3a型8.94﹪（16/179），2a型6.15﹪（11/179），1a型3.91﹪（7/179），2b型0.56﹪（1/179），6n型0.56﹪（1/179）。未发现新的6型变异株。2)1b和6a型系统进化树特点1b株主要分为在A、B、C三簇，A簇与中国广泛流行1b株同源性高、B簇与中国中部及南部地区流行1b株同源性高；6a型株分为Ⅰ、Ⅱ两大簇，与广东地区献血人群及静脉吸毒人群中HCV6a型感染株同源性高。3.流行病学特点：1)传播途径患者主要通过静脉吸毒、输血和血制品感染HCV。静脉吸毒感染者中主要以6a型为主，占57.45%（27/47），其次为3a型，占21.28%（10/47）；通过输血和血制品感染者中主要以1b型为主，占78.95%（30/38）。2)性别6组基因亚型间患者的性别比例有明显统计学差异（P=0.002）。3)年龄6组基因亚型间患者年龄分布有统计学差异（P=0.007），2a型患者平均年龄最大（53.45±11.02岁），与其他组相比，均有统计学差异（均为P<0.05），而其他组两两比较均无统计学差异。4)病毒载量6组基因亚型间患者的病毒载量有统计学差异（P=0.000），1b型患者病毒载量平均水平最高（6.51±0.90log10IU/ml），与其他组相比，均有统计学差异（均为P<0.05），而其他组两两比较均无统计学差异。5)合并HIV感染患者特点179例患者中，有30例患者合并HIV感染，其中以6a型患者最多，达51.51%（17/33）。采用独立样本的t检验，比较单纯HCV与合并HIV感染者的HCV载量均值，结果显示，两组间无统计学差异（P=0.691）。结论：1.广州地区丙型肝炎患者HCV基因型存在多种亚型；以1b、6a、3型为主，1b型株包含中国大部分地区的1b型株，6a、3型已取代2a型分别成为第二、三主要流行基因型；未发现其他文献报道的或未曾发现的6型变异株。2.丙型肝炎患者性别比例、年龄、病毒载量在基因亚型上均有统计学差异，其中2a型平均年龄水平最高。1b型病毒载量最高，这与1b型比其他基因型有更强的致病性等报道是相符的。输血及血制品传播中以lb型为主，静脉吸毒传播中以6a型为主。3. HCV/HIV共感染者以6a型占主要，其病毒载量与单纯HCV感染者相比无统计学差异。
黄璜,李军,张卫东[6]（2012）在《合并感染HIV对1b型HCV E2/NS1包膜区基因影响》文中研究指明目的研究人类免疫缺陷病毒（HIV）感染对1 b型丙型肝炎病毒（HCV）E2/NS1包膜区基因变异的影响,探讨2组间E2/NS1区基因序列同源性差异,为HCV/HIV合并感染者中HCV的治疗提供依据。方法对河南省某有偿献血村进行随访,将得到的所有HCV阳性病例255例根据合并HIV感染的情况分成2组,并对其基因分型,然后进行逆转录（RT）-巢式PCR扩增1 b型HCV E2/NS1包膜区基因,继而进行单链构象多态性分析（SSCP）、纯化后测序。结果 HCV单纯感染组和HIV/HCV合并感染组SSCP平均条带数分别为（3.4±0.55）、（2.6±0.55）条,差异有统计学意义（t=2.32,P=0.049）;HCV单纯感染组和HIV/HCV合并感染组HCV E2/NS1包膜区同源性分别为76.7%和87.6%,差异有统计学意义（χ2=20.13,P<0.001）;2组第一高变区（HVR-1）同源性分别为59.3%和81.9%,差异有统计学意义（χ2=10.39,P=0.001）;2组第3高变区（HVR-3）同源性分别为71.7%和83.9%,差异有统计学意义（χ2=4.60,P=0.03）;单纯HCV组中变异性较高的氨基酸位点在HCV/HIV合并感染组中表现出较高的保守性。结论 HIV感染对1b型HCV E2/NS1包膜区基因变异具有抑制作用,且其主要体现在HVR-1和HVR-3区。
张国英[7]（2011）在《山东烟台地区HCV基因分型研究》文中研究表明目的了解山东烟台地区丙型肝炎病毒的基因分型,结合受试者的肝功能指标观察基因型别与肝损情况是否相关。方法采用特异性PCR引物对HCV RNA5’UTR区和/或NS5B区进行扩增,PCR产物进行序列分析,通过与GenBank中参考序列的比对,联合遗传进化树对标本予以分型。结果22份HCV RNA阳性无偿献血员标本有9例可明确分型,可分型率为40.9%;48例HCV RNA阳性丙型肝炎患者标本,有33例可明确分型,可分型率为68.8%。9例无偿献血员中检出1b和3a两种基因亚型,分别为8例（88.9%）和1例（11.1%）；33例丙肝患者中,检出1b、2a和6a三种基因亚型,分别为22（66.7%）、10（30.3%）和1（3.03%）例。1b亚型是烟台地区HCV携带者的优势流行基因亚型,在不同人群中分布差异无显着性（χ2=0.796,P=0.373）；不同基因分型的受试者其肝损指标的差异有显着性（P<0.05）,2a型携带者的ALT、AST均值明显高于1b型。结论山东烟台地区HCV基因型呈现多样性,以1b型为主,并首次检出3a和6a亚型；人群存在HCV潜伏感染,应加强献血员HCV感染的检测,确保临床输血安全：HCV基因型与肝损指标具有相关性,2a型HCV感染可能在肝细胞的病变过程中起着重要作用。
