一、人和黑猩猩遗传信息差别小(论文文献综述)
马立[1](2018)在《基于位置权重矩阵的长非编码RNA预测方法研究》文中研究指明人类基因组测序计划的研究表明,在人类基因组中,仅有不到全部基因组序列2%的基因具有编码蛋白质的功能,其余是缺乏蛋白质编码能力的,这在早期曾被认为是“垃圾基因”,直到2004年才有研究学者发现所谓“垃圾基因”序列中可能暗藏着大量的DNA调控元件、转座子和非编码RNA基因。在DNA元件百科全书(Encyclopedia Of DNA Elements,简称为ENCODE项目)完成后,人们进一步发现大部分DNA序列能够被转录成RNA,其中大部分的转录产物为非编码RNA,而在非编码RNA中,绝大多数的转录本是长度大于200个碱基的长非编码RNA。近些年来,研究者们对这些长非编码RNA的研究持续升温,研究结果表明长非编码RNA能够在转录及转录后水平上调节蛋白编码基因的表达,从而广泛地参与包括细胞分化、个体发育在内的重要生命过程,其异常表达还与多种人类重大疾病的发生密切相关。但目前还有大量的长非编码RNA没有被识别出来,所以如何将长非编码RNA从大量的转录本中快速而准确的挑选出来是一件非常值得研究的课题。本文使用计算机的方法来对长非编码RNA进行预测识别,相较于生物学的方法,极大地提高了识别效率。现有的长非编码RNA预测研究中,主要有三个问题:一是很多预测方法过于依赖现有物种蛋白质编码库,一旦当前物种对应的蛋白质编码库数据较少就会影响最终的识别结果。二是一旦测序过程中存在一些序列错误,大多数预测方法的识别率就会大大降低,而测序过程中的序列错误几乎是不可避免的。三是在特征提取中未能统计到序列的位置相关信息,大多是核苷酸含量或组合的特征。为了解决上述问题,本文首先对长非编码RNA与编码RNA序列的特征进行分析,提取出两大类特征,分别是生物特征类和序列结构特征类,其中生物特征类中包含开放阅读框特征和聚合体特征,序列结构特征类中包含k-mer特征、Fickett特征和位置权重矩阵特征,这种特征提取方式不依赖于蛋白编码库,也有一定的容错性。在特征提取中我们首次使用位置权重矩阵的方法来提取核苷酸的位置特征,并在实验中取得了较好的结果。为了提升预测方法的训练速度并减少特征空间维度,本文在特征选择阶段依次使用包装法和过滤法进行特征选择,经过特征选择后我们得到了数量较少的具有代表性的特征。接下来,我们分别使用了支持向量机、随机森林和BP神经网络这几种机器学习方法对训练集进行训练分类,并使用网格遍历方法对分类器模型参数进行选取,经实验对比后,选择支持向量机作为模型的分类器进行长非编码RNA的预测,实验证明预测模型效果较优。在构建本文的长非编码RNA预测模型时,我们使用十折交叉验证对预测模型在训练集上进行了验证,最终在测试集上取得了较高的准确率和一致性。与之前的长非编码RNA预测方法相比较,本文的预测结果也具有较大的优势,且本文方法是不依赖于相应物种蛋白质编码库的。在跨物种的数据集上进行实验,结果表明本文算法也具有一定的普适性。
胡曦[2](2017)在《彼得·辛格的动物解放论探析》文中指出彼得·辛格是当代着名的应用伦理学家,曾任国际生命伦理学学会主席,也是西方生态伦理学史上承上启下的重要人物。他所提出的动物解放论,在当代既具较大影响力,也具有争议性;他所撰写的《动物解放论》,被誉为“动物保护论的圣经”,是把道德关怀的范围从人类扩展到动物的重大尝试。辛格看到在消费需求拉动下,被作为食物的动物消耗量大幅增加加重了生态环境的负担,看到动物养殖场、屠宰场的不断扩张以及动物实验的持续滥用导致对动物的虐待与残害行为大幅递增,他认为有必要打破传统伦理学的边界,提出动物解放论;在辛格看来,“解放动物,就是再一次解放人类”。辛格首先以自然科学在人类与动物基因相似性上的发现为基础,论证人类与动物之间并非存在着不可逾越的鸿沟,人与动物之间有着割不断的亲缘关系,并以此作为动物解放论的理论前提,从而使道德关怀从人类扩展到动物,在理论推演上具有可能性。其次,他在功利主义和平等原理的基础上,提出了动物解放论的两大原则——混合型功利主义原则和双因素平等主义原则。再次,作为动物解放论的延展推论,辛格大力倡导素食主义,从道德考虑、环保旨归、康寿需要等方面阐述了实践素食主义的必要性,鼓励人们与大自然建立一种新型的关系。在有关动物保护问题的探讨中,辛格的动物解放论与动物福利论(以边沁为代表)和动物权利论(以雷根为代表的强式动物权利论和以沃伦为代表的弱式动物权利论)既有联系又有区别。辛格继承并发展了以边沁为理论先驱的动物福利论,但他对动物解放的辩护又不是建立在权利的基础之上。动物权利论的代表人物雷根和沃伦与辛格的激烈交锋从另一个侧面也烘托了辛格动物解放论的理论影响。尽管辛格的动物解放论具有争议性,但他的确为拓展伦理学的范围作出了重大尝试,为生态伦理学增加了探讨人与自然关系的新视角。在现实中,他也影响了越来越多的人出于道德考虑选择素食主义,并间接影响了欧洲对待养殖场动物养殖方式的变化等等。但辛格的动物解放论也有明显的理论局限,一是动物解放论对人类中心主义矫枉过正,二是他从动物解放论得出的延展推论——素食主义作为解决问题的主要实践方案,其现实可行性仍然偏小。
杨闫[3](2014)在《机器学习方法在生物信息学中的应用》文中进行了进一步梳理当人类基因组计划(Human Genome Project, HGP)呈上之际,人类开始进入了后基因组时代。在这一时代里,生物序列数据成指数增长,如何把有价值的生物信息从海量的生物序列数据中挖掘出来,已成为迫切需要解决的问题。本文研究机器学习方法在生物信息学若干问题中的应用,主要内容如下:第二章,我们提出一类新的DNA序列3-D图形表示并且证明它具有两种性质:(1)这是一个非退化图形;(2)每一个DNA序列与其对应图形成一一对应关系。基于这个图形表示,我们将DNA序列转化为12维特征向量,它的分量为相应L/L矩阵的ALE指标。对3个数据集构建了系统发生树,结果证明了我们方法的有效性。第三章,借助特征序列,我们提出了DNA序列的32k维完全字向量表示。然后基于粗糙集理论提出一种特征选择方法来提取包含信息最丰富的k字并用这些选择的特征来表示DNA序列。为了评价我们的方法的性能,对5个数据集进行了系统发生分析实验。其中第1个数据集用作训练集,从32116144个k字中按重要程度,共有869个字被选择出来构成最终的特征向量。另外的4个数据集作为测试集。结果表明,我们所提出的方法能抓住最重要的信息并且对于分子系统发生分析是非常有效的。第四章,借鉴第三章的工作,我们从DNA模板出发,结合k字频率之间的关系和k字频率本身,构造了模板DNA序列的24维特征向量,并以支持向量机为分类器,利用夹克刀检验,对模板DNA序列进行PCR扩增难易预测。我们的准确度达到了92.59%。第五章,借鉴第三章和第四章中的频率位置信息与频率本身相结合的思想,并结合氨基酸的分类模型、理化性质和替换矩阵构造了蛋白质序列的特征向量,以最近邻方法作为分类器,利用ZW225和CL317数据集对我们的方法进行了检验,所得结果同其它亚细胞定位预测方法做了比较。结果证明了我们的方法是非常有效的。
曾秀凤[4](2012)在《双胚苗水稻同源多倍体基因表达和DNA甲基化的研究》文中认为基因组加倍被认为是真核生物(尤其是开花植物)进化的加速器。基因组加倍事件已经在多个物种中被确定,包括酵母、脊椎动物以及水稻、拟南芥等:多倍体植物往往出现一些新的表型和特征,如器官体积、花期、抗旱、抗病虫等方面的改变。研究发现,这些变异可能与表观遗传调控密切相关,即多倍化后DNA甲基化修饰、组蛋白修饰、小RNA调控等发生变异,调控多倍体基因表达,进而影响进化的历程。表观遗传调控是指不涉及DNA序列改变的可遗传的基因表达调控方式。DNA甲基化是重要的表观遗传修饰之一,并参与很多细胞学过程的调控。研究发现,很多植物如拟南芥、油菜、棉花等,其多倍化过程中都存在DNA甲基化变异,且多倍体中DNA甲基化变异能调控基因的表达。研究基因组加倍事件的影响,需将DNA序列变异的遗传效应排除。因为多倍化过程中,基因组加倍与DNA序列变异常伴随发生,故二者对基因表达及DNA甲基化修饰的影响可能混在一起。因此,我们认为遗传背景相同的同源多倍体是研究倍性效应的理想材料。本研究以来源于水稻双胚苗SARⅡ-628株系的单倍体-二倍体-三倍体-四倍体水稻材料作为研究对象,分析基因表达和DNA甲基化的变异情况及两者的相关性。采用甲基化DNA免疫共沉淀联合测序技术(MeDIP-SEQ)来研究不同倍性水稻材料的全基因组DNA甲基化变异情况。同时与倍性水稻材料的mRNA数字表达谱(DGE)资料进行关联分析,探索水稻多倍化过程中DNA甲基化修饰与基因表达之间的相关性。实验结果如下:一、DNA甲基化水平变化:对同源倍性系列水稻材料进行全基因组DNA甲基化的MeDIP-SEQ分析,发现:DNA甲基化广泛分布于水稻12条染色体上,但不同倍性材料之间存在一定程度的差异,基因的甲基化变异主要发生在启动子区(占72.39%)。在1N-2N-3N中,多数基因(54.1%)的DNA甲基化程度不受倍性变化的影响,维持不变;相对于单倍体和三倍体而言,二倍体中DNA甲基化水平上调或下调的基因数约占22.9%;随着倍性增加,DNA甲基化程度递增或递减的基因数很少,仅占0.8%左右。二、mRNA表达水平变化:对同源倍性系列水稻材料全基因组mRNA的数字表达谱分析,发现:在N-2N-3N中,大多数基因(81.57%)的mRNA表达水平不受倍性变化的影响,维持不变;随倍性增加,mRNA表达水平随之增加或减少的基因很少,仅占1.39%左右。同时还发现,基因的表达水平越低,其在不同倍性间发生表达变异的几率就越大。三、DNA甲基化和mRNA表达关联分析:统计结果显示:①对于单个水稻材料来说,DNA甲基化程度与mRNA表达水平呈负相关性的基因约占1/4;DNA甲基化修饰位于基因的不同区域,其mRNA表达水平也会有不同;]mRNA表达水平不同,基因上同一区域被甲基化修饰的程度也有一定的差异;②对于水稻倍性材料1N-2N-3N来说,材料倍性不同,相同DNA甲基化修饰类型对mRNA的平均表达水平的影响不同;材料倍性不同,mRNA表达水平相同的基因,同一基因区域DNA甲基化程度相同;材料随着倍性的增加,部分基因的mRNA表达水平与DNA甲基化程度的变化趋势呈负相关;但仍有部分基因的mRNA表达水平和DNA甲基化程度之间没有明显的相关性。综上所述,本研究证明了水稻多倍化过程中,全基因组DNA甲基化水平发生变化,mRNA表达水平也受倍性效应的影响而发生改变。由于大部分基因的DNA甲基化和mRNA表达水平的变异与倍性效应背离,我们未能找到DNA甲基化变异、基因表达变异与倍性效应这三者之间的调控规律。这些结果显示了倍性改变后水稻基因表达调控因素的复杂性。