张立新[8]（2011）在《丙型肝炎病毒5’非编码区及非结构蛋白5A的基因变异及其临床意义》文中研究表明研究背景和目的：丙型肝炎（Hepatitis C）是威胁人类身体健康的重要传染病,其病原体是丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus, HCV）,全球范围内大约有1.7亿人感染了HCV,我国的感染率约为3%。HCV感染容易慢性化,慢性丙型肝炎约有20%-30%会在20年内缓慢进展为肝硬化和肝癌,HCV感染成为导致肝癌及终末期肝病的重要原因。HCV为单股正链RNA病毒,整个基因组只有一个开放读码框（Open reading frame, ORF）,位于基因组中央,在基因组的5’和3’末端各含有一段非编码序列（Non-cording Region, NCR）。基因组从5’NCR依次为C、E1、E2、P7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A、NS5B及3’NCR, C区编码核壳蛋白,E1、E2区编码包膜糖蛋白,P7及NS2到NS5分别编码不同功能的非结构蛋白。HCV具有高度变异性,但不同区段变异率不同,有些区段变异性较大,而另有些区段则遗传保守性很高,其中5’NCR和C区最保守,E区最容易变异。HCV 5’NCR是整个基因组最为保守的区域,长度和序列非常稳定,这个区段核苷酸突变少,并且其变异可以代表基因型。HCV可以分为6个基因型及不同亚型,HCV基因型分布有明显的地域差别,我国大陆主要是1b、2a型及少量的la、2b、3b、4a及6a型等。研究表明,HCV基因型与临床有密切的关系,基因1型HCV感染者往往病毒载量较高,疾病进展快,对干扰素的应答较差,但是基因型对临床的影响仍然存在一定的争议。HCV 5’NCR是病毒复制的起始部分,在病毒的复制及病毒蛋白的翻译方面起到很重要的作用,5’NCR某些核苷酸的特异性变异可能会影响病毒的复制水平及对干扰素的治疗应答。NS5A是HCV编码的非结构蛋白,在HCV多蛋白的成熟和RNA的复制过程中具有十分重要的作用,具有抗肝细胞凋亡作用,并下调干扰素a（IFNa）刺激的抗病毒效应。HCV NS5A某些区域的基因变异可能导致其抗干扰素作用的减弱,研究最多的区域是ISDR,日本学者研究发现NS5A羧基末端第2209到2248氨基酸的40个氨基酸区域的序列与干扰素治疗的敏感性有关,将这个区域称为干扰素敏感决定区（ISDR）,认为ISDR变异株（4个以上氨基酸突变）对干扰素的应答较好,但是欧洲和美国的一些研究并未证实ISDR的突变与治疗转归的关系,考虑ISDR外还存在与干扰素疗效相关的序列,如V3区、干扰素及利巴韦林耐药区（IFN/RBV resistance determining region, IRRDR）等。目前对ISDR变异与干扰素应答关系的研究较多,但是对NS5A区基因全序列的变异对干扰素应答影响的研究还很少,国内尚未见报道。为了明确HCV 5’NCR及NS5A的变异情况以及变异对临床的影响,本研究应用基因芯片法及基因测序法检测山东地区HCV感染者5’NCR区,对进行抗病毒治疗的基因1b型慢性丙型肝炎病人进行NS5A序列测定,观察HCV 5’NCR及NS5A的变异情况及其临床意义。材料与方法：1.2005年1月至2008年10月期间济南市传染病医院门诊及住院的慢性丙型肝炎及肝硬化病人170例,抗HCV及HCV RNA均阳性,并排除了HAV、HBV、HEV、HIV感染及酒精性肝炎和药物性肝炎,空腹抽静脉血5m1。应用聚乙二醇干扰素a-2a 180ug或a-2b 1.0-1.5ug/kg治疗,基因1型疗程12个月联合利巴韦林800-1200mg,非基因1型疗程6个月联合利巴韦林800-1000mg。应用基因芯片法检测HCV基因型,观察基因型与疾病严重程度、感染途径、HCV RNA定量及干扰素应答的关系。