兰海云[5](2012)在《严格调控表达HCVNS3/4A蛋白三转基因小鼠的建立》文中进行了进一步梳理丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)是引起慢性肝病的主要病原体,目前全球约有1.7亿HCV感染者。由于HCV的高度变异性,至今尚无特异有效的疫苗和治疗药物,因而其感染已成为全球性的严重的公共卫生问题之一。自1989年首次分离和鉴定出HCV至今,对HCV的防治研究一直进展缓慢。其原因主要是由于HCV感染高度严格的种属嗜性导致有效、稳定的实验动物模型的缺乏。这不仅严重阻碍了对HCV感染和致病机制的研究,而且也极大地限制了抗病毒药物和疫苗的开发。HCV基因组RNA编码的NS3/4A蛋白具有丝氨酸蛋白酶和解旋酶活性。体外实验研究表明,HCV NS3/4A蛋白在蛋白前体的加工成熟、RNA复制以及病毒装配等过程中发挥着关键作用。因此,NS3/4A蛋白已成为目前抗HCV药物研发中最为重要的靶点之一。不仅如此,NS3/4A丝氨酸蛋白酶靶向作用于感染细胞内非病毒复制相关的宿主蛋白,通过阻碍干扰素合成信号的传递等介导病毒的免疫逃逸与感染慢性化。这提示,靶向NS3/4A丝氨酸蛋白酶的抑制剂可能具备阻断感染细胞内病毒的复制和恢复感染细胞内固有免疫防御应答的双重作用。为了进一步在动物水平深入研究NS3/4A蛋白与宿主相互作用的机制及为NS3/4A丝氨酸蛋白酶抑制剂的筛选提供可靠有效的动物模型,本课题联合应用Tet-On调控系统和Cre/LoxP基因敲除系统,通过在体生物发光成像技术筛选和建立了稳定、可调控表达HCV NS3/4A蛋白的转基因小鼠模型,试验证实该转基因小鼠模型体内NS3/4A蛋白的表达具有良好的组织特异性和可调控性。主要内容和结果如下:1.构建受Tet-On调控系统和Cre/LoxP基因敲除系统双重调控表达NS3/4A蛋白的重组载体pBI-G//LoxP-FLuc-BGH PolyA-LoxP-NS3/4A采用分子克隆技术在真核表达质粒pBI-G双向启动子一侧多克隆位点处依次插入LoxP、Fluc、BGH PolyA、LoxP及NS3/4A序列,成功构建了含Tet-On调控系统元件和Cre/LoxP基因剔除系统元件、报告基因Fluc及HCVNS3/4A蛋白基因的重组质粒pBI-G//LoxP-FLuc-BGH PolyA-LoxP-NS3/4A。该重组质粒与pTet-On及pBI-G//Cre质粒共转染CHO细胞,生物发光成像及蛋白表达检测显示,当且仅当细胞经Dox持续诱导,同时表达反向四环素调控转录激活因子(rtTA)与Cre重组酶时,该重组质粒才表达NS3/4A蛋白,体外证实了该重组载体构建成功且表达NS3/4A蛋白的调控性良好。另外,在该重组质粒中报告基因Fluc的合理引入,为后期利用在体生物发光成像系统鉴定、筛选转基因小鼠奠定了基础。2. NS3/4A转基因小鼠建系,并与肝脏组成型表达rtTA的纯合型Lap转基因小鼠杂交,筛选调控表达报告基因Fluc的NS3/4A/Lap双转基因小鼠重组质粒pBI--G//LoxP-FLuc-BGH PolyA-LoxP-NS3/4A经酶切后,得到线性化的NS3/4A转基因载体,经受精卵显微注射制备获得了NS3/4A转基因首建鼠。6只首建鼠经PCR与Southern Blot鉴定后,与已稳定建系的肝脏组成型表达rtTA的纯合型Lap转基因小鼠杂交。所有子代小鼠(F1)首先通过提取基因组DNA并经PCR扩增转基因片段进行基因型的鉴定,NS3/4A转基因与Lap转基因均阳性的子代小鼠(F1)经Dox持续诱导后通过在体生物发光成像系统(in vivo Bioluminescent Imaging,BLI)检测FLuc的表达进行表型的鉴定。生物发光信号强烈的小鼠即基因型与表型一致的NS3/4A/Lap双转基因小鼠(F1),再与纯合型Lap转基因小鼠杂交,所有子代小鼠(F2)经PCR和BLI进行鉴定和筛选基因型与表型一致的NS3/4A/Lap双转基因小鼠(F2)。同法反复杂交、筛选、建系,获得了稳定遗传、高效表达FLuc的NS3/4A/Lap双转基因小鼠。Western Blot检测结果显示FLuc仅表达于经诱导后的NS3/4A/Lap双转基因小鼠肝脏组织,具有良好的特异性和调控性,为下一步筛选严格调控表达NS3/A蛋白的三转基因小鼠奠定了基础。3.将稳定建系的NS3/4A/Lap双转基因小鼠与已建立的Lap/LC-1双转基因小鼠杂交,筛选严格调控表达NS3/4A蛋白的NS3/4A/Lap/LC-1三转基因小鼠选择经鉴定的NS3/4A/Lap双转基因小鼠与Tet-On系统调控下肝脏特异性表达Cre重组酶的Lap/LC-1双转基因小鼠交配,子代小鼠分别经基因型鉴定(PCR)、表型鉴定(BLI)后筛选获得NS3/4A/Lap/LC-1三转基因小鼠。然后通过免疫组织化学染色及Western Blot检测三转基因小鼠体内Cre重组酶、NS3/4A蛋白的表达。BLI结果显示仅在Dox持续诱导后三转基因小鼠肝脏部位检测到强烈的生物发光信号,表明三转基因小鼠肝细胞内报告基因FLuc特异高效表达;免疫组化及Western Blot结果证实Cre重组酶、NS3/4A蛋白仅在经Dox持续诱导后的三转基因小鼠肝细胞特异性表达,与BLI鉴定结果一致。与Lap/NS3/4A双转基因小鼠在Dox持续诱导后肝脏仅特异性表达Fluc的情况不同的是,该三转基因小鼠仅在Tet-On调控系统和Cre/LoxP基因敲除系统同时发挥作用时肝脏特异性表达NS3/4A蛋白,表明该三转基因小鼠具有良好的特异性和调控性。综上,本研究建立了Tet-On系统和Cre/LoxP系统双重调控下表达HCVNS3/4A蛋白的三转基因小鼠模型,为进一步研究HCV NS3/4A蛋白与宿主相互作用的机制及抗NS3/4A丝氨酸蛋白酶特异性抑制剂的筛选和评价奠定了基础。
齐燕姣[6](2010)在《X染色体回文序列的对称性和进化分析》文中进行了进一步梳理“21世纪是生命科学的世纪”,随着人类基因组计划和许多模式生物的基因组序列测序的完成,大量的数据使得分子水平和整个生物信息系统的水平之间出现了一道鸿沟。应用信息技术剖析生物现象的本质成为了科学家们关注的焦点。通过对生物信息的计算处理,从而在分散的序列数据中获得对生命运行机制详细而又系统的了解。尤其是生命体系中的对称性引起了众多生物学家的关注,挖掘这类特殊的结构和功能是当前生物学研究领域的一个重要课题。自从2003年报道了人类Y染色体上含有大量的具有旋转对称性的回文序列以来,这类具有特异功能的序列引起了人们的极大兴趣。与此同时,对于另外一条性染色体上是否也含有长的回文序列激发了人们的好奇心,如果有,那么这些X染色体回文序列与Y染色体上的有什么不同?幸运的是,2004年科学家们发现人类X染色体上也含有大量的同源性很高的长回文序列。但是这些回文序列也含有大量的男性特异基因,而不是女性特异基因。本文主要基于对X染色体上的回文序列的统计分析,进而来了解其结构特征;通过与其它灵长类的对比来探索回文序列及其上基因的起源和进化。本论文主要研究内容为如下几个方面:1.通过对灵长类X回文序列进行分析,发现物种内的突变都易发生在相似结构的碱基之间。而碱基的缺失容易发生在简单重复区附近。这一类不对称的突变数目在人类的X回文序列上最多。其次,这些突变容易受到相邻的碱基的影响而变成与之结构相似的碱基。人类的回文序列上左右臂之间发生突变的数目最多,其次是黑猩猩、红毛猩猩,最后是恒河猴。2.通过分析灵长类X染色体上MAGE/CSAG-回文序列的点突变情况,发现序列间转换的频率比颠换的频率要高的多,并且G/C→A/T的频率与A/T→G/C的频率也不相同,这说明基因组的成分并不平衡。通过与红毛猩猩相比,发现发生在人类回文序列两个臂上的总体突变数目较小,但是对称性却低。然而人类的NXF2-回文序列的左臂和右臂的成分进化基本上达到平衡。3.用DNA游走的方法看到人类和黑猩猩X回文序列的反向互补的结构特点,通过小波分析发现位于回文上的生物功能区具有与周围序列不同的模式。最后,通过分析人类和大猩猩的X回文序列上的重复片段的的特殊分布,讨论了它们之间的进化关系。4.通过序列对比,发现灵长类X染色体上的MAGEA/CSAG-回文序列上的大部分的突变都是对称的。与人类和黑猩猩相比,红毛猩猩的回文两臂上发生的对称性突变数目最多,使得其两臂之间的对称性最高。虽然回文两臂上发生的突变大部分都是对称的,但是这种对称性突变造成回文臂在成分的进化上并不平衡。目前,对X回文序列的结构和进化的研究虽然取得了一些进展,但是这仍然是一个生物学家们面临挑战。本工作对X染色体部分回文序列的统计特征和进化关系的研究,为认识回文序列的结构特征和基因提供一些基础,并对回文序列的起源和进化的了解提供一些新的思路和信息。
黄上洺[7](2010)在《食蟹猴MHC I类A基因多态性的研究》文中提出主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex, MHC)基因是由紧密连锁的高度多态的基因位点组成的染色体上的基因群,这些基因表达产物是一类位于细胞表面的跨膜糖蛋白,称为主要组织相容性抗原。这类抗原通过其抗原结合位点(antigen-binding site, ABS)识别外来多肽抗原,并将它们呈递给T细胞,从而启动免疫应答,保护自身免受感染。非人类灵长类动物是作为人类疾病研究的很好的模型,这是因为他们与人类有相似的免疫反应,并且对很多相同的病原体都有易感性。过去,恒河猴是在生物医学研究中应用最广泛的动物模型。而由于1978年印度出口禁令造成了恒河猴获得的限制,于是研究者已经转向接近于恒河猴的物种作为活的科学模型,其中包括食蟹猴。食蟹猴作为研究感染性疾病的模型价值不断提高。食蟹猴先前已用于结核病,伊波拉病毒和登革热病毒的研究。他们更被广泛应用于免疫缺陷病毒(SIV)的发病机理和疫苗的研究。有研究发现MHC基因的差异性很大程度上影响了动物实验结果的稳定性、可靠性和可重复性。人类HLA和恒河猴MHC的研究相对比较多,然而食蟹猴MHC的研究相对有限。本课题以食蟹猴永生化A淋巴细胞系和新鲜血样为实验材料,采用―特异引物PCR扩增-克隆-测序‖的技术路线,在恒河猴MHC的UTR保守区域设计引物,扩增出3000bp左右的MHC基因。从10只食蟹猴扩增得到218条3000 bp左右MHC等位基因,其中选取11条出现频率高的序列登陆Genbank。通过在Blast比对之后,证实有7个Mafa-A等位基因,4个Mafa-AG等位基因。由于每个个体可以检测出多个不同的Mafa-A等位基因,这说明食蟹猴Mafa-A基因经过多次复制,并且推测Mafa-AG是Mafa-A衍生物。同时,研究了等位基因在个体中的分布和系统进化树分析。利用Genscan和通过与恒河猴序列比对拼接MHC的八个外显子,对其翻译的氨基酸序列分析,阐明第二外显子和第三外显子的高度多态性。以GU215170以例,对食蟹猴MHC I类基因A基因座的蛋白质进行结构分析,对其跨膜区预测信号肽,二级结构,三级结构进行预测。