2.2008年1月至2009年12月期间济南市传染病医院住院的慢性丙型肝炎病人118例,进行HCV 5’NCR的序列测定,应用分子生物学软件ClustalX2.0及Mega4.0进行分析,以Mega4.0软件构建遗传进化树,以此了解不同病毒株的亲源性；与国内外HCV流行株相比较,观察不同病毒株5’NCR区核苷酸序列的变异,了解山东地区HCV 5’NCR的基因变异特点；观察特征性的基因变异与HCVRNA定量水平及干扰素应答的关系。3.对35例进行抗病毒治疗的基因1b型慢性丙型肝炎病人治疗前的血清进行NS5A序列测定,全长NS5A序列设计5对引物,分5段进行测序,测序结果应用ClustalX2.0及Mega4.0软件进行核苷酸及氨基酸序列的比对,与HCV 1b型标准株HCV-J比较,观察NS5A全基因的核苷酸及氨基酸变异率及特异性的区域ISDR、V3区、IRRDR等的变异情况,以及以上变异与干扰素应答的关系。结果：1.基因芯片法检测HCV基因型结果为：基因1b型63.1%,2a型28.6%,1a及3b型均为1.19%,1b+2a及1a+1b混合型6%；肝硬化和慢性肝炎两组病人基因型分布无差别；有输血史者占67.9%,有输血史者及无输血史者基因型分布无差别；基因1b型与基因2a型血清HCV RNA定量log值分别为：6.42±1.0及5.69±1.15,t=3.89,p=0.0001；基因1b型与基因2a型抗病毒治疗SVR率分别为63.6%、90%,0.01<p<0.05。2.慢性丙型肝炎病人的5’NCR区基因序列分析结果表明：基因型分别为1b型65例、基因2a型45例、1a型2例、3a型1例、3b型2例及6a型3例。3.42例1b型慢性丙型肝炎病人5’NCR区序列跟国内外多数参考株序列相同,23例病人发生1-2碱基变异,存在120位C-T（9例）和204位C-T（8例）两个位点的特征性变异。2例1a病人5’NCR区基因序列与中国株序列相同,与2株美国株同源性为99.5%-100%。2a型病人5’NCR序列同源性为97.8%-100%,存在与参考株完全相同的病毒株,共有11个位点存在碱基变异,有222位及247位两个位点的特征性变异,根据这两个位点碱基的不同可以将2a型病人分为3组：均为T组、均为C组及分别为C、T组。3a型5’NCR和标准株同源性为98.1%,有4个碱基不同。2例3b型病人的5’NCR与国内外流行株同源性分别为99.1%-100%。6a病人都具有特征性的第-145位的CA插入,病人及参考株之间仅存在3个位点的碱基的不同,其中2例病人序列与中国株之一相同,与另一中国株及香港株同源性均为99.5%,另外1例病人与参考株的同源性为98.5%-99.5%。4.1b型5’NCR区120位C-T变异株和野毒株HCV RNA定量分别为5.16+1.40 log和6.14+1.01 log（p=0.041）,差别有显着性；而1b型5’NCR区204位C-T变异株和野毒株HCV RNA定量分别为5.95±0.95 log和6.14±1.01log（p=0.23）。2a型病人根据5’NCR第222位及247位的碱基分为3组,3组病人HCV RNA定量没有明显差别。1b型及2a型5’NCR区变异株与野毒株比较干扰素的应答率没有差异。5.35例病人中有20例得到全序列HCV NS5A测序结果,其中11例实现持续病毒学应答（SVR）,9个病人无应答或停药后复发（NR）。与HCV标准株J株进行比较,NS5A变异率较高,核苷酸变异数目为136+9.2,氨基酸变异数目为31.3士4.2,但病人之间同源性较高。SVR及NR两组病人NS5A全长序列的氨基酸变异数目没有差别（32.4+4.4及30.4士3.7,p=0.302）, ISDR为突变型、中间型及野生型人数分别为：1、6、2及0、4、7（p>0.05）, IRRDR氨基酸变异数目在SVR组及NR组分别为：6+1.33及4.4+1.14（p=0.014）, SVR组及NR组氨基酸变异数≥6的比例分别为6/9及2/11（p=0.04）,差异有显着性。结论：1.山东地区HCV主要流行株是基因1b型,其次为2a型,存在少量的1a、3a、3b、6a型及混合型感染。其中基因3a和6a型感染以前在山东地区未见报道。2.HCV感染者大部分有输血史,基因型与疾病的进展无关,1b型感染者HCVRNA定量（病毒载量）较高,且持续病毒学应答较差。3.HCV 5’NCR区序列高度保守,与国内外流行株同源性高,变异率低。基因1b型及2a型5’NCR区均有特征性的核苷酸变异,1b型HCV感染者5’NCR第120位C-T的变异减弱了病毒的复制水平,其余位点的变异不影响病毒的复制水平,5’NCR的变异对干扰素的应答无明显的影响。4.与HCV J株比较,山东地区慢性丙型肝炎病人HCV NS5A区核苷酸及氨基酸变异率较高,但病人之间NS5A序列的同源性较高。ISDR的氨基酸变异率较高者抗病毒治疗应答者较好,但差异没有统计学意义,IRRDR氨基酸变异数≥6预示丙型肝炎抗病毒治疗疗效较好。