刘振亚[8](2006)在《盐城滩涂开发的生态伦理研究》文中进行了进一步梳理湿地是我国重要的国土资源与自然资源,同时与森林、海洋一样也具有多种功能。有“地球之肾”的美誉。随着江苏省制定的沿海滩涂开发计划的实施,盐城滩涂这块未曾受污染和侵蚀的处女地上正在进行轰轰烈烈的滩涂开发。盐城沿海边由于工业废水与生活污水的大量排放,使许多滩涂湿地成了藏污纳垢之地,已无水产资源可言。为了短期利益的人们,为了实现个体利益的最大化,开发主体,大肆开发滩涂,法西斯式地掠夺沿海滩涂资源,无视滩涂生态的存在,践踏生态伦理规范,造成了滩涂部分物种的灭绝,滩涂自身生命受到影响,滩涂生态遭受破坏。为了更好的开发建设好盐城滩涂,本论文对滩涂开发的生态伦理困境展开哲学反思,在对传统的人类中心论、深层生态学理论和奈斯土地伦理理论进行批判性思考的基础上,对盐城滩涂的自然价值和自然权利进行全面深入的理论探讨;并根据滩涂开发的实际,提出生态开发的主要道德规范:生态美德意识,遵循自然、尊重滩涂生命,善待自然、反对滩涂环境法西斯主义,以人为本,生态利用天然资源,确保滩涂物种优先的规范等;本论文研究中探索出新的理论作为生态道德规范来指导滩涂开发实践——现代生态人类中心论。在坚持实证分析、专题研究、实验证明的基础上本论文对滩涂的实现环境生态的实践途径,在理论上有特破和创新。指出加强公众的生态道德教育,培养公众的深层生态意识,培养滩涂建设的“生态人”是滩涂开发生态伦理实现的前提;建立资源开发利用与生态补偿相结合的生态原则、建立滩涂经济价值与滩涂生态环境保护统一原则是滩涂开发生态伦理实现的有效保障。坚持现代生态人类中心论,才能够追求建立滩涂经济发展、环境保护、代内、代际公正与稳定的滩涂新秩序,才能够建立动态和谐的盐城滩涂,实现滩涂的可持续发展。
余谋昌[9](2000)在《环境伦理学从分立走向整合》文中指出环境伦理学问题是目前国内外学术界及其它各界普遍关注的问题。作者在掌握大量资料以及研究成果的基础上,围绕现代人类中心论环境伦理和生态中心论环境伦理进行了论述,阐述了环境伦理学从分立走向整合的发展规律。
二、人和黑猩猩遗传信息差别小(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、人和黑猩猩遗传信息差别小(论文提纲范文)
(1)基于位置权重矩阵的长非编码RNA预测方法研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 绪论 |
1.1 研究背景和意义 |
1.2 国内外研究现状 |
1.2.1 生物信息学研究现状 |
1.2.2 长非编码RNA研究现状 |
1.3 研究内容与创新点 |
1.4 论文结构安排 |
第2章 相关理论与基础 |
2.1 机器学习相关理论 |
2.1.1 支持向量机 |
2.1.2 随机森林 |
2.1.3 BP神经网络 |
2.2 长非编码RNA基础 |
2.2.1 长非编码RNA的来源 |
2.2.2 长非编码RNA的类别 |
2.2.3 长非编码RNA的功能 |
2.3 相关数据资源 |
2.4 本章小结 |
第3章 长非编码RNA特征提取 |
3.1 任务概述 |
3.2 特征提取 |
3.2.1 开放阅读框 |
3.2.2 聚合体得分 |
3.2.3 Fickett特征 |
3.2.4 位置权重矩阵 |
3.2.5 k-mer特征 |
3.3 特征选择 |
3.3.1 特征选择方法 |
3.3.2 特征选择过程 |
3.4 本章小结 |
第4章 长非编码RNA预测方法 |
4.1 数据集选取 |
4.2 预测模型和参数设置 |
4.2.1 预测模型介绍 |
4.2.2 k折交叉验证 |
4.2.3 参数设置 |
4.3 评价指标 |
4.4 实验结果与分析 |
4.4.1 长非编码RNA预测方法的分类器选择 |
4.4.2 位置权重矩阵对预测方法的影响 |
4.4.3 长非编码RNA预测方法性能对比 |
4.4.4 跨物种实验分析 |
4.5 本章小结 |
第5章 总结和展望 |
5.1 论文总结 |
5.2 工作展望 |
参考文献 |
致谢 |
硕士期间发表的论文 |
(2)彼得·辛格的动物解放论探析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 导论 |
1.1 彼得·辛格简介 |
1.2 选题意义 |
1.3 国内外研究现状述评 |
1.4 本论文采用的研究方法 |
第2章 彼得·辛格动物解放论的形成 |
2.1 彼得·辛格动物解放论形成的时代背景 |
2.2 彼得·辛格动物解放论形成的理论背景 |
第3章 彼得·辛格动物解放论的主要内容 |
3.1 动物解放论的理论前提 |
3.2 动物解放论的两大原则 |
3.2.1 混合型功利主义原则 |
3.2.2 双因素平等主义原则(即利益平等考虑原则) |
3.3 动物解放论的延展:素食主义 |
3.3.1 倡导素食主义的动因 |
3.3.2 素食主义的实践方式 |
第4章 彼得·辛格动物解放论与动物福利论、动物权利论的比较 |
4.1 与动物福利论的比较 |
4.2 与动物权利论的比较 |
4.2.1 与强式动物权利论的比较 |
4.2.2 与弱式动物权利论的比较 |
第5章 对彼得·辛格动物解放论的评价 |
5.1 彼得·辛格动物解放论的理论贡献 |
5.2 彼得·辛格动物解放论的理论局限 |
5.3 彼得·辛格动物解放论的现实影响 |
5.4 彼得·辛格动物解放论的当代启示 |
结束语 |
主要参考文献 |
个人简历和攻读硕士学位期间的主要学术成果 |
后记 |
(3)机器学习方法在生物信息学中的应用(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
1 绪论 |
1.1 生物信息学的发展历史 |
1.2 基于机器学习的生物信息学 |
1.3 分子生物学基础知识 |
1.3.1 核酸 |
1.3.2 蛋白质 |
1.3.3 中心法则和遗传密码 |
1.3.4 氨基酸替换矩阵及理化性质 |
1.4 生物信息学的主要研究内容 |
1.4.1 序列比较 |
1.4.2 系统发育分析 |
1.4.3 聚合酶链式反应 |
1.5 本文的主要工作 |
2 DNA 序列的一种非退化图形表示及其在系统发生分析中的应用 |
2.1 引言 |
2.2 DNA 序列的 3-D 图形表示 |
2.3 DNA 序列的数值刻画 |
2.4 应用 |
2.5 小结 |
3 基于 K 字和粗糙集理论 DNA 序列的系统发生分析 |
3.1 引言 |
3.2 完全字向量表示 |
3.3 基于粗糙集理论的特征选择方案 |
3.4 应用 |
3.4.1 训练阶段 |
3.4.2 测试阶段 |
3.5 小结 |
4 基于模板 DNA 的 PCR 扩增难易预测 |
4.1 引言 |
4.2 实验与数据 |
4.3 模板序列的数值刻画 |
4.4 支持向量机 |
4.5 敏感度、特异性和准确度的定义 |
4.6 应用 |
4.7 小结 |
5 凋亡蛋白亚细胞定位的预测 |
5.1 引言 |
5.2 数据来源 |
5.3 蛋白质序列的特征向量 |
5.3.1 派生序列 |
5.3.2 基于频率及其位置的特征 |
5.3.3 基于氨基酸替换矩阵的特征 |
5.4 最近邻分类器 |
5.5 应用 |
5.6 小结 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间的学术成果 |
致谢 |
(4)双胚苗水稻同源多倍体基因表达和DNA甲基化的研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一部分 文献综述 |
1 植物多倍化的研究 |
1.1 植物多倍体及其生物学意义 |
1.2 植物多倍化中的表型变异 |
1.3 多倍化与基因表达 |
2 表观遗传学研究进展 |
2.1 表观遗传学的定义 |
2.2 DNA甲基化的研究进展 |
2.2.1 植物中的DNA甲基化 |
2.2.2 DNA甲基化对基因表达的调控 |
2.2.3 DNA甲基化的研究方法 |
3 植物多倍化过程中DNA甲基化与基因表达的研究 |
3.1 多倍化诱导DNA甲基化变异 |
3.2 多倍体中DNA甲基化水平与基因表达模式相关 |
3.3 水稻同源多倍化过程中的DNA甲基化与基因表达 |
4 本研究的目的与意义 |
第二部分 材料和方法 |
1. 实验材料 |
1.1 水稻品种 |
1.2 重要的试剂和仪器 |
1.2.1 试剂 |
1.2.2 仪器 |
2. 实验方法 |
2.1 提取DNA、RNA的样品准备 |
2.2 倍性鉴定 |
2.2.1 观察植株形态及种子形态大小 |
2.2.2 根尖染色体鉴定 |
2.3 总DNA提取及SSR分子标记分析 |
2.3.1 叶片总DNA提取及纯度检验 |
2.3.2 SSR扩增及电泳检测 |
2.4 甲基化胞嘧啶免疫共沉淀测序(MeDIP-SEQ) |
2.4.1 MeDIP-SEQ |
2.4.2 MeDIP-SEQ后数据分析 |
2.5 总RNA的提取及RT-PCR |
2.5.1 叶片总RNA的提取及纯化 |
2.5.2 反转录步骤及RT-PCR |
2.6 实时定量PCR |
2.7 甲基化特异性PCR及测序 |
2.7.1 DNA提取及纯化 |
2.7.2 亚硫酸盐转化 |
2.7.3 甲基化特异性PCR扩增 |
2.7.4 基因组DNA上BSP扩增片段的扩增 |
2.7.5 PCR产物的克隆测序 |
2.7.6 测序结果比对及分析 |
第三部分 结果与分析 |
1 双胚苗水稻N-2N-3N的材料鉴定 |
1.1 材料倍性鉴定 |
1.2 材料遗传背景的同源性分析 |
2 N-2 N-3N的DNA甲基化图谱分析 |
2.1 N-2N-3N中甲基化率的对比 |
2.2 不同基因区域上DNA甲基化分布 |
2.3 DNA甲基化在染色体上的分布特征 |
2.3.1 TE和non-TE中的DNA甲基化分布 |
2.3.2 Repeat和non-Repeat上的DNA甲基化分布 |
2.3.3 CG岛上的DNA甲基化分布 |
2.4 N-2N-3N的DNA甲基化变异比较 |
2.5 DNA甲基化变异的功能分析 |
2.6 MeDIP-SEQ结果的实验验证 |
3 倍性水稻DNA甲基化和基因表达的关联分析 |
3.1 MeDIP-SEQ和DGE的数据关联分析 |
3.2 N-2N-3N中mRNA表达和DNA甲基化分析 |
3.3 不同甲基化修饰类型对mRNA表达的影响 |
3.4 mRNA表达差异基因的甲基化水平分析 |
3.5 mRNA表达与DNA甲丛化的验证 |
3.5.1 Q-PCR检测基因表达情况 |
3.5.2 BSP-SEQ检测启动子区DNA甲基化分布 |
3.5.3 LOC_Os01g59320的基因表达与启动子区DNA甲基化 |
第四部分 讨论 |
1 实验材料的特色与优势 |
2 水稻N-2 N-3N的基因表达及DNA甲基化 |
2.1 水稻N-2N-3N的基因表达 |
2.2 水稻N-2N-3N的DNA甲基化 |
2.3 影响倍性水稻DNA甲基化与基因表达的因素 |
3 小结与展望 |
参考文献 |
致谢 |
附图 |
(5)严格调控表达HCVNS3/4A蛋白三转基因小鼠的建立(论文提纲范文)
缩略语表 |
中文摘要 |
Abstract |
前言 |
文献回顾 |
一、HCV 细胞模型的建立及其在病毒复制周期机制研究与抗病毒药物开发中的应用 |
二、HCV 实验动物模型的开发与应用 |