李军[9]（2011）在《合并HIV感染对1b型HCV E2/NS1包膜区基因的影响》文中研究说明丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus, HCV）是慢性肝病的主要病原体,单股正链RNA病毒,其感染呈世界性分布,目前全球约有1.7亿感染者,而且每年仍有约300万-400万新发病例；我国HCV感染率约为3.2%,即约有3800万HCV感染者,80%以上的感染者形成与慢性肝炎、肝硬化、肝衰竭及肝细胞癌相关的持续性感染,感染20年后有10%-20%慢性患者发展至肝硬化,感染30年后有1%-5%慢性患者发展为肝癌。目前对慢性HCV感染的治疗主要是长效干扰素结合利巴韦林进行抗病毒治疗,但有效率仅在50%左右,因此能否研制出安全有效的预防性及治疗性的疫苗成为了当今解决HCV慢性感染的重要问题。但HCV在机体内常以部分变异但又高度同源的准种形式存在,并表现出不同部位具有不同的变异程度,编码包膜蛋白的E2/NS1区可变性最高,且有研究显示该区的变异可能与HCV感染的慢性化及疾病进程有关。HCV和人类免疫缺陷病毒（Human immunodeficiency virus, HIV）因传播途径相同,即血液传播、性接触传播、母婴传播,常合并感染,不同的传播途径合并感染率不同,以血液传播的合并感染率最高,因此有偿献血人群中常合并感染。目的研究HIV对1b型HCV E2/NS1包膜区基因变异的影响,探讨两组间该区基因序列同源性的差异,为HCV/HIV合并感染者中HCV的治疗奠定基础。方法对某有偿献血村随访到的所有HCV阳性的病例根据合并HIV的情况分成两组,并进行基因分型,然后RT-巢式-PCR扩增1b型HCV E2/NS1包膜区基因,进行SSCP、纯化后测序。结果HCV基因型在HCV/HIV合并感染组及单纯HCV感染组两组间的的分布差异具有统计学意义（χ2=35.4,P<0.001）,且单纯HCV感染组中HCV的基因型较复杂；SSCP的平均条带数在两组间的差异具有统计学意义,单纯HCV感染组较多；两组内的变异均主要来自于HVR-1、HVR-2、HVR-3,而两组间HCVE2/NS1包膜区、HVR-1、HVR-3同源性差异具有统计学意义；单纯HCV组中变异性较高的氨基酸位点在HCV/HIV合并感染组中均表现出较高的保守性。结论1、两组均以HCV1b基因型为主,但全部HCV基因型在两组间分布的差别具有统计学意义。2、HIV/HCV感染降低了1b型HCV E2/NS1包膜区基因的变异性,主要体现在HVR-1和HVR-3区。
张向颖,修冰水,张贺秋,祁自柏,安媛,邱艳[10]（2010）在《HCV感染者第一高变区及部分膜区序列变异的分子进化分析》文中指出目的比较分析HCV第一高变区及包含第一高变区（HVR1）在内的部分膜区序列变异,从分子进化角度探讨献血者体内HCV变异。方法通过RT-PCR钓取5名HCV感染献血者体内含HVR1的部分膜区序列,选取10个克隆进行序列测定,并采用ClustalX软件,对获得的50条HVR1区和50条膜区序列进行了横断面的分子进化树分析。结果部分HCV感染者体内自身10条HVR1序列之间的亲缘关系较远;但感染者体内10条膜区序列之间亲缘关系较近,并呈现出一定的个体特异性。结论相比单纯分析HVR1区的变异情况,以含HVR1的膜区序列进行的进化分析更能体现出个体的差异,对于HCV的溯源更有意义。
二、献血者体内携带的HCV包膜区基因同源性分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、献血者体内携带的HCV包膜区基因同源性分析（论文提纲范文）
（1）核酸检测技术在基层血站的应用与质量控制探讨（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 1 资料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 核酸检测技术应用于血液筛查的现状 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（2）云南红河州高危人群HIV及其共感染的HCV/HPgV-2病毒的分子流行病学研究（论文提纲范文）