三、HCV NS3/4A 蛋白结构与功能及与宿主蛋白相互作用的研究进展 |
四、在体光学成像技术及其应用 |
第一部分 构建 Tet-On 和 Cre/LoxP 系统双重调控表达 HCV NS3/4A 蛋白的真核表达载体 |
1.材料 |
2.方法 |
3.结果 |
4.讨论 |
第二部分 NS3/4A 转基因小鼠建系和筛选调控表达 Fluc 的 NS3/4A/Lap 双转基因小鼠 |
1.材料 |
2.方法 |
3.结果 |
4.讨论 |
第三部分 筛选严格调控表达 NS3/4A 蛋白的 NS3/4A/Lap/LC-1 三转基因小鼠 |
1.材料 |
2.方法 |
3.结果 |
4.讨论 |
小结 |
参考文献 |
个人简历和研究成果 |
附录 |
致谢 |
(6)X染色体回文序列的对称性和进化分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 绪论 |
1 生物信息学 |
1.1 什么是生物信息学 |
1.2 生物信息学与人类基因组计划 |
2 生物信息学相关理论简介 |
2.1 核酸序列分析 |
2.2 分子进化分析 |
3 生物信息学平台和软件 |
3.1 生物信息学平台 |
3.2 生物信息学工具软件 |
参考文献 |
第二章 预备知识 |
1 分子生物学基础知识 |
1.1 核酸(nucleic acid)的定义 |
1.2 核酸的组成 |
1.3 核酸的结构 |
1.5 基因 |
1.6 重组 |
1.7 基因突变 |
1.8 CpG岛 |
2 重复序列 |
3 小波分析基础 |
4 人类X染色体回文序列 |
5 本文研究计划 |
参考文献 |
第三章 X染色体回文序列对称性分析 |
1 引言 |
2 材料和方法 |
3 结果分析 |
3.1 回文序列基本情况 |
3.2 回文序列突变情况 |
3.3 相邻碱基对突变的影响 |
4 结束语 |
参考文献 |
第四章 人类和黑猩猩X染色体回文序列的 |
1 引言 |
2 材料和方法 |
3 结论 |
3.1 X-回文序列GC含量分布曲线 |
3.2 X回文序列在进化过程中的突变不对称性 |
3.3 突变模式与序列成分的进化 |
4 讨论 |
参考文献 |
第五章 X染色体回文序列的DNA游走分析 |
1 引言 |
2 材料和方法 |
3 结论 |
3.1 DNA游走模式 |
3.2 回文序列中的长程关联性的生物意义 |
3.3 小波分析回文序列的DNA游走 |
4 由人类和黑猩猩回文序列推断出的系统进化关系 |
5 讨论 |
参考文献 |
第六章 MAGEA/CSAG-回文序列的对称性突变与基因进化关系研究 |
1 引言 |
2 材料和方法 |
3 结果分析 |
3.1 回文的基本状况 |
3.2 序列之间的相似性 |
3.3 对称性突变与基因进化 |
3.4 回文序列的对称性突变谱 |
4 讨论 |
参考文献 |
第七章 结束语 |
博士在读期间发表和待发表的论文 |
致谢 |
附录 |
1 物种间回文序列的边界比较 |
1.1 人类回文序列(h-XP)与黑猩猩回文序列(c-XP)的外边界1比对(CLUSTAL2.0.7 multiple sequence alignment) |
1.2 人类回文序列(h-XP)与黑猩猩回文序列(c-XP)的外边界2比对 |
1.3 人类回文序列(h-XP)与黑猩猩回文序列(c-XP)的内边界1比对 |
1.4 人类回文序列(h-XP)与黑猩猩回文序列(c-XP)的内边界2比对 |
2 Matlab程序源码 |
3 NXF2-回文序列上的高/低GC区 |
(7)食蟹猴MHC I类A基因多态性的研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 绪论 |
1.1 主要组织相容性复合体(MHC)基因的研究概况 |
1.2 MHC 分子结构特征 |
1.3 MHC 的遗传学特征 |
1.3.1 单元型遗传方式 |
1.3.2 连锁不平衡 |
1.3.3 多态性现象 |
1.4 MHC 分子的功能 |
1.4.1 免疫反应 |
1.4.2 组织排异作用 |
1.5 MHC 的应用 |
1.5.1 分子标记 |
1.5.2 种群遗传结构分析 |
1.5.3 种群关系和进化历史 |
1.5.4 种群繁殖应用 |
1.6 灵长类MHCⅠ类基因总体研究 |
1.6.1 MHCⅠ类A 位点在灵长类中 |
1.6.2 MHCⅠ类B 位点在灵长类中 |
1.6.3 MHCⅠ类C 位点在灵长类中 |
1.7 食蟹猴MHC 的研究 |
1.7.1 食蟹猴简介 |
1.7.2 食蟹猴MHC 研究进展 |
1.8 本研究的目的及意义 |
1.9 本课题主要研究内容 |
第二章 食蟹猴MHC I 类A 基因的提取 |
2.1 前言 |
2.2 材料 |
2.2.1 研究对象 |
2.2.2 主要试剂及试剂盒 |
2.2.3 实验主要仪器 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 引物设计思路 |
2.3.2 食蟹猴血液DNA 的提取 |
2.3.3 PCR 反应体系 |
2.3.4 PCR 程序 |
2.3.5 PCR 产物的纯化 |
2.3.6 感受态细胞的制备 |
2.3.7 DNA 片段的连接与转化 |
2.3.8 pMD~(TM)20-T 载体的介绍 |
2.3.9 转化子的筛选、鉴定与扩大培养 |
2.3.10 质粒的提取 |
2.3.11 质粒酶切鉴定 |
2.4 结果 |