| 缩略语表 摘要 Abstract 前言 第一部分 云南省红河州高危人群HIV感染的分子流行病学研究 |
| 1 背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 研究方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 研究对象及其基本情况 |
| 3.2 HIV-1 pol区扩增测序基本情况 |
| 3.3 HIV-1 基因亚型及其在不同人群和时间的分布 |
| 3.4 基于全长基因组的2株新型重组毒株和4株G亚型病毒的鉴定 |
| 3.5 新型重组毒株(URFs)的鉴定及人群特征 |
| 3.6 HIV-1 传播簇分析 |
| 3.7 与云南其他地区毒株流行的关系 |
| 3.8 主要HIV-1 毒株的流行动力学分析 |
| 3.9 耐药毒株流行情况 |
| 4 讨论 第二部分 云南省红河州高危人群与HIV共感染的HCV分子流行病学研究 |
| 1 背景 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 研究方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 HCV共感染的情况 |
| 3.2 HCV CE2/NS5B区扩增测序结果 |
| 3.3 HCV的基因亚型及其构成 |
| 3.4 HCV的成簇分析 |
| 3.5 不同时间段的成簇分析 |
| 3.6 HIV与 HCV的共传播 |
| 3.7 HCV的流行动力学析 |
| 4 讨论 第三部分 云南省红河州高危人群与HIV共感染的HPg V-2 分子流行病学研究 |
| 1 背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 研究方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 HPgV-2抗体与核酸检测结果 |
| 3.2 HPgV-2阳性人员的流行病学特征 |
| 3.3 HPgV-2与HCV的共感染情况 |
| 3.4 HPgV-2抗体阳性者中HPgV-2 RNA阳性的比例 |
| 3.5 单独HPgV-2 RNA阳性率 |
| 3.6 HPgV-2的基因变异和遗传特征 |
| 3.7 HPgV-2的致病特征分析 |
| 3.8 HPgV-2的成簇分析 |
| 4 讨论 参考文献 作者在学期间取得的学术成果 主要简历 致谢 |
（3）快速抗体人源化平台的建立及乙型肝炎病毒人源化抗体的成药性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 抗体(Antibody)的概述 |
| 1.1.1 抗体的结构与功能 |
| 1.1.2 抗体的人源化 |
| 1.1.3 抗体药物市场 |
| 1.1.4 抗感染抗体药物的概况及趋势 |
| 1.1.5 Fc改造对效应功能的影响 |
| 1.2 乙型肝炎病毒(HBV)的概述 |
| 1.2.1 HBV基因组 |
| 1.2.2 HBV的病毒结构 |
| 1.2.3 HBV的生命周期 |
| 1.2.4 HBV基因编码的蛋白 |
| 1.2.5 HBV的基因型 |
| 1.2.6 HBV的流行病学 |
| 1.2.7 HBV的预防 |
| 1.2.8 HBV感染的抗病毒治疗 |
| 1.3 本研究的目的、意义和思路 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 主要仪器 |
| 2.1.2 主要耗材 |
| 2.1.3 主要试剂 |
| 2.1.4 实验常用溶液及试剂配置 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 常规分子克隆实验方法 |
| 2.2.2 常规细胞生物学方法 |
| 2.2.3 抗体的表达、纯化及鉴定 |
| 2.2.4 免疫学相关实验方法 |
| 2.2.5 体外调理吞噬实验 |
| 2.2.6 抗原-抗体免疫复合物特征分析 |
| 2.2.7 HBV相关抗体的小鼠体内实验方法 |
| 2.2.8 亲和力常数测定 |
| 2.2.9 抗体晶体培养及结构解析 |
| 2.2.10 食蟹猴体内评估抗体的药代动力学 |
| 2.2.11 抗体生物物理特性相关实验方法 |
| 2.2.12 数据处理统计学分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 第一部分 快速点突变抗体人源化平台的构建 |
| 3.1 流感病毒鼠源抗体12G6的人源化 |
| 3.1.1 12G6-cAb体外活性的评估 |
| 3.1.2 12G6-cAb的人源化设计 |
| 3.1.3 12G6人源化抗体真核表达载体的构建 |
| 3.1.4 12G6人源化抗体小量转染细胞上清性质鉴定 |
| 3.1.5 12G6人源化抗体大量表达、纯化及性质鉴定 |
| 3.2 呼吸道合胞病毒鼠源抗体5B11和7G5的人源化 |
| 3.2.1 5B11-cAb和7G5-cAb体外活性的评估 |
| 3.2.2 5B11-cAb和7G5-cAb的人源化设计 |
| 3.2.3 5B11和7G5人源化抗体构建、表达、纯化及性质鉴定 |
| 3.3 第一部分小结 |
| 第二部分 乙型肝炎病毒治疗性抗体的改造及成药性评估 |
| 3.4 E6F6人源化抗体162的亲和力测定 |
| 3.4.1 E6F6人源化抗体162的晶体培养及结构解析 |
| 3.4.2 E6F6鼠抗的人源化改造 |
| 3.4.3 E6F6人源化抗体体内外活性的评估 |
| 3.4.4 E6F6人源化抗体的成药性评估 |
| 3.4.5 E6F6人源化抗体与HBsAg免疫复合物的结构特征分析 |
| 3.4.6 E6F6人源化抗体162 Fc改造对吞噬的影响 |
| 3.5 第二部分小结 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 鼠源抗体人源化方法 |
| 4.2 抗体CDR的划分和人源化模板的选择 |
| 4.3 FR区人源化点突变规则 |
| 4.4 E6F6人源化抗体在小鼠体内的清除速率 |
| 4.5 E6F6人源化抗体huAb1和huAb3在食蟹猴体内的半衰期 |
| 4.6 抗原-抗体复合物电镜观察与纳米流式检测 |
| 第五章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 在校期间的科研成果 |
| 致谢 |
（4）湖北省HIV患者体内人类Pegivirus病毒的进化和动力学分析以及E2来源多肽的抗病毒活性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 HPgV病毒的发现和命名 |
| 1.2 HPgV的基因组结构 |
| 1.2.1 非编码区 |
| 1.2.2 结构蛋白区 |
| 1.2.3 非结构蛋白区 |
| 1.3 HPgV的生活周期 |
| 1.3.1 HPgV的细胞嗜性 |
| 1.3.2 HPgV的初始复制位点 |
| 1.3.3 HPgV的细胞受体 |
| 1.4 HPgV病毒实验室培养和检测方法 |
| 1.5 HPgV流行病学 |
| 1.5.1 HPgV的流行情况 |
| 1.5.2 HPgV的传播途径 |
| 1.5.3 HPgV的基因型 |
| 1.6 HPgV的致病能力 |
| 1.6.1 HPgV的非致病性 |
| 1.6.2 HPgV与非霍奇金淋巴瘤(NHL) |
| 1.6.3 HPgV与肝炎相关性再生障碍性贫血(HAAA) |
| 1.7 HPgV与HIV之间的相互关系 |
| 1.7.1 HPgV共感染现象 |
| 1.7.2 HPgV抑制HIV感染的机制 |
| 1.8 HPgV的进化特点 |
| 1.8.1 起源假说 |
| 1.8.2 HPgV的突变速度 |
| 1.8.3 HPgV基因组的保守性 |
| 1.8.4 HPgV的遗传重组 |
| 1.9 RNA病毒的遗传进化 |
| 1.8.1 突变(mutation) |
| 1.8.2 重组(recombination) |
| 1.8.3 选择(selection) |
| 1.8.4 遗传漂变(genetic drift) |
| 1.8.5 迁移(migration) |
| 1.8.6 “准种”理论(quasispecies) |
| 1.8.7 研究RNA病毒进化的意义 |
| 2 湖北地区HIV感染者体内HPgV病毒遗传多样性及个体特异性病毒谱系形成的研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验仪器 |
| 2.2.2 实验耗材 |