2.4.1 引物设计结果 |
2.4.2 JOBCL 细胞系培养 |
2.4.3 基因组DNA 的提取及检测 |
2.4.4 Mafa-A 基因的PCR 扩增 |
2.4.5 MHC-A 基因的克隆与检测 |
2.5 实验技术讨论和改进 |
2.5.1 克隆Mafa-A 基因讨论和改进 |
2.5.2 TDPCR 的改进 |
2.5.3 克隆测序的必要性 |
2.5.4 DNA 连接讨论和改进 |
2.5.5 阳性克隆子检测讨论和改进 |
2.5.6 质粒DNA 的提取方法的讨论 |
本章小结 |
第三章 食蟹猴MHC I 类A 等位基因多态性分析 |
3.1 前言 |
3.2 材料 |
3.3 方法 |
3.3.1 数据来源 |
3.3.2 序列分析软件 |
3.3.3 等位基因的命名 |
3.4 结果和讨论 |
3.4.1 DNA 测序结果分析 |
3.4.2 外显子位置的确定 |
3.4.3 等位基因和个体分布 |
3.4.4 外显子预测 |
3.4.5 外显子2 和外显子3 多态性位点分析 |
3.4.6 系统进化树的构建 |
3.4.7 新序列外显子拼接结果 |
3.4.8 Mafa-A 基因、Mamu-A 基因及HLA-A 基因系统进化分析 |
本章小结 |
第四章 食蟹猴MHC I 类A 蛋白质分析 |
4.1 前言 |
4.2 材料 |
4.3 方法 |
4.4 结果和讨论 |
4.4.1 Mafa-A 氨基酸ClustalX 的多序列比对熵图分析 |
4.4.2 蛋白质序列分析 |
4.4.3 蛋白二级结构预测 |
4.4.4 蛋白三级结构预测 |
本章小结 |
总结 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
致谢 |
(8)盐城滩涂开发的生态伦理研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
英文摘要 |
前言 |
第一章 盐城滩涂开发的生态伦理困境和反思 |
第一节 盐城滩涂的生态现状 |
一、盐城沿海滩涂的形成与演变 |
二、盐城滩涂资源的生态特点 |
第二节 盐城滩涂开发的生态伦理困境 |
一、盐城滩涂开发的功利趋向 |
二、生态和伦理的困境 |
三、盐城滩涂开发环境政策的困境 |
第二章 生态伦理学基本理论的批判性思考 |
第一节 辛格的反人类中心论 |
一、“一切动物皆平等” |
二、问题和思考 |
第二节 深层生态学理论批判 |
一、奈斯深层生态学理论 |
二、莱奥波德土地伦理理论 |
三、万物真的皆平等吗 |
第三节 从传统人类中心论到现代生态人类中心论 |
一、传统人类中心论的问题 |
二、现代生态人类中心论的基本思想 |
第三章 盐城滩涂开发的主要生态道德规范 |
第一节 尊重滩涂生命确保物种生态平衡的规范 |
一、遵循自然、尊重滩涂生命 |
二、以人为本,生态利用天然资源,确保滩涂物种优先 |
第二节 保持滩涂生态平衡树立生态开发的规范 |
一、节约、保护滩涂自然资源,树立绿色生态开发的理念 |
二、善待滩涂,保持滩涂生态平衡 |
第三节 践行滩涂生态美德伦理规范 |
一、亚里斯多德生态美德意识的确立 |
二、生态美德意识的践行 |
第四章 盐城滩涂实现生态开发的主要途径 |
第一节 探索新型全民的生态道德教育途径 |
一、加强生态道德教育,培养深层生态意识 |
二、探索生态道德教育的途径,培养滩涂建设的“生态人” |
三、探讨生态道德教育的形式,实现滩涂生态教育的良好效果 |
第二节 探索资源开发利用与生态补偿相结合的生态途径 |
一、滩涂资源开发的生态途径 |
二、探索滩涂开发中的生态补偿途径 |
第三节 探讨滩涂经济价值与滩涂生态环境保护统一的生态途径 |
一、滩涂经济价值的理性认识 |
二、确立滩涂生态保护的理性行动,建设绿色滩涂 |
后记 |
(9)环境伦理学从分立走向整合(论文提纲范文)
一、现代人类中心论环境伦理 |
1. 人类评价自身的利益高于其他非人类事物,这是自然的。 |
2. 人具有特殊的文化、知识和创造能力,这只表示人对自然肩负更大的责任。 |
3. 完善人类中心主义,需要揭示自然事物的内在价值。 |
4. 信仰人类的伟大潜力。 |
二、生物中心主义环境伦理理论 |
1.“所有动物都是平等的”,平等的基本原则是“关心的平等” |
2. 承认人的权利和动物的权利是有差别的 |
3. 新伦理学注重实践 |
三、生态中心论环境伦理理论 |
四、人和黑猩猩遗传信息差别小(论文参考文献)
- [1]基于位置权重矩阵的长非编码RNA预测方法研究[D]. 马立. 西南大学, 2018(01)
- [2]彼得·辛格的动物解放论探析[D]. 胡曦. 中共广东省委党校, 2017(02)
- [3]机器学习方法在生物信息学中的应用[D]. 杨闫. 渤海大学, 2014(09)
- [4]双胚苗水稻同源多倍体基因表达和DNA甲基化的研究[D]. 曾秀凤. 四川农业大学, 2012(06)
- [5]严格调控表达HCVNS3/4A蛋白三转基因小鼠的建立[D]. 兰海云. 第四军医大学, 2012(02)
- [6]X染色体回文序列的对称性和进化分析[D]. 齐燕姣. 兰州大学, 2010(10)
- [7]食蟹猴MHC I类A基因多态性的研究[D]. 黄上洺. 华南理工大学, 2010(03)
- [8]盐城滩涂开发的生态伦理研究[D]. 刘振亚. 南京师范大学, 2006(05)
- [9]环境伦理学从分立走向整合[J]. 余谋昌. 北京化工大学学报(社会科学版), 2000(02)