| 2.2.3 常用试剂 |
| 2.2.4 试剂盒 |
| 2.2.5 溶液配制 |
| 2.2.6 质粒、菌种和细胞系 |
| 2.2.7 引物 |
| 2.2.8 实验方法 |
| 2.2.9 数据分析 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 标本采集与病毒检测 |
| 2.3.2 系统发育分析与基因分型 |
| 2.3.3 种群动态分析 |
| 2.3.4 溯祖分析 |
| 2.3.5 选择压力分析 |
| 2.4 讨论 |
| 3 HIV感染者体内HPgV病毒遗传重组 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 标本收集和病人情况 |
| 3.3.2 系统发育分析和重组检测 |
| 3.3.3 RNA二级结构预测 |
| 3.4 讨论 |
| 4 HPgV病毒E2蛋白抗原位点序列多样性分析及膜蛋白多肽对HIV的抑制作用 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 抗原位点系统进化分析 |
| 4.3.2 抗原位点选择压力分析 |
| 4.3.3 HPgV膜蛋白多肽抑制HIV-1的活性 |
| 4.3.4 多肽对HIV-1的抑制可能发生在病毒进入阶段 |
| 4.3.5 改造多肽的抑制活性 |
| 4.4 讨论 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 博士期间发表和待发表论文 |
| 致谢 |
（5）广州地区丙型肝炎患者的HCV基因型相关研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 中英文对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 临床切实可行的两种基因分型法（部分基因测序法与探针杂交法）的准确性比较 |
| 材料 |
| 方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第二部份 广州地区丙型肝炎患者的 HCV 分子流行病研究 |
| 材料 |
| 方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间参与撰写的文章 |
| 致谢 |
（6）合并感染HIV对1b型HCV E2/NS1包膜区基因影响（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 血样来源 |
| 1.1.2 主要试剂与仪器 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 HCV基因分型 |
| 1.2.2 HCV E2/NS1 包膜区基因变异性 |
| 1.3 统计分析 |
| 2 结 果 |
| 2.1 基本情况 |
| 2.2 10株不同来源的HCV E2/NS1包膜区基因SSCP结果 (图1) |
| 2.3 2组间HCV E2/NS1 |
| 2.4 2组间HCV E2/NS1包膜区内HVR-1氨基酸序列比较 |
| 2.5 2组间的系统发生树 (图2) |
| 3 讨 论 |
（7）山东烟台地区HCV基因分型研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 材料与方法 |
| 1.1 标本来源 |
| 1.2 主要仪器和试剂 |
| 1.2.1 主要仪器 |
| 1.2.2 主要试剂和耗材 |
| 1.3 基因分型方法 |
| 1.4 RT-PCR扩增及产物的测序 |
| 1.4.1 RNA提取 |
| 1.4.2 逆转录(RT) |
| 1.4.3 PCR扩增 |
| 1.4.4 序列测定 |
| 1.4.4.1 酶纯化 |
| 1.4.4.2 测序反应 |
| 1.4.4.3 乙醇纯化 |
| 1.4.4.4 上机测序 |
| 1.5 HCV基因序列的遗传进化树分析 |
| 1.6 HCV基因分型与肝脏损伤的关系 |
| 第二章 结果 |
| 2.1 HCV基因分型 |
| 2.2 HCV基因型遗传进化树 |
| 2.3 HCV基因型与肝脏损伤的关系 |
| 第三章 讨论 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）丙型肝炎病毒5’非编码区及非结构蛋白5A的基因变异及其临床意义（论文提纲范文）
| 中文摘要 Abstract 符号说明 第一部分 |
| 基因芯片法检测丙型肝炎病毒的5’非编码区 |
| #13的基因变异及意义 前言 材料和方法 结果 讨论 结论 参考文献 第二部分 |
| 丙型肝炎病毒5’非编码区的基因序列分析及意义 前言 材料和方法 结果 讨论 结论 附图 参考文献 第三部分 |
| 丙型肝炎病毒非结构区5A的基因变异 |
| #75及与干扰素应答的相关性 前言 材料和方法 结果 讨论 结论 附图 参考文献 致谢 攻读博士期间发表的论文 学位论文评阅及答辩情况表 英文文章1 英文文章2 |
（9）合并HIV感染对1b型HCV E2/NS1包膜区基因的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 引物设计 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.4 实验室质量控制方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 HCV基因型在两组间构成 |
| 3.2 本次研究中所有HCV病毒株的基因分型结果 |
| 3.3 两组间HCV基因型的构成 |
| 3.4 HCVEZN/51包膜区的目的片段的电泳图 |
| 3.5 10株不同来源的HCVEZ/N51包膜区基因的SSCP的结果 |
| 3.6 两组间HCVEZN/51包膜区核昔酸序列的比较 |
| 3.7 两组间HCVEZ闪ls包膜区内HVR-1氨基酸序列的比较 |
| 3.8 用DNAMAN和MEGA4.1构建两组间的系统发生树 |
| 4 讨论 |
| 4.1 HCV基因型在两组间构成的比较 |
| 4.2 两组间SSCP条带数的比较 |
| 4.3 两组间E2/NS1包膜区核苷酸序列的比对 |
| 4.4 两组间HVR-1区氨基酸序列的比对 |
| 4.5 两组间该区基因的系统发生树分析 |
| 4.6 本研究的创新之处及需要进一步研究的方向 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 HCV合并HIV感染的研究进展 |
| 参考文献 |
| 个人简历、攻读硕士期间发表的论文 |
| 致谢 |
（10）HCV感染者第一高变区及部分膜区序列变异的分子进化分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 标本来源 |
| 1.2 试剂与仪器 |
| 1.3 引物设计 |
| 1.4 RNA抽提、逆转录、PCR反应 |
| 1.5 序列测定及同源性分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 PCR检测 |
| 2.2 不同献血者体内HCV-HVR1基因片段的分子进化分析 |
| 2.3 献血人群中不同HCV感染者体内部分膜区片段 (含HVR1基因) 的分子进化分析 |
| 3 讨论 |
四、献血者体内携带的HCV包膜区基因同源性分析（论文参考文献）
- [1]核酸检测技术在基层血站的应用与质量控制探讨[D]. 杨娜娜. 东南大学, 2020(01)
- [2]云南红河州高危人群HIV及其共感染的HCV/HPgV-2病毒的分子流行病学研究[D]. 李天一. 军事科学院, 2019(09)
- [3]快速抗体人源化平台的建立及乙型肝炎病毒人源化抗体的成药性研究[D]. 周兵. 厦门大学, 2018(06)
- [4]湖北省HIV患者体内人类Pegivirus病毒的进化和动力学分析以及E2来源多肽的抗病毒活性研究[D]. 吴浩明. 武汉大学, 2016(06)
- [5]广州地区丙型肝炎患者的HCV基因型相关研究[D]. 肖桂娥. 广州医科大学, 2014(03)
- [6]合并感染HIV对1b型HCV E2/NS1包膜区基因影响[J]. 黄璜,李军,张卫东. 中国公共卫生, 2012(06)
- [7]山东烟台地区HCV基因分型研究[D]. 张国英. 青岛大学, 2011(06)
- [8]丙型肝炎病毒5’非编码区及非结构蛋白5A的基因变异及其临床意义[D]. 张立新. 山东大学, 2011(12)
- [9]合并HIV感染对1b型HCV E2/NS1包膜区基因的影响[D]. 李军. 郑州大学, 2011(04)
- [10]HCV感染者第一高变区及部分膜区序列变异的分子进化分析[J]. 张向颖,修冰水,张贺秋,祁自柏,安媛,邱艳. 中国输血杂志, 2010(